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single image SIA (user friendly).ipynb

@@ -2,9 +2,22 @@
  "cells": [
   {
    "cell_type": "code",
-   "execution_count": 19,
+   "execution_count": 1,
    "metadata": {},
-   "outputs": [],
+   "outputs": [
+    {
+     "name": "stderr",
+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "C:\\Users\\svc-scst291lab\\documents\\Github\\user-friendly-SIA\\tiff_file.py:1995: UserWarning: failed to import _tifffile.decodepackbits\n",
+      "  warnings.warn(\"failed to import %s\" % module_function)\n",
+      "C:\\Users\\svc-scst291lab\\documents\\Github\\user-friendly-SIA\\tiff_file.py:1995: UserWarning: failed to import _tifffile.decodelzw\n",
+      "  warnings.warn(\"failed to import %s\" % module_function)\n",
+      "C:\\Users\\svc-scst291lab\\documents\\Github\\user-friendly-SIA\\tiff_file.py:1995: UserWarning: failed to import _tifffile.unpackints\n",
+      "  warnings.warn(\"failed to import %s\" % module_function)\n"
+     ]
+    }
+   ],
    "source": [
     "%matplotlib notebook\n",
     "import numpy as np\n",
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    "outputs": [],
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   },
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+   "execution_count": 3,
    "metadata": {
     "scrolled": false
    },
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      "name": "stdout",
      "output_type": "stream",
      "text": [
+      "Z:\\Maya N\\data\\9-7-22\\top\\\n",
       "found 3 files\n",
       " 0 \t top_s1_40x_t1_MMStack_Pos0.ome.tif\n",
       " 1 \t top_s1_40x_t2_MMStack_Pos0.ome.tif\n",
@@ -199,6 +213,8 @@
     "### \"plot_saveto\" is the pathway to the folder where plots and results will be saved\n",
     "plot_saveto = data_save\n",
     "\n",
+    "print(data_dir)\n",
+    "\n",
     "files = glob.glob(data_dir+\"*tif\") ### this should generate an ordered list of files in \"data_dir\" which have \"_t\" in their name\n",
     "print(\"found %i files\" % len(files))\n",
     "for i,f in enumerate(files): print (' %i \\t %s' % (i, f.split('\\\\')[-1]))"
@@ -213,9 +229,17 @@
   },
   {
    "cell_type": "code",
-   "execution_count": 33,
+   "execution_count": 4,
    "metadata": {},
    "outputs": [
+    {
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+     "output_type": "stream",
+     "text": [
+      "C:\\Users\\svc-scst291lab\\documents\\Github\\user-friendly-SIA\\tiff_file.py:724: FutureWarning: arrays to stack must be passed as a \"sequence\" type such as list or tuple. Support for non-sequence iterables such as generators is deprecated as of NumPy 1.16 and will raise an error in the future.\n",
+      "  result = numpy.vstack((p.asarray() if p else nopage)\n"
+     ]
+    },
     {
      "name": "stdout",
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   },
   {
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    "outputs": [],
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     "scrolled": false
    },
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       "text/html": [
-       "<div id='70735f29-050d-4c6e-92ae-a6a1b6e265ad'></div>"
+       "<div id='afaa6143-0860-443b-8501-688a85c0c315'></div>"
       ],
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        "<IPython.core.display.HTML object>"
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      "traceback": [
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       "\u001b[1;31mIndexError\u001b[0m                                Traceback (most recent call last)",
-      "\u001b[1;32m<ipython-input-40-4aa3460cba37>\u001b[0m in \u001b[0;36m<module>\u001b[1;34m\u001b[0m\n\u001b[0;32m     30\u001b[0m         \u001b[0mdetails\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mexp\u001b[0m\u001b[1;33m+\u001b[0m \u001b[1;34m\", %3.1f files (block_size= %3i, offset= %3i)\"\u001b[0m \u001b[1;33m%\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mi\u001b[0m\u001b[1;33m+\u001b[0m\u001b[1;36m1\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mblock_size\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0moffset_val\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m     31\u001b[0m     \u001b[1;32melse\u001b[0m\u001b[1;33m:\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[1;32m---> 32\u001b[1;33m         \u001b[0mshow_raw_images\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0max\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mi\u001b[0m\u001b[1;33m,\u001b[0m \u001b[0mframe_key\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0m\u001b[0;32m     33\u001b[0m         \u001b[0mi\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mi\u001b[0m \u001b[1;33m+\u001b[0m \u001b[1;36m1\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n\u001b[0;32m     34\u001b[0m         \u001b[0mdetails\u001b[0m \u001b[1;33m=\u001b[0m \u001b[0mexp\u001b[0m\u001b[1;33m+\u001b[0m \u001b[1;34m\", %i files (raw images)\"\u001b[0m \u001b[1;33m%\u001b[0m\u001b[1;33m(\u001b[0m\u001b[0mi\u001b[0m\u001b[1;33m+\u001b[0m\u001b[1;36m1\u001b[0m\u001b[1;33m)\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[1;33m\u001b[0m\u001b[0m\n",
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