[P1][runtime] Añadir checkId y severity a Diagnostic

[ruzer]

Especificación padre: #30

Ticket del desglose Project Brain Lite 0.3.1: 05/20.

Entrega

Hacer que todos los diagnósticos identifiquen de forma aditiva el check que los produjo y su severidad.

Bloqueado por

• Ninguno.

Acceptance criteria

• Cada error contiene severity: "error".
• Cada warning contiene severity: "warning".
• Cada diagnóstico contiene checkId.
• Se preservan campos, arrays, aliases, orden, deduplicación y counts actuales.
• Warning-only mantiene ok: true y exit code 0.
• Un error mantiene ok: false y exit code no exitoso.

Tests requeridos

• Fixtures con error, warning y ambos tipos a la vez.
• Diagnósticos duplicados y varios checks.
• Counts y orden deterministas.
• Paridad entre doctor y doctorRepository.

Non-goal

no introducir nuevos archivos canónicos, comandos, dependencias,
servicios ni capacidades fuera del alcance 0.3.1.

Guardas de compatibilidad

• Node.js 20+ y cero dependencias npm.
• Comportamiento determinista, file-first y local-first.
• API pública, rutas, tres comandos y cinco archivos canónicos preservados.
• doctor permanece read-only e init permanece no destructivo.
• No se ejecutan comandos detectados ni se utiliza la red.

[ruzer]

Resuelto e integrado mediante la PR #29 y publicado en Project Brain Lite v0.3.1: https://github.com/ruzer/project-brain/releases/tag/v0.3.1. Se conserva el alcance Lite acordado en #30.