*
5' ATGATTGCGAAAATTGCGTTTAACG 3' ref: ATGATTGCGAAAATTGCGTTTAACG
||||||||||||||||||||||||| ref CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
3' TACTAACGCTTTTAACGCAAATTGC 5' ref GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
*
|
| conversion C > T
V
*
5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3'
|||||||||||||||||||||||||
3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5'
*
|
| 1st PCR cycle Generating reads from both:
V
* * R1:ATGATTGCGAAAATTGTGT
5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3' OT > CT 5' ATGATTGCGAAAATTGTGTTTAATG 3' OT R2:CATTAAACACAATTTTCGC
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
3' TACTAACGCTTTTAACACAAATTAC 5' CTOT > GA 3' TACTAACGCTTTTAACACAAATTAC 5' CTOT R1:CATTAAACACAATTTTCGC
* * R2:ATGATTGCGAAAATTGTGT
--->
* * R1:ATAATTGCAAAAATTACAT
5' ATAATTGCAAAAATTACATTTAACA 3' CTOB > GA 5' ATAATTGCAAAAATTACATTTAACA 3' CTOB R2:TGTTAAATGTAATTTTTGC
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5' OB > CT 3' TATTAACGTTTTTAATGTAAATTGT 5' OB R1:TGTTAAATGTAATTTTTGC
* * R2:ATAATTGCAAAAATTACAT
|
| Alignment
V
ref_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
OT: R1:ATGATTGCGAAAATTGTGT R1_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGT
R2:CATTAAACACAATTTTCGC rcR2_GA: GTGAAAATTGTGTTTAATG
ref_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGTTTAATG
CTOT: R1:CATTAAACACAATTTTCGC rcR1_GA: GTGAAAATTGTGTTTAAT
R2:ATGATTGCGAAAATTGTGT R2_CT: ATGATTGTGAAAATTGTGT
ref_GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
CTOB: R1:ATAATTGCAAAAATTACAT R1_GA: ATAATTACAAAAATTACAT
R2:TGTTAAATGTAATTTTTGC rcR2_CT ACAAAAATTACATTTAACA
ref_GA: ATAATTACAAAAATTACATTTAACA
OB: R1:TGTTAAATGTAATTTTTGC rcR1_CT: ACAAAAATTACATTTAACA
R2:ATAATTGCAAAAATTACAT R2_GA: ATAATTACAAAAATTACAT