start unit test update

.github/workflows/testing_pull_request.yml

@@ -6,7 +6,7 @@ on:
     branches: [ "alpha" ]
     paths:
       - 'geoprob_pipe/**'
-      - 'test_system.py'
+      - 'tests/**'
   workflow_dispatch:
 
 
@@ -30,5 +30,5 @@ jobs:
 
       - name: Run tests with coverage
         run: |
-          coverage run --source=geoprob_pipe -m pytest --ignore=_deprecated/tests
+          coverage run --source=geoprob_pipe -m pytest --durations=10 --ignore=_deprecated/tests
           coverage report -m

geoprob_pipe/calculations/systems/build_and_run.py

@@ -1,7 +1,6 @@
 from __future__ import annotations
 from typing import TYPE_CHECKING, List, Optional
-from geoprob_pipe.calculations.systems.mappers.calculations import (
-    CALCULATION_MAPPER)
+from geoprob_pipe.calculations.systems.mappers.calculations import CALCULATION_MAPPER
 from multiprocessing import Pool, cpu_count
 from io import StringIO
 import sqlite3

geoprob_pipe/calculations/systems/mappers/calculations.py

@@ -3,6 +3,7 @@
 from geoprob_pipe.calculations.systems.wbi.system_builder import WBISystemBuilder
 from geoprob_pipe.calculations.limit_states.piping_lm import limit_state_moria
 from geoprob_pipe.calculations.systems.model4a.limit_state_functions import limit_state_model4a
+from geoprob_pipe.calculations.limit_states.piping_lm import limit_state_wbi
 # TODO: Dynamisch maken? Forceren dat naamgeving overeenkomt en
 # we dynamisch importeren?
 
@@ -20,6 +21,9 @@
     "wbi": {
         "label": "WBI",
         "system_builder": WBISystemBuilder,
+        "system_return_parameter_keys": [
+            "z_u", "z_h", "z_p", "z_combin", "h_exit", "phi_exit", "dphi_c_u", "i_exit", "dh_c", "dh_red"],
+        "limit_state_function": limit_state_wbi,
     },
     "moria": {
         "label": "MORIA",

geoprob_pipe/calculations/systems/model4a/limit_state_functions.py

@@ -1,5 +1,4 @@
-from geoprob_pipe.calculations.limit_states.piping_lm import (
-    limit_state_model4a)
+from geoprob_pipe.calculations.limit_states.piping_lm import limit_state_model4a
 
 
 # noinspection PyPep8Naming

geoprob_pipe/calculations/systems/moria/system_builder.py

@@ -1,17 +1,10 @@
 from __future__ import annotations
-from geoprob_pipe.calculations.systems.moria.reliability_calculation import \
-    MORIACalculation
+from geoprob_pipe.calculations.systems.moria.reliability_calculation import MORIACalculation
 from geoprob_pipe.calculations.systems.base_objects.base_system_build import BaseSystemBuilder
-# from typing import TYPE_CHECKING
-# if TYPE_CHECKING:
-#     from geoprob_pipe import GeoProbPipe
 
 
 class MoriaSystemBuilder(BaseSystemBuilder):
 
-    def __init__(self,
-                 geopackage_filepath: str,
-                 to_run_vakken_ids: list[int]):
-        super().__init__(geopackage_filepath=geopackage_filepath,
-                         to_run_vakken_ids=to_run_vakken_ids)
+    def __init__(self, geopackage_filepath: str, to_run_vakken_ids: list[int]):
+        super().__init__(geopackage_filepath=geopackage_filepath, to_run_vakken_ids=to_run_vakken_ids)
         self.system_class = MORIACalculation

geoprob_pipe/cmd_app/comparisons/__init__.py

@@ -1,208 +1 @@
-from __future__ import annotations
-import sqlite3
-import os
-from datetime import datetime
-import pandas as pd
-import geopandas as gpd
-from plotly.graph_objects import Figure as PlotlyFigure
-from geoprob_pipe.cmd_app.comparisons.beta_dumbbell import (
-    dumbbell_beta, dumbbell_uplift, dumbbell_heave, dumbbell_piping)
-from geoprob_pipe.cmd_app.comparisons.beta_map import (
-    map_delta_beta_comparison, map_ratio_beta_comparison)
-
-
-class ComparisonCollector:
-    def __init__(self,
-                 geopackage_filepath_1: str,
-                 geopackage_filepath_2: str,
-                 export_dir: str
-                 ):
-        """ Class voor het verzamelen van de gegevens voor het uitvoeren van de vergelijking.
-
-        :param geopackage_filepath_1: Locatie van het eerste pakket.
-        :param geopackage_filepath_2: Locatie van het tweede pakket.
-        :param export_dir: Uitvoer map.
-        """
-        self.geopackage_filepath_1 = geopackage_filepath_1
-        self.geopackage_filepath_2 = geopackage_filepath_2
-        self.name_1 = os.path.basename(self.geopackage_filepath_1).replace(".geoprob_pipe.gpkg", "")
-        self.name_2 = os.path.basename(self.geopackage_filepath_2).replace(".geoprob_pipe.gpkg", "")
-
-        timestamp = datetime.now().strftime("%Y-%m-%d_%H%M")
-        self.export_dir = os.path.join(
-            export_dir, f"comparisons/{self.name_1}_{self.name_2}_{timestamp}"
-            )
-        os.makedirs(export_dir, exist_ok=True)
-
-        # Placeholders
-        self.df1_beta_scenarios: pd.DataFrame
-        self.df1_beta_limit_states: pd.DataFrame
-        self.df1_beta_uittredepunten: pd.DataFrame
-
-        self.df2_beta_scenarios: pd.DataFrame
-        self.df2_beta_limit_states: pd.DataFrame
-        self.df2_beta_uittredepunten: pd.DataFrame
-
-        self.gdf1_uittredepunten: gpd.GeoDataFrame
-        self.gdf2_uittredepunten: gpd.GeoDataFrame
-
-        # logic
-        self._load_result_data_from_geopackage()
-        self._load_uittredepunten_gdf()
-
-    def _load_result_data_from_geopackage(self):
-        """Method om de data te verzamelen uit de opgegeven pakketten.
-
-        Raises:
-            ValueError: Als de `beta_limit_states` tabellen niet hetzelfde
-                formaat hebben.
-            ValueError: Als de `beta_scenario` tabellen niet hetzelfde
-                formaat hebben.
-            ValueError: Als de `beta_uitredepunten` tabellen niet hetzelfde
-                formaat hebben.
-        """
-        conn_1 = sqlite3.connect(self.geopackage_filepath_1)
-        conn_2 = sqlite3.connect(self.geopackage_filepath_2)
-
-        self.df1_beta_limit_states = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_limit_states;", conn_1
-            )
-        self.df2_beta_limit_states = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_limit_states;", conn_2
-            )
-        if len(self.df1_beta_limit_states) != len(self.df2_beta_limit_states):
-            raise ValueError("De beta_limit_states tables hebben niet "
-                             "hetzelfde formaat")
-
-        self.df1_beta_scenarios = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_scenarios_final;", conn_1
-            )
-        self.df2_beta_scenarios = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_scenarios_final;", conn_2
-            )
-        if len(self.df1_beta_scenarios) != len(self.df2_beta_scenarios):
-            raise ValueError("De beta_scenario tables hebben niet hetzelfde "
-                             "formaat")
-
-        self.df1_beta_uittredepunten = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_uittredepunten;", conn_1
-            )
-        self.df2_beta_uittredepunten = pd.read_sql(
-            "SELECT * FROM beta_uittredepunten;", conn_2
-            )
-        if len(self.df1_beta_uittredepunten) != len(self.df2_beta_uittredepunten):
-            raise ValueError("De beta_uittredepunten tables hebben niet "
-                             "hetzelfde formaat")
-
-        conn_1.close()
-        conn_2.close()
-
-    def _load_uittredepunten_gdf(self):
-        """Method om de geolocaties te verzamelen uit de pakketten.
-
-        Raises:
-            ValueError: Als de `beta_uittredepunten` tabellen niet hetzelfde
-                formaat hebben.
-            ValueError: Als de geometry van de punten niet hetzelfde formaat
-                hebben.
-        """
-        self.gdf1_uittredepunten = gpd.read_file(
-            self.geopackage_filepath_1,
-            layer="beta_uittredepunten"
-            )
-        self.gdf2_uittredepunten = gpd.read_file(
-            self.geopackage_filepath_2,
-            layer="beta_uittredepunten"
-            )
-        if len(self.gdf1_uittredepunten) != len(self.gdf2_uittredepunten):
-            raise ValueError("De beta_uittredepunten tables hebben niet "
-                             "hetzelfde formaat")
-        if set(self.gdf1_uittredepunten.geometry) != set(self.gdf2_uittredepunten.geometry):
-            raise ValueError("De twee sets uittredepunten hebben afwijkende "
-                             "geometry")
-
-    def dumbbell_beta(self, export: bool = False) -> PlotlyFigure:
-        """Maak een dumbbell plot van de beta waardes van de twee pakketten om
-        te kunnen vergelijken. Dit is plot voor de gecombineerde beta voor de
-        uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return dumbbell_beta(self, export)
-
-    def dumbbell_uplift(self, export: bool = False) -> list[PlotlyFigure]:
-        """Maak een dumbbell plot van de beta waardes van de twee pakketten om
-        te kunnen vergelijken. Dit is plot voor de uplift limit state beta voor de
-        uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return dumbbell_uplift(self, export)
-
-    def dumbbell_heave(self, export: bool = False) -> list[PlotlyFigure]:
-        """Maak een dumbbell plot van de beta waardes van de twee pakketten om
-        te kunnen vergelijken. Dit is plot voor de heave limit state beta voor de
-        uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return dumbbell_heave(self, export)
-
-    def dumbbell_piping(self, export: bool = False) -> list[PlotlyFigure]:
-        """Maak een dumbbell plot van de beta waardes van de twee pakketten om
-        te kunnen vergelijken. Dit is plot voor de piping limit state beta voor
-        de uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return dumbbell_piping(self, export)
-
-    def map_delta_beta_comparison(self, export: bool = False) -> PlotlyFigure:
-        """Maak een overzichtskaart met het absolute verschil tussen de twee
-        beta waardes van alle uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return map_delta_beta_comparison(self, export)
-
-    def map_ratio_beta_comparison(self, export: bool = False) -> PlotlyFigure:
-        """Maak een overzichtskaart met het relative verschil tussen de twee
-        beta waardes van alle uittredepunten.
-
-        Args:
-            export: Figuur exporteren. Defaults to False.
-
-        Returns:
-            PlotlyFigure
-        """
-        return map_ratio_beta_comparison(self, export)
-
-    def create_and_export_figures(self):
-        """Exporteer alle figuren die gemaakt kunnen worden.
-        """
-        dumbbell_beta(self, export=True)
-        dumbbell_uplift(self, export=True)
-        dumbbell_heave(self, export=True)
-        dumbbell_piping(self, export=True)
-        map_delta_beta_comparison(self, export=True)
-        map_ratio_beta_comparison(self, export=True)
+from geoprob_pipe.cmd_app.comparisons.collector import ComparisonCollector

geoprob_pipe/cmd_app/comparisons/beta_dumbbell.py

@@ -98,7 +98,7 @@ def _add_traces(comparison: ComparisonCollector,
 
 
 def _add_vak_id(comparison: ComparisonCollector, fig: go.Figure) -> go.Figure:
-    """Helper functie om de vakken in de dumbell plot te tekenen.
+    """Helper functie om de vakken in de dumbbell plot te tekenen.
 
     Args:
         comparison: ComparisonCollecter object.