La adquisición y el análisis de bases de datos moleculares son tareas fundamentales en quimioinformatica y en aplicaciones de inteligencia artificial enfocadas a áreas como la ciencia de materiales y el diseño de fármacos. Actualmente, existen repositorios públicos como PubChem, CheMBL y Protein Data Bank que permiten el acceso a millones de compuestos con anotaciones de bioactividad y a estructuras 3D de blancos moleculares. Analizar y obtener sentido de la información contenida en estos repositorios representa una oportunidad para realizar análisis inductivos y para la simulación de sistemas vivos. En el diseño de fármacos, estos datos han permitido entrenar modelos para la predicción de actividad/toxicidad de nuevos compuestos, para explorar las relaciones estructura-propiedad (actividad biológica) y para vincular objetivos biológicos con compuestos bioactivos, esto por mencionar algunos ejemplos.
Temas principales:
● Introducción a las representaciones moleculares más comunes de compuestos orgánicos de bajo peso molecular y sus aplicaciones en diversos contextos.
● Introducción al uso de las paqueterias de quimioinformática para el manejo de estructuras y reacciones químicas. Se aplicarán conocimientos de quimioinformática y programación para comparar estructuras, filtrar bases de datos y visualizar moléculas con características específicas.
● Los asistentes aprenderán a acceder a repositorios públicos de datos quimico-biológicos como ChEMBL y PubChem mediante programación.
● Conocerán el tipo de información y búsquedas que brindan los repositorios públicos de compuestos químicos.
● Conocerán y aplicarán técnicas para la visualización y el análisis del espacio químico.
Es necesario contar con una cuenta de Gmail para utilizar los Google Colab con los tutoriales.
Lecturas sugeridas:
- Inteligencia artificial en el diseño de fármacos: Hacia la inteligencia aumentada: https://www.revistas.unam.mx/index.php/req/article/view/83233
- Chemoinformatics-Based Enumeration of Chemical Libraries: A Tutorial: https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-020-00466-z
- Descubrimiento y desarrollo de fármacos: un enfoque computacional: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0187893X16300301
Eventos:
● IX Simposio de "Tendencias actuales en la búsqueda y desarrollo de fármacos", 12 y 13 de junio del 2023.
https://www.quimicafarmaceuticafq.com/simposioqf
● UAMedia, curso: "Búsqueda, análisis, representación y visualización de información química contenida en bases de datos moleculares", 9 al 20 de octubre del 2023.
Citar:
Manual electrónico disponible en: https://difacquim.gitbook.io/quimioinformatica