fix: verify frozen sources at registered commits

.github/workflows/ci.yml

@@ -34,6 +34,8 @@ jobs:
     runs-on: ubuntu-latest
     steps:
       - uses: actions/checkout@v7
+        with:
+          fetch-depth: 0
       - uses: actions/setup-python@v7
         with:
           python-version: "3.11"

docs/Decision-Structure.md

@@ -51,6 +51,7 @@ edge target は Decision Structure node slug とする。外部資料は `Edges`
 - lowercase kebab-case の Decision Structure entry と `_Sidebar.md` は Wiki-only である。docs-to-Wiki synchronization は、`docs/` に対応物がないことを理由にこれらを create、overwrite、delete しない。
 - 個別 Wiki entry は、その判断の current state の正本である。GitHub issue、pull request、commit、test output、fixture、gold、manifest、gate、result artifact は、それぞれの所有境界に従う根拠または契約であり、リンクしただけで Decision Structure entry にはならない。
 - `requirements.md`、実験文書、fixture、gold、manifest、gate、result artifact は、既存の source-of-truth boundary を維持する。
+- frozen source / artifact hash の source of truth は、manifest path の初回追加 commit または manifest が明示する lowercase full 40-hex source commit の exact blob bytes である。後続の committed manifest rewrite や mutable ref は信頼境界を動かさず、current working tree の同名 path は後続 evolution の現在状態であって historical evidence ではない。
 
 ## Lifecycle
 

docs/blind-llm-channel-selection-experiment.md

@@ -135,7 +135,7 @@ Development gateは不合格であり、`holdout_status=not_opened_invalid_judge
 
 PR #22の最初のLinux CI run `30731318651`では、Windowsでfreezeしたv1 text artifactのCRLF checkout byte hashと、GitHub ActionsのLF checkout byte hashが一致せず、`d1_liplus_channels.contamination.json`のfreeze auditで停止した。内容差ではなく、Gitのtext checkout変換だけが原因である。
 
-その後、mainから作成したfresh Windows worktreeでは、v2 judge prompt、development packet、judge artifactもLFの固定hashに対してCRLFでcheckoutされ、同じ内容のままmanifest読込とobserved artifact auditが停止した。verificationをv1だけに限定すると同じfrozen text契約をv2へ一貫して適用できないため、v1 / v2 frozen text-byte verificationを次の順序へ揃えた。
+その後、mainから作成したfresh Windows worktreeでは、v2 judge prompt、development packet、judge artifactもLFの固定hashに対してCRLFでcheckoutされ、同じ内容のままmanifest読込とobserved artifact auditが停止した。verificationをv1だけに限定すると同じfrozen text契約をv2へ一貫して適用できないため、v1 は manifest が明示する full baseline commit ID、v2 は manifest path の初回追加 commit の blob bytes を取得し、frozen text-byte verificationを次の順序へ揃えた。current working tree の同名 path は historical evidence に使わない。
 
 1. checkout raw bytesのSHA-256を最初に照合する。
 2. raw不一致時だけ、全改行がLF一種類ならCRLFへ、CRLF一種類ならLFへexact変換する。

docs/engine-backed-feedback-trajectory-experiment.md

@@ -14,6 +14,8 @@ repository-native controlled corpus v3 に対し、実際の `NeuronGraphRAG` in
 - Audit: `tests/fixtures/engine_feedback_trajectory_v3.audit.json`
 - Manifest: `tests/fixtures/engine_feedback_trajectory_v3.manifest.json`
 
+manifest artifact は manifest path の初回追加 commit、source corpus は上記 source corpus commit の exact blob bytes を読む。各 commit の存在と current `HEAD` の ancestor 関係を検証し、current working tree の同名 fixture、source document、evaluator は historical evidence として扱わない。既存の raw-first LF / CRLF whole-file alternate だけを維持する。
+
 development は `signal-stability` と `boundary-recovery`、holdout は `evidence-continuity` を使う。node ID、document path、source URL、explicit-link edge は split 間で重複させない。edge は overview 文書に記載された同一 directory 内の相対 Markdown link だけから固定する。
 
 result-free commit を push するまで development と holdout の runner を実行しない。exclusive output が存在しないことを audit に固定し、runner は既存 output の上書きを拒否する。

docs/feedback-policy-comparison-evaluation.md

@@ -10,6 +10,8 @@
 
 protocol ID は `policycmp85-feedback-policy-comparison-v1` である。fixture、gold、query、cohort role、graph projection、engine config、event order、checkpoint、metric、gate array、result schema、exclusive writer、verifier、output path を observed result 不在の freeze commit に固定して push する。
 
+protocol artifact hash は manifest path の初回追加 commit の exact blob bytes に対して照合し、検証後の fixture、gold、schedule、gate、schema、audit も同じ初回登録 blob から読む。current working tree の同名 evaluator、test、README、docs は後続 evolution であり、過去の protocol bytes として扱わない。source corpus は引き続き manifest の lowercase full 40-hex `source_commit` にある manifest と文書の exact bytes だけを読む。
+
 development は Amber を `confirmed-use`、Cobalt を `corrected-use` に割り当てる。全 hard gate 通過時だけ開く holdout は Quartz を `confirmed-use`、Willow を `corrected-use` に割り当てる。split 間では node、path、source URL、edge identity、query を共有しない。各 arm は同じ split の8文書、6 edge、query、event order を使う。
 
 freeze 前の writer/verifier 検査は、登録 query、gold、node、output path と無関係な placeholder identity を temporary directory に exclusive create し、非アルファベット順 field の UTF-8 semantic round-trip を確認して削除する。登録 output は freeze 時に存在せず、writer は `O_EXCL` だけを使う。観測後の再実行、上書き、再集計、field reorder、query/gold/ratio/gate の変更を禁止する。

docs/historical-source-verification.md

@@ -0,0 +1,20 @@
+# Historical source verification
+
+## 目的
+
+frozen evaluation の hash registry は、過去の protocol を固定した時点の bytes を証明する。後続の正当な repository evolution を拒否せず、現在の working tree を過去の evidence と取り違えない。
+
+## Source-of-truth boundary
+
+- manifest 内の artifact hash は、その manifest path を最初に追加した登録 commit にある `git show <commit>:<path>` の exact bytes と照合する。後続の committed rewrite を新しい信頼点にせず、current manifest bytes 自体が初回登録 blob と一致することを先に検証する。
+- manifest が source commit、baseline commit、prior commit を明示する source registry は、その明示 commit の blob を照合する。明示 commit は lowercase full 40-hex object ID に限定し、branch、tag、`HEAD~1` 等の mutable ref / revision expression を拒否する。
+- commit object が存在し、現在の `HEAD` の ancestor であることを必須とする。未知 commit、非 ancestor commit、欠落 path、hash 不一致、working-tree manifest 改変は fail closed にする。
+- 同名 path の current working-tree bytes は historical evidence ではない。検証後に evaluator が frozen fixture、gold、schedule、gate、source document を読む場合も、検証済み commit blob を使う。
+
+## Newline contract
+
+既存 protocol が raw-first の LF / CRLF portability を明記している場合だけ、raw blob hash 不一致後に whole-file LF -> CRLF または CRLF -> LF の一回の exact 変換を許す。本文差、mixed newline、bare CR、その他の byte 差は許可しない。明記のない registry は exact raw bytes だけを受理する。
+
+## 非変更範囲
+
+この境界修正は frozen manifest、fixture、packet、snapshot、observed result、登録 hash、source commit、観測回数、metric、gate、解釈を変更・再実行・再集計しない。変更するのは hash verifier が bytes を取得する時点だけである。

docs/real-task-feedback-shadow-protocol-v3.md

@@ -35,7 +35,8 @@ local exact verifier は明示された SQLite snapshot を必要とする。liv
 
 repository lifecycle audit は repository 内 artifact だけを使い、snapshot replay を担当しない。次を検証する。
 
-- protocol / legacy frozen artifact hash
+- v3 manifest path の初回追加 commit にある protocol / legacy frozen artifact の exact blob hash
+- 初回追加 commit の存在と current `HEAD` の ancestor 関係、および current manifest bytes と初回登録 manifest bytes の一致
 - packet と aggregate の canonical JSON bytes
 - root slot の連番、correction chain の到達可能性、immutable correction field
 - effective packet 全体で共通の snapshot hash、capture config、search surface と、slot 順に厳密増加する capture timestamp
@@ -59,3 +60,5 @@ python tools/run_real_task_shadow_v3.py audit-lifecycle --manifest tests/fixture
 ```
 
 `probe` は実 MCP adapter search から placeholder packet、snapshot exact verification、two-arm replay、one-time result までを一時 directory 内で一巡し、registered output を repository に生成しない。`audit-lifecycle` は snapshot を使わず、freeze 後の repository lifecycle state を検証する。
+
+同名 path の current working tree は repository evolution の現在状態であり、v1 / v2 / v3 の historical evidence ではない。lifecycle audit は manifest、packet、aggregate、gate、観測結果を変更せず、hash 取得元だけを manifest path の初回追加 commit の blob に固定する。

docs/requirements.md

@@ -98,6 +98,7 @@
 79. repository-native controlled corpus v3 の engine-backed trajectory experiment は、source commit、split / cluster identity、explicit-link edge、0 / 1 / 3 / 10 feedback schedule、query、used node、credited path、control / treatment、gate、manifest hash、exclusive output を観測前に固定する。control は relation trace と used node を記録して edge を変更せず、treatment だけが同じ schedule の relation trace ID を `record_success` に渡す。headroom は 0 から 10 で厳密改善し途中 checkpoint で退行せず、control case と ceiling case も退行せず、credited edge 以外が変化しない場合だけ development gate を通過する。development 全 gate 通過時だけ holdout を一度開き、観測後は evaluator、fixture、gold、schedule、manifest、gate、docs を変更しない。
 80. sibling relation feedback normalization は、明示的に有効化された candidate config でのみ、relation trace の credited edge を強化し、その edge と同じ source から出る未 credit sibling だけを局所的に正規化できる。lexical trace、zero-hop、未関係 source、credited sibling は変更しない。candidate は synthetic isolation test と result-free development / holdout 相当の relation、direct、lexical、negative-control gate を通過するまで default にしない。
 81. sibling normalization controlled evaluation は、評価対象 source commit / hash、相互に identity-disjoint な development / holdout cluster、明示 edge、baseline `0.0` / treatment `1.0`、query、used node、credited path、mutation scope、rollback、係数 / 時刻 schedule、hard gate、exclusive output を観測前に固定する。実 `NeuronGraphRAG` の `search_channels` relation trace ID を `record_success` に渡し、headroom strict improvement、ceiling・direct・lexical・directional-negative non-regression、path・mutation・atomicity・determinism の全 development gate 通過時だけ holdout を一度開く。観測後は protocol artifact と docs を変更せず、既定値と external D1 claim を変更しない。
+82. frozen evaluation の historical source hash は、manifest path の初回追加 commit または manifest が明示する lowercase full 40-hex source / baseline / prior commit の exact blob bytes に対して検証する。後続の committed manifest rewrite、mutable ref / revision expression、未知 commit、非 ancestor commit、manifest bytes差、欠落 path、hash 不一致を fail closed にし、同名 path の current working tree を過去の evidence として扱わない。既存 protocol が明記する raw-first LF / CRLF whole-file alternate だけを維持し、本文差、mixed newline、bare CR、その他の byte 差を拒否する。
 75. v3 implementation、prompt、manifest、query override、schema、集約、path audit、hash規則、gate、stop rule、testsをresult-free commitでpushした後、development stage / 4 case packet / 12 responses / resultを各一度だけ生成する。
 76. development全12 gate通過時だけholdout stageを一度生成し、異なるfresh 12 judgesで同じgateを評価する。packet、response、resultの上書き、観測後の規則変更、実LLM品質値のCI再生成を拒否する。
 
@@ -132,3 +133,4 @@
 - [Engine-backed feedback trajectory experiment](engine-backed-feedback-trajectory-experiment.md) が repository-native controlled corpus v3 上の 0 / 1 / 3 / 10 feedback trajectory、実 relation trace、credited-only mutation、result-free freeze、conditional holdout を定義する。
 - [Sibling relation feedback normalization](sibling-relation-feedback-normalization.md) が opt-in candidate の局所 sibling 正規化、trace isolation、default 変更前の検証境界を定義する。
 - [Sibling normalization controlled evaluation](sibling-normalization-controlled-evaluation.md) が repository-native corpus、result-free hash freeze、実 relation trace feedback、mutation / rollback gate、conditional holdout を定義する。
+- [Historical source verification](historical-source-verification.md) が frozen manifest path の初回追加 commit、明示 full source commit ID、exact blob、ancestor、path、newline portability、fail-closed 境界を定義する。

docs/sibling-normalization-controlled-evaluation.md

@@ -10,6 +10,8 @@
 
 `sibling_normalization_controlled_v1` の fixture、gold、schedule、manifest、gate、evaluator、runner、test と本書を、observed output が存在しない状態で commit / push する。manifest は評価対象の engine source commit と SHA-256、登録 artifact の SHA-256、split / cluster identity、exclusive output path を固定する。
 
+評価対象 engine source は manifest の明示 full commit ID、protocol artifact は manifest path の初回追加 commit の exact blob bytes を読む。commit の存在と current `HEAD` の ancestor 関係、manifest bytes、path、hash を検証し、current working tree の同名 path は historical evidence として扱わない。
+
 development と holdout は node ID、cluster ID、query 語彙を共有しない。過去の feedback trajectory evaluator、fixture、gold、schedule、manifest、gate、observed result は選択入力にも実行入力にも使わない。
 
 登録 runner は clean worktree かつ `HEAD == upstream` の freeze 後だけ実行できる。既存 output の上書きを拒否し、development が全 hard gate を通過した場合だけ holdout を一度開く。失敗結果も保存し、protocol 調整や再実行を行わない。

src/neuron_graph_rag/blind_selection.py

@@ -8,6 +8,10 @@
 from pathlib import Path
 from typing import Any, Iterable
 
+from .corpus_integrity import (
+    verify_historical_source_hashes,
+    verify_manifest_source_hashes,
+)
 from .d1_fixture import load_fixture
 from .engine import EngineConfig, NeuronGraphRAG
 
@@ -45,12 +49,15 @@ def read_blind_manifest(path: str | Path) -> dict[str, Any]:
     if len(manifest.get("gate", [])) != 12:
         raise ValueError("Blind selection manifest must freeze twelve gates")
     _audit_v1_hashes(manifest_path, manifest)
-    prompt_path = _repo_root(manifest_path) / manifest["judge_prompt"]["path"]
-    if not _matches_frozen_text_bytes(
-        prompt_path, str(manifest["judge_prompt"]["sha256"])
-    ):
-        raise ValueError("Frozen judge prompt hash mismatch")
-    _validate_prompt(prompt_path.read_text(encoding="utf-8"))
+    root = _repo_root(manifest_path)
+    prompt_relative = str(manifest["judge_prompt"]["path"])
+    prompt = verify_manifest_source_hashes(
+        root,
+        manifest_path,
+        {prompt_relative: str(manifest["judge_prompt"]["sha256"])},
+        allow_text_newline_alternate=True,
+    )
+    _validate_prompt(prompt.artifact_bytes[prompt_relative].decode("utf-8"))
     return manifest
 
 
@@ -560,11 +567,12 @@ def _audit_v1_hashes(manifest_path: Path, manifest: dict[str, Any]) -> None:
     entries = manifest.get("frozen_v1_bytes")
     if not isinstance(entries, list) or not entries:
         raise ValueError("Blind manifest must freeze v1 byte hashes")
-    for entry in entries:
-        if not _matches_frozen_text_bytes(
-            root / entry["path"], str(entry["sha256"])
-        ):
-            raise ValueError(f"Frozen v1 byte hash mismatch: {entry['path']}")
+    verify_historical_source_hashes(
+        root,
+        str(manifest["frozen_v1_baseline_commit"]),
+        {str(entry["path"]): str(entry["sha256"]) for entry in entries},
+        allow_text_newline_alternate=True,
+    )
 
 
 def _matches_frozen_text_bytes(path: Path, expected_sha256: str) -> bool: