A local-first thinking workspace for the output before the output.
JSpace 科研工作台 把散落在 AI 对话、实验目录、论文与每日工作痕迹里的研究过程，整理成一层可搜索、可回溯的研究记忆。它关注的不只是最终产物，更是产物出现之前的东西：尚未写进论文的判断、失败实验留下的约束、调研形成的直觉，以及人与模型共同推演时产生的隐性知识。
声明：这个工作台是独立项目，并非 Anthropic 官方产品，也不代表 Anthropic 的背书。JSpace 这个名字承接相关研究语境，AI模型有一个 workspace 来思考信息；JSpace 科研工作台 则是实现专注于个人科研思考和发现过程的管理。希望你能够把项目的 workspace memory 最终通过 unembedding 解出顶刊顶会！
研究最容易丢失的通常不是文件，而是文件之间的关系：为什么做这个实验、读某篇论文解决了什么疑问、哪次对话改变了方案、一个结论究竟由什么证据支持。JSpace 保留原始资料的位置，只建立一个可重建的本地索引，让这些关系重新可见。
AI 对话 ─┐
实验记录 ├─> 本地索引 ─> 每日 TL;DR / 对话 / 实验 / 文献 ─> 可回溯的研究记忆
论文 PDF ┤
研究文档 ┘
- 每日 TL;DR：按“实验—调研—结果”组织当天进展，用平白语言交代做了什么、看了什么、得到什么；只有必要时保留公式。
- 对话 TL;DR：为每个 Codex / Claude Code 研究会话生成摘要与关键词，同时保留逐条问答入口。
- 实验时间线：扫描实验脚本、预注册、结果、settlement 与结论文件，辅助判断草稿、已配置、有结果或已结论状态。
- 文献库与阅读器：按 DOI、arXiv、标题与 PDF 指纹去重；支持本地 PDF、公开原文入口、阅读状态和研究备注。
- 研究文本渲染：本地渲染 Markdown、代码块与 KaTeX 公式；输入内容经 DOMPurify 清理。
- 本地搜索：在对话、实验和论文之间统一检索，不要求把研究资料上传到第三方服务。
JSpace 默认只监听 127.0.0.1。原始对话、实验结果和 PDF 都是只读事实来源；工作台只写入自己的 .data/ 索引和当日日报。
| 内容 | 默认行为 |
|---|---|
| 对话全文、实验结果、PDF | 留在本机，不复制进仓库，不被工作台改写 |
| SQLite 索引与个人备注 | 写入 tools/research_workbench/.data/，被 Git 忽略 |
| DOI / arXiv 元数据 | 需要时使用公开标识获取；不会发送对话或实验内容 |
| Web 服务 | 仅绑定本机回环地址，除非用户显式修改 --host |
Important
不要把 .data/、对话 JSONL、实验结果目录或论文 PDF 提交到 Git。若机器启用了磁盘加密，JSpace 不会绕过或削弱系统权限；它只读取当前 Windows 用户本来就能访问的文件。
要求：Windows PowerShell、Python 3.11+。运行时仅使用 Python 标准库；执行测试需要 pytest。
git clone https://github.com/kizzhang/Jspace.git
cd Jspace
# 指向需要整理的研究目录
.\tools\research_workbench\launch.ps1 -Workspace "E:\path\to\your-research-workspace"浏览器会打开 http://127.0.0.1:7333/。也可以通过环境变量固定研究目录：
$env:JSPACE_WORKSPACE = "E:\path\to\your-research-workspace"
.\tools\research_workbench\launch.ps1常用命令：
# 后台启动，不自动打开浏览器
.\tools\research_workbench\launch.ps1 -Workspace "E:\research" -Background -NoBrowser
# 只更新本地索引与当日日报
.\tools\research_workbench\daily_sync.ps1 -Workspace "E:\research"
# 直接运行 Python 入口
python .\tools\research_workbench\app.py --workspace "E:\research" --port 7333每日整理的唯一必需动作是运行 daily_sync.ps1。推荐让定时任务或 AI agent 调用这个确定性脚本，再由 agent 检查退出码、汇报同步结果，并且只在失败时诊断工作台本身。
Codex 桌面端可以用 Scheduled 在本地项目中每天运行；Codex CLI 可以用 codex exec 接入 Windows Task Scheduler、cron 或 CI；其他 agent 也可以复用同一份任务契约。完整配置、可复制提示词、Windows 计划任务示例、权限边界和故障排查见：
对于本地研究目录，优先选择“本地项目”而不是临时 worktree，并让任务以拥有这些加密文件访问权的同一系统用户运行。成功同步只允许更新工作台 .data/ 索引与当日日报，不修改原始对话、实验结果或 PDF，也不启动实验。
- 当前研究目录及其 Git worktree 中的实验脚本、文档、结果清单和论文；
- 当前用户本机保存的 Codex / Claude Code 会话，但只收录与所选研究目录相关的记录；
.data/literature.json中手工维护的文献线索；- 已放入研究目录的 PDF，以及 DOI / arXiv 等公开文献标识。
文献种子示例：
[
{
"doi": "10.0000/example",
"arxiv_id": "2601.00001",
"title": "Example Paper",
"pdf_path": "papers/example.pdf",
"status": "reading",
"notes": "与当前假设的关系"
}
]也可以通过页面右上角的“添加文献”录入 DOI、arXiv ID、标题或本地 PDF 路径。相同 DOI、arXiv ID、PDF 指纹或规范化标题会合并到同一条记录。
- 原始资料不搬家：对话、结果和 PDF 始终是事实来源。
- 摘要不是证据：TL;DR 用来导航，结论仍可回到原会话、文件和论文核对。
- 自动记录，人类定论：自动状态和摘要降低整理成本，研究者的备注单独保存。
- 合并而非静默丢弃：重复文献更新同一记录，同时保留稳定身份。
- 索引可重建：删除
.data/不会伤及原始研究资料，下次同步可以重新生成。
更完整的信息模型见 DESIGN.md。
python -m pytest tests/test_research_workbench.py tests/test_research_workbench_ui.py -q测试使用合成数据，不依赖或上传个人研究内容。
JSpace 目前是面向个人研究工作流的早期版本，优先保证本地可用、资料可回溯和隐私边界清楚。接下来适合继续完善的方向包括 Zotero 同步、结论—证据图谱、实验运行采集和可移植导出。