Shramba vključuje programske skripte uporabljene pri analizi podatkov v magistrski nalogi osebe Jure Rebselj z naslovom: "VLOGA VEČVALENTNIH NUKLEOTIDNIH ZAPOREDIJ PRI KOREGULACIJI RNA IN PROTEINOV" (študij biotehnologije, Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani).
Povezava do besedila: <>
- A01-S00: Določitev multivalenčnih skupin k-mer (razdelek 3.3.3).
- A01-S01: Pridobitev RNA odsekov iz referenčnih podatkov (razdelek 3.3.1).
- A01-S02: Izračun GeRM vrednosti (razdelek 3.3.2).
- A01-S03: Izračun vrednosti WSM (razdelek 3.3.4).
- A01-S03: Anotacija MR (razdelek 3.3.5).
- A01-S04: Razvrščanje genov z MR na CDS in 3’UTR v klasifikacijske skupine (razdelek 3.3.6).
- A01-S05: Mapiranje transkriptov MR na proteom (razdelek 3.5.1).
- A02: Analiza multivalentih lastnosti v transkriptomu (razdelek 3.4, 3.6.1).
- A03-01, A03-02 in A03-03: Izračun preferenčnosti uporabe sinonimnih kodonov (razdelek 3.5.2).
- A04: Lastnost občutljivosti na variacije števila kopij genov v genomu (razdelek 3.6.2).
- A05: Prekrivanje MR s proteinskimi strukturnimi regijami (razdelek 3.6.3.1).
- A06: Analiza proteinskih lastnosti (razdelek 3.6.3.2).
- A07-S01 (CDS in UTR3): GSOA multivalentnih genov (genska ontologija) (razdelek 3.6.4).
- A07-S02 (celica, tkivo, MLO): GSOA multivalentnih genov (proteinska lokalizacija, tkivno izražanje genov, proteinska kondenzacija v MLO) (razdelek 3.6.5).
- A07-S03: GSEA multivalentnih genov (človeška patologija) (razdelek 3.6.6).