Une présentation proposée par le réseau Bioinfo Nantais

Objectifs

L'objectif de ce tutoriel est d'apprendre à utiliser Streamlit pour créer des petites démos (dashboard) web. L'avantage d'un dashboard c'est qu'il s'agit d'une interface simple que les biologistes peuvent utiliser sans aucun problème.

Streamlit rend le traitement des données biologique plus transparant pour les biologistes humides. Par exemple un dashboard Streamlit est excellent pour montrer des résultats d'analyse à son responsable de thèse.

Malgré tous les avantages qu'offre Streamlit, c'est un outil encore méconnu de la communauté bioinfo. Dans ce coin geek on va y remédier et apprendre à créer des dashboards web pour montrer ses données !

Requirements

Pour bien suivre le tutoriel, il y a certains programmes qui sont nécéssaire d'avoir installé sur son ordinateur.

• git
• python3
• pip

De préférence, utiliser plutôt Linux pour suivre le tutoriel. Sous windows, les étapes devraient être identiques, mais des erreurs de packages python peuvent tout de même subsister :/

Note

Si vous rencontrez des difficultés à installer les packages ou un programme, n'hésitez pas à demander de l'aide sur le serveur mattermost du réseau BN (c'est un endroit pratique pour demander de l'aide en cas de bloquage !)

Mise en place de l'environement

Une application streamlit repose sur plusieurs packages python qu'il est pertinent de regrouper dans un même environement python. La liste des packages nécéssaire pour créer l'application démo du tutoriel est dans le fichier src/environment.yaml.

La méthode la plus simple pour suivre le tutoriel est de cloner le répertoire github puis de créer un environment avec le fichier requirements.txt

Cloner le répertoire github

bash 
git clone https://github.com/Phloemus/Streamlit-Coin-Geek.git

Créer un environement python avec les packages nécéssaire pour le tutoriels

bash
cd Streamlit-Coin-Geek/src
python -m venv ./venv
pip install -r requirements.txt

Activer l'environement python du tutoriel

bash
source venv/bin/activate

Et voilà, maintenant il y un environment contenant streamlit et tous les packages nécéssaire pour déployer l'application du tutoriel qui est déployé en local !

Tutoriel

Le tutoriel est découpé en plusieurs parties afin d'illustrer les différents concepts essentiels à maîtriser pour créer un dashboard Streamlit élégant et interactif.

Ce tutoriel est divisé en plusieurs étapes. Chaque partie abouti avec un peu de pratique où l'on manip les concepts vu dans la partie dans un dashboard streamlit test (app.py)

Sommaire

1. Créer un layout pour son dashboard
2. Ajouter de nouvelles pages
3. Rendre son dashboard interactif

Commencer le tutoriel

Pour passer à la suite du tutoriel, voir le README du dossier src

Documentation officielle

Il existe plein de composants que l'on a pas exploré dans le tutoriels, vous pouvez tous les retrouver dans la documentation officielle de Streamlit

• La documentation officielle de Streamlit est disponible ici
• La liste des composant Streamlit est disponible ici

Canaux de discussion

Pour les membres du réseau Bioinfo Nantais (BN), vous pouvez poser vos questions sur ce tutoriel dans le canal dédié sur mattermost

Pour les personnes non membre du réseau vous pouvez poser vos question en ouvrant une issue avec le label "question" directement dans ce répertoire Github

Brieuc Quemeneur pour le réseau Bioinfo Nantais