RNA-seq De Novo Assembly GUI

转录组测序数据 De Novo 组装分析桌面软件
基于 PyQt5 + Conda，为没有参考基因组的物种（如朱顶红）提供一站式转录组组装方案

特性

• 图形化界面 — PyQt5 桌面应用，无需命令行操作
• 一键环境搭建 — 自动创建 Conda 虚拟环境并安装所有生物信息学软件
• 内置真终端 — 集成 QTermWidget 真终端，可直接在分析环境里运行 conda 命令、vim、top 等交互程序
• 完整分析流程 — 11 步标准 de novo 转录组组装流程
• 实时监控 — 彩色日志输出、步骤状态指示灯、整体进度条
• 后台执行 — 多线程不阻塞界面，支持随时停止
• 参数可调 — Fastp 质量阈值、CD-HIT 相似度、Trinity 内存等均可配置
• 配置持久化 — 支持 JSON 配置文件保存/加载
• 打包分发 — PyInstaller 打包为独立可执行文件，无需安装 Python 环境

分析流程

原始 FASTQ 数据
    │
    ▼
[1] FastQC ──────── 质量评估
    │
    ▼
[2] Fastp ───────── 数据过滤 (去接头、低质量)
    │
    ▼
[3] Rcorrector ──── RNA-seq 错误纠正
    │
    ▼
[4] Trinity ─────── de novo 转录本组装
    │
    ▼
[5] 提取最长Isoform ─ 每个基因保留最长转录本
    │
    ▼
[6] CD-HIT ──────── 聚类去冗余 (默认 80%)
    │
    ▼
[7] 重命名序列 ──── 规范化命名 + DOS→Unix
    │
    ▼
[8] TransDecoder ── LongOrfs (识别ORF)
    │
    ▼
[9] TransDecoder ── Predict (预测CDS)
    │
    ▼
[10] 重命名GFF3 ─── 统一注释命名
    │
    ▼
[11] Gffread ────── 提取 CDS / Protein 序列
    │
    ▼
  最终输出: CDS.fasta + PEP.fasta

依赖环境

软件	版本	用途
FastQC	0.11.x	测序数据质量评估
Fastp	latest	数据过滤与接头去除
Rcorrector	latest	RNA-seq reads 错误纠正
Trinity	2.8.x	de novo 转录本组装
Jellyfish	2.2.x	K-mer 计数 (Trinity 依赖)
CD-HIT	4.8.x	序列聚类去冗余
TransDecoder	5.5.x	CDS 编码区预测
Gffread	latest	GFF3 序列提取

所有生物信息学工具通过 Conda 自动安装，无需手动配置。

安装

方式一：从源码运行

# 克隆仓库
git clone https://github.com/yangfty/TVAS.git
cd TVAS

# 安装 PyQt5
pip install PyQt5 --user

# 启动
python3 main.py

方式二：下载打包版本（推荐给同事使用）

1. 前往 Releases 页面
2. 下载最新的 TVAS_V*.deb 安装包
3. 双击安装，或在终端运行：

sudo dpkg -i TVAS_V*.deb

安装后在应用程序菜单搜索 「转录组DeNovo组装」，点击图标即可启动。

方式三：UOS 应用商店

在统信 UOS 应用商店搜索「转录组DeNovo组装」安装。

自行打包

# 1. 打包为独立可执行文件
./build.sh

# 2. 打包为 .deb 安装包 (用于分发/商店上架)
./build.sh --deb

使用说明

1. 环境设置

• 检测 Conda → 创建虚拟环境 → 一键安装所有生物信息学软件

2. 样本配置

支持两种方式：

• 手动填写样本表格（条件组 / 重复名 / R1路径 / R2路径）
• 导入已有的 Trinity samples_file 格式文件

3. 参数配置

• 物种前缀：如 Hvi（朱顶红 Hippeastrum vittatum）
• 基因前缀：如 Uni（Unigene）
• CPU 线程数
• Trinity 最大内存
• Fastp 质量/长度阈值
• CD-HIT 相似度阈值

4. 执行流程

点击 「运行全部流程」，等待自动完成 11 个步骤。

项目结构

TVAS/
├── main.py                     # 程序入口
├── build.sh                    # PyInstaller + deb 打包脚本
├── requirements.txt            # Python 依赖
├── rnaseq_app/
│   ├── config.py               # 配置管理
│   ├── env_manager.py          # Conda 环境管理
│   ├── steps.py                # 11 个分析步骤
│   ├── pipeline.py             # 流程编排 + 后台线程
│   ├── main_window.py          # PyQt5 主界面
│   ├── terminal_panel.py       # 系统终端启动
│   └── resources/              # 图标
└── scripts/                    # 辅助脚本 (序列/GFF3 重命名)

贡献

欢迎提交 Issue 和 Pull Request。

许可证

MIT License

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适用平台: UOS 专业版/社区版 · Debian 10+ · Ubuntu 20.04+
开发者: 见 GitHub Contributors