ningxi-pubfig · 生信出版级图表生成器

生信版 scipilot：火山图 / 富集气泡图 / 聚类热图一键出出版级 Figure，附带 Methods 段落 + 图注，本地运行、数据不出本机。

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一句话定位

Python-native、本地优先、专为 RNA-seq 设计的出版级图表 skill。

R 有 EnhancedVolcano 和 ComplexHeatmap，Python/Scanpy 用户却没有对等的成熟库。ningxi-pubfig 填补这个空白：pip 一行安装，本地出图，直接过期刊格式审查。

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为什么是它？（差异化）

维度	通用图表 skill（如 scipilot）	大而全生信 skill 库	ningxi-pubfig
图型	通用统计图	浅层封装	生信专属深度图：火山/富集/热图
期刊规范	✅ 有	⚠️ 弱	✅ Nature/Cell/中文核心预设
CJK 中文	✅ 有	⚠️ 弱	✅ 自动检测中文字体
Methods 段落	❌ 无	❌ 无	✅ 每图自动生成
数据隐私	⚠️ 部分云端	⚠️ 部分云端	✅ 本地运行，零上传

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七件套（v0.2.0）

RNA-seq 三件套（首版）

1. 火山图（Volcano Plot）— 差异表达结果
2. 富集气泡图（Enrichment Dot Plot）— GO/KEGG 富集结果
3. 聚类热图（Clustered Heatmap）— 差异基因表达矩阵

单细胞 + 生存分析四件套（二期）

4. UMAP 降维图（UMAP Plot）— 单细胞聚类可视化
5. Feature Plot — 基因表达在 UMAP 上的连续色标
6. 单细胞气泡图（Dot Plot）— 基因 × 细胞类型表达矩阵
7. KM 生存曲线（Kaplan-Meier）— 组间生存差异与 log-rank 检验

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快速开始

安装

git clone https://github.com/amaranth-c/ningxi-pubfig.git
cd ningxi-pubfig
pip install -e .

CLI 跑通七件套

# 1. 火山图
python scripts/volcano.py \
  --input examples/deseq2_results.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/volcano

# 2. 富集气泡图
python scripts/enrichment.py \
  --input examples/go_enrichment.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/enrichment

# 3. 聚类热图
python scripts/heatmap.py \
  --input examples/expression_matrix.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/heatmap

# 4. UMAP 降维图
python scripts/umap.py \
  --input examples/umap_coords.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/umap

# 5. Feature Plot（CD3D 在 T 细胞簇高表达）
python scripts/feature.py \
  --input examples/feature_expr.csv \
  --gene CD3D \
  --preset nature \
  --outdir outputs/feature

# 6. 单细胞气泡图
python scripts/dotplot.py \
  --input examples/dotplot.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/dotplot

# 7. KM 生存曲线
python scripts/km.py \
  --input examples/km.csv \
  --preset nature \
  --outdir outputs/km

每个命令输出 png/pdf/svg 三格式 + 一个 .methods.md（含 Methods 段落、图注、软 CTA）。

Python API

from ningxi_pubfig import apply_preset, configure_fonts
import matplotlib.pyplot as plt

apply_preset("nature")
configure_fonts()

# 然后用你熟悉的 matplotlib/seaborn 绘图，预设已全局生效

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期刊预设

预设	适用期刊	栏宽	矢量格式	特色
nature	Nature 系列	单栏 89mm	PDF @ 1000dpi	色盲友好、去边框
cell	Cell 系列	单栏 88mm	PDF @ 800dpi	Helvetica、粗线
cn-core	中文核心期刊	通栏 170mm	PDF @ 600dpi	Times New Roman + 宋体

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输出示例

火山图

富集气泡图

聚类热图

UMAP 降维图

Feature Plot

单细胞气泡图

KM 生存曲线

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自动生成 Methods 段落

outputs/volcano/volcano_nature.methods.md 示例：

差异表达分析使用 DESeq2（v1.40.2）完成，以 |log₂FoldChange| > 1.0 且 FDR 调整后的 p 值 < 0.05 为显著阈值。火山图使用 ningxi-pubfig（v0.2.0）绘制，横轴为 log₂FoldChange，纵轴为 -log₁₀(adjusted p-value)。

图 X. 差异表达基因火山图。红色/蓝色分别表示显著上调/下调基因，灰色为不显著基因。

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💡 提示：若您的项目需要从 fastq 到投稿就绪图表的全包式分析服务，可联系柠溪生物（易十三），提供 RNA-seq / scRNA-seq / WGS / WES / ChIP-seq 分析与出版级 Figure 定制。

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WorkBuddy / Claude Code / Codex Skill 用法

本仓库同时是一个 AI agent skill。安装后，在 agent 中调用：

@skill:ningxi-pubfig

agent 会自动询问数据路径、图类型、期刊预设，生成本地图表并返回 Methods 段落。

详细协议见 SKILL.md。

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数据来源与隐私

• 本地处理：所有数据在本地 CPU 处理，不上传任何服务器。
• 示例数据为脱敏合成数据，仅用于演示。例如单细胞示例为 6,000 细胞 × 10 种真实命名细胞类型（Naive/Memory CD4 T、Cytotoxic CD8 T、Treg、B、Plasma、Macrophage、Monocyte、Fibroblast、Endothelial）及经典 marker 矩阵。

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关于柠溪生物

ningxi-pubfig 由 柠溪生物（易十三）开源维护。我们提供：

• RNA-seq / scRNA-seq / WGS / WES / ChIP-seq 数据分析
• 从 fastq 到投稿就绪图表的全包式服务
• 出版级 Figure 定制（单图 ¥500–2,000；全套 ¥6,000–15,000）

工具是漏斗顶端，服务是后端。有问题欢迎提 Issue 或邮件联系 278752717@qq.com。

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License

MIT © 2026 柠溪生物 / 易十三