feat: integrate Git-backed Skill repository

[dydpop]

Summary

• B 任务主交付：把 Skill Repository 从 demo/内存形态推进到 Git-backed、可版本化、可追溯、可治理的 SkillStorage。
• 本 PR 以 repo-dev 为 base，干净承接现有 repo/search/graph 能力；没有从 runtime 分支夹带 C 任务历史。
• 保留 memory fallback，同时默认新增 git repository backend，并通过 SkillWikiManager 作为唯一正式适配层。

贡献主体

• 贡献主体：B 任务 Git-backed Skill 仓库集成与成品化适配。
• 主要实现内容由本次 B 任务集成完成，重点负责：存储层、仓库适配层、Repository API、生命周期 diff/version 对接、接口兼容保护和回归测试。
• 同时保护 A/C/D/E 已有接口：不删除 runtime 测试，不回退 execution schema，不绕过 SkillWikiManager 形成平行仓库路线。

借鉴来源

• 参考并批判吸收了学长分支中的 Git repo/version 思路：
  https://github.com/Huangdingcheng/skillos/tree/feat/lbs-repo_version/skillos/skillos/storage/skill_repo
• 吸收点：skills/{skill_name}/{version}.json、versions.json、metadata/skills_index.json、events.jsonl、Git diff/history/status、版本创建、软/硬删除、状态流转、merge/sync/CLI 等方向。
• 未直接合并该分支：该分支还包含对 execution/schema/tests 的回退式改动，和当前 C/E 稳定接口有冲突风险，因此本 PR 只选择性重实现 B 仓库能力。

Key Changes

• 新增 skillos.storage.skill_repo.GitSkillStore：本地 Git-backed SkillStorage，支持 init/create/update/new-version/delete/transition/diff/history/events/status/rebuild-index/merge/sync。
• 重做 layers/skill_repository/repository.py：SkillWikiManager 统一适配 Git-backed 后端，保留上层调用所需的 get/list/create/update/delete/create_new_version/transition_state/record_execution/get_overview_stats 等接口。
• 新增 /api/v1/repository/status、/api/v1/repository/events、/api/v1/repository/rebuild-index。
• /api/v1/lifecycle/{skill_id}/diff 优先走 Git/file diff，同时兼容旧的 VersionController 格式。
• create_app 新增 repository_backend、skill_storage_dir、seed_demo 参数，默认走 git，保留 memory fallback。
• 修复兼容点：/skills 使用公开 wiki.update/delete，SkillProvenance 使用 created_by_agent，MemoryWikiManager.update 支持 dict 转模型，SkillLibrarianAgent 使用公开 wiki/graph 方法。
• 补齐 ExecutionStepResult.step_index/result/outputs 兼容字段，避免影响 C/E 前端和执行接口。

Verification

• python -m compileall -q skillos
• python -m pytest tests\test_skill_repo_git_backend.py -q --no-cov：8 passed
• python -m pytest tests -q --no-cov：149 passed
• git diff --check

Notes

• Git-backed storage默认路径为包内 skillos/skillos/storage/skill_repo/SkillStorage/，已加入 .gitignore，避免运行时仓库内容污染代码仓库。
• 运行时 execution metrics 会持久化但默认不为每次执行制造 Git commit，减少 Git 历史噪声。
• Git remote push/sync 保持显式操作，不做自动远程同步。

[dydpop]

补充一个本地预览小修，已推送到本 PR。

这次只处理两个已确认问题，没有扩大范围：

• 后端启动 seed demo Skills 后，会把 Wiki 中的 Skill 同步到内存 Graph manager。
• /api/v1/graph/stats/overview 现在能和 /api/v1/graph 中的节点统计保持一致。
• 清理了 demo seed 里的历史乱码文案，Wiki / Graph 里看到的 Skill 描述和 prompt 现在是可读文本。

验证结果：

• python -m compileall -q skillos\skillos\api\main.py skillos\skillos\api\memory_store.py skillos\skillos\api\routes\graph.py
• python -m pytest skillos\tests\test_skill_repo_git_backend.py -q：9 passed
• git diff --check
• 使用干净本地 storage 启动后端后，/api/v1/graph/stats/overview 返回 nodes=16，并且 /api/v1/graph 里的 graph_stats.nodes 也是 16。

说明：当前 edges=0 是预期内的，因为本次没有强行把 demo seed 里的 sub_skill_ids 从 Skill name 改成真实 Skill ID，避免把这次小修扩大成 seed 关系映射重构。