最早是发现了一个比较好的Cell Marker 数据库,后面发现这个数据库的作者还开发一个自动化注释的软件 叫adobo
因为我又测试过数据库的marker,感觉还挺准的,所以就想着这个注释的软件应该也不错。 但其实我发现这个软件问题还挺多的。
- 三年没更新了,放弃维护了,所以有个BUG根本跑不通
- adobo想做成一个和scanpy一样的单细胞分析框架,所以有不少功能可能三年前很OK,现在完全没必要了
- 其次作者没开发完全,有些地方逻辑不好,并只能做小鼠的
- 把参数写死了,没有灵活性
SO,自己动手丰衣足食,熬夜修BUG,平常工作间隙,偶尔抽个时间,写几下,完工!
目前只能做人和小鼠的,其他物种需要转换symbol,同时适配空间组和单细胞,反正输入的是anadata格式, 什么类型的数据并不care。
另外,我自己测试的感觉,单细胞用q = 0.5,空间组用q = 0.75比较好
安装就是
git clone https://github.com/wangjiaxuan666/cellname
cd cellname
pip install -e .