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Welcome to the Disgaea DS Documentation wiki!

File Formats:
DSARCIDX
DSARCFL
IMY
MPDS
DSEQ
More to come soon...

ROM Structure:
[root]
├── ThumbBg.dat DSARCIDX
│ └── Thubg*.imy (19 files) IMY - Savefile thumbnails
├── bg.dat DSARCIDX
│ └── bg*.mpb (117 files) MPB (MAP, IMY)
├── bgm.dat{,.tbl} DSARCFL
│ └── bgm__.msnd (33 files) DSEQ
├── bu.dat DSARCIDX
│ └── bu_.mpb (101 files) MPB (MAP, IMY)
├── ch_.amd (234 files) AMD - Char/class animation data?
├── ch_.amt (234 files) AMT - Char/class animation ???
├── chclut.bin - Sprite color LUTs (for sprts.bin)
├── chtex.bin 12BYTES-ARMS - Sprite metadata (for sprts.bin)
├── demoDbg.dat DSARCIDX
│ └── file* (280 files) ASCII text - (Debug text files, TBD)
├── dspack.dat DSARCIDX - (Essentially start.dat for DS)
│ ├── back.imy IMY
│ ├── base.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── base.dsm DSM
│ │ └── baseoe__.imy (5 files) IMY
│ ├── cursor.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── cursor.dsm DSM
│ │ └── cursoroe__.imy (2 files) IMY
│ ├── enn.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── enn.dsm DSM
│ │ └── ennoe__.imy (2 files) IMY
│ ├── enn.imy IMY
│ ├── establish_.imy (23 files) IMY - Top screen in Settings
│ ├── helpbg*.imy (7 files) IMY - Top screen in in-game Help
│ ├── loading*.imy (6 files) IMY - Loading screen clock-Prinny
│ ├── mgate.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── mgate.dsm DSM
│ │ └── mgateoe_.imy (4 files) IMY
│ ├── pliny01.imy IMY - ???
│ ├── sys7.imy IMY
│ ├── taiho.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── taiho.dsm DSM
│ │ └── taihooe_.imy (6 files) IMY
│ ├── taiho2.dso DSO (DSARCIDX)
│ │ ├── taiho2.dsm DSM
│ │ └── taiho2oe_.imy (4 files) IMY
│ ├── titdemo{3,4,5}.imy (3 files) IMY - Titlescreen opening animation
│ ├── waku3.imy IMY
│ └── wbg.imy (17 files) IMY - Top-screen titlescreen logo
├── efctobj.dat DSARCIDX
│ └── effect_.dsm (133 files) DSM
├── efcttex.dat DSARCIDX
│ └── effect___.imy (270 files) IMY
├── mapobjs.dat DSARCIDX
│ └── mp_o_.dsm (234 files) DSM
├── maptex.dat DSARCIDX
│ └── mp_{t,prd}.imy (785 files) IMY - Map textures (for heightmapped surface)
├── mpds.dat DSARCIDX
│ └── mp.mpds (198 files) MPDS - Map files (compressed)
├── mpds.lst ASCII text - (CSV of filename,mapID, weird for PSP_mp25001)
├── msgvo.dat{,.tbl} DSARCFL
│ └── .strm (173 files) STRM
├── nafnt.fnt
├── objtex.dat DSARCIDX
│ └── mp_o*.imy (646 files) IMY - Map object textures
├── rmaps.dat DSARCIDX
│ └── 20.rmd (72 files) RMD? - Item world randomized maps?
├── script.dat script.dat - Scripting
├── se.dat{,.tbl} DSARCFL
│ ├── _.se (128 files) SWAV - Sound effects
│ └── yrah.swav (4 files) (empty)
├── song.dat{,.tbl} DSARCFL
│ ├── bgm10.msnd DSEQ
│ └── song.msnd (11 files) DSEQ
├── sprts.bin sprts.bin - Raw sprite data (use chtex.bin to parse)
├── sys9.imy IMY - Tileset for topscreen (map)
├── table.dat DSARCIDX
│ ├── char.dat table - Character/class data
│ ├── charhelp.dat table - Class help description
│ ├── dungeon.dat table - Gatekeeper warp data
│ ├── ge.dat table - Geo effects
│ ├── geocube.dat table - Geocube effects (multiplayer)
│ ├── habit.dat table - Item inhabitants
│ ├── hospital.dat table - Hospital awards
│ ├── magic.dat table - Specials/spells
│ ├── mitem.dat table - Items
│ ├── musicshop.dat table - Song list
│ ├── name.dat table - Names for randomizer
│ ├── thief.dat table - Stat stealing entries
│ ├── wish.dat table - Dark Assembly bills
│ └── zukan.dat table - Bestiary entries
├── talk.dat talk.dat - Dialogue (castle, cutscenes) + some scripting
├── uwbg*.mpb (12 files) MPB (MAP, IMY)
├── voice.dat{,.tbl} DSARCFL
│ ├── ___.se (3 files) SWAV
│ └── ___.swav (185 files) SWAV
├── waku{,2,3}.imy (3 files) IMY
└── wbg{,2,3}.imy (3 files) IMY\

File tree taken from: https://disgaea.rustedlogic.net/Disgaea_1/DS/File_tree
This one will be more updated and maintained.