dapipe 是一个自动化的 ATAC-Seq 分析流程，在完成配置后，可以自动进行可复现、高并行的 ATAC-Seq 数据分析。

流程总览

依赖安装

使用 mamba 自动安装所有依赖

mamba env create -f environment.yml
conda activate dapipe

运行流程

首先需要创建一个本次分析的配置文件

mkdir project
cd project
cp dapipe/config.yaml .

浏览检查配置文件内的所有配置项（所有配置项都是必须的），并按照注释进行更改。然后运行流程

snakemake --snakefile dapipe/Snakefile -j 10 --configfile config.yaml

其中的-j是允许流程使用的最大进程数，更多参数参考 snakemake 官方文档。