docs: drop stale versions.toml references

[eouzoe]

修改了什麼

從 4 份文件移除對 docs/agent/versions.toml 的引用，改指向 just check-versions（直接讀 bun.lock / package.json）：

• docs/agent/rules.md / docs/agent/rules.zh.md：版本確認改為執行 just check-versions；文件更新紀律移除「更新 versions.toml」。
• docs/guide/contribution-areas.md：版本檢查器說明改指 just check-versions；月度稽核移除更新 versions.toml / getting-started 版本表的步驟。
• docs/reference/design-decisions.md：原則 6 改為「依賴版本鎖在 flake.lock / devenv.lock / bun.lock，用 just check-versions 確認新鮮度」；移除「Version Tracking」整節。

為什麼要修改

versions.toml 是手動維護的版本表，易過時且與 bun.lock / devenv.lock 重複。專案已改用 scripts/check-versions.mjs（just check-versions）直接比對 lock 檔與 npm registry，手動版本表成為 stale 引用。

功能

• 無功能變更；純文件一致性。

涉及檔案

• docs/agent/rules.md
• docs/agent/rules.zh.md
• docs/guide/contribution-areas.md
• docs/reference/design-decisions.md

影響

• 文件指引與實際工具（just check-versions）對齊。
• 確認 docs/guide/version-check.md 存在（rules / design-decisions 引用有效，無死鏈）。

參考文件 / 依據

• scripts/check-versions.mjs（just check-versions）：比對 package.json / bun.lock 與 npm 最新版。
• 配套 PR fix(lint): clear warnings in version-check scripts #37 修復該腳本。

測試

• Grep 全倉 versions.toml 確認 docs 已無引用。
• 中英文 rules 同步修改，保持一致。