fix(worker): PR1 卡死/失效 Critical 修复 6 项（限流器+id查询+TokenBucket+daily_limit+last_run_at+补偿）

[Color2333]

背景

Worker 抓取逻辑审计发现 6 个 Critical 问题，本 PR 为修复 3 PR 方案的 PR1（卡死/失效）。
文件集与 PR2/PR3 互斥，顺序合入。

修复清单

1a 跨进程共享限流器（Critical #5）

packages/ai/rate_limiter.py TokenBucket.acquire 改用 fcntl.flock + 共享状态文件（pm_rate_{api}.state）。此前 api/worker 两个容器各持一份进程内内存桶，实际速率是配置值的 2 倍，arxiv 全局限流时容易触发 429。现在两进程通过共享卷上的状态文件共享同一桶状态。

• 无新依赖（fcntl 标准库），调用方零改动（acquire_api 签名不变）
• 无写权限时降级到进程内内存桶（行为与旧版一致），不会因共享层故障阻塞业务
• 新增 rate_limiter_state_dir 配置，默认 /app/data（docker-compose 两服务共享的 pm_data 卷）

验证：两进程共享同一桶文件 1 秒内共获取 4 个令牌（各自独立桶则会 14），跨实例 b1 消耗 3 个后 b2 可见 2.0。

1b ingest.py id: 查询改 fetch_by_ids（Critical #1）

arxiv 不支持 id: 作为 search_query 前缀，逐个 fetch_latest(query=f"id:{mid}") 永远拿不到目标论文。改一次批量 fetch_by_ids（走 id_list 参数，正确入口），N 次 acquire_api 合并成 1 次。

1c cs_feed TokenBucket 超时 bug（Critical #2）

acquire 超时判定用 last_refill（每次 _refill 更新为 now），time.time()-last_refill 永远≈0 永不超时 → arxiv 全局限流时 acquire 卡死 worker 线程。改用 start_time 判定，与 rate_limiter.py 的 TokenBucket 对齐。

1d daily_limit 累加 + 跨天重置（Critical #3）

cs_feed.update_run_status 此前 last_run_count = count（覆盖），当日多次抓取重置配额绕过 daily_limit。改累加；跨天先清零，避免昨天余量带进今天。

1e TopicSubscription 加 last_run_at/last_error（Critical #4）

抓取失败此前静默无痕无法补抓。加 last_run_at/last_error 字段 + alembic 迁移（幂等，PG ADD COLUMN IF NOT EXISTS / SQLite try/except，对齐 c3d4e5f6a7b8 写法）+ TopicRepository.update_run_status + worker topic_dispatch_job 成功/失败后更新。

1f idle_processor skimmed 论文补偿（Critical #6）

skim 后 read_status 变 skimmed、deep_dive_md 仍空的论文此前无人再触发精读，永久卡在 skimmed。新增 _get_stuck_skimmed_papers（挑 skimmed + 有 summary_md + deep_dive_md 空）+ _compensate_stuck_skimmed（配额受限 deep_read_compensation，默认 2），在 skim 批次跑完后单独补一次精读。繁忙时中止补偿，避免与用户请求争抢 LLM。

验证

• AST 解析全部 9 个改动文件
• ruff check / format 全通过
• pytest：50 passed, 2 skipped（新增 5 测试：TopicRepository.update_run_status 持久化+截断+清空、CSFeedRepository.update_run_status 当日累加+跨天重置+未知静默）
• alembic upgrade head 迁移链完整跑到新 head e5f6a7b8c9d0
• 运行时验证：跨进程共享 TokenBucket、idle_processor skimmed 补偿选论文逻辑

不做（诚实标注）

• _active_tasks/_current_slot/_rate_limit_errors 仍进程私有：纯限流只共享 bucket 即可，这些进程私有状态不影响限流正确性
• Med/Low 留到后续 PR

部署影响

• 需跑 alembic upgrade head（新迁移幂等）
• 新增配置 RATE_LIMITER_STATE_DIR（可选，默认 /app/data 已挂载）
• 新增配置 DEEP_READ_COMPENSATION（可选，默认 2）

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🔍 OpenCode PR Review Required

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/oc review https://github.com/Color2333/PaperMind/pull/$PR_NUM

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