Data Challenge 1 : Buprenorphine/Naloxone vs. Clonidine for Opioid Detoxification

Analyse comparative de deux traitements de désintoxication aux opioïdes à partir de deux essais cliniques NIDA (National Institute on Drug Abuse) : CTN-0001 (patients hospitalisés) et CTN-0002 (patients ambulatoires).

Groupe 5, M1 S1

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Contexte clinique

Ce projet analyse les données de deux essais cliniques randomisés comparant :

• BUPNAL : Buprénorphine/Naloxone
• CLON : Clonidine

pour la détoxification rapide aux opioïdes sur une période de 13 jours, suivie d'une phase de suivi.

Référence principale : Ling et al., 2005 (Primary Publication)

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Structure du projet

Data Challenge 1/
├── data/raw/               # Domaines SDTM renommés, non versionnés (voir Données sources)
│   ├── dm1/2.csv           # Démographie & bras de randomisation
│   ├── ds1/2.csv           # Disposition (phases, abandon)
│   ├── ex1/2.csv           # Exposition / dosages
│   ├── lb1/2.csv           # Résultats labo (dépistages urinaires)
│   ├── mh1/2.csv           # Antécédents médicaux
│   ├── sc1/2.csv           # Sociodémographie
│   └── vs1/2.csv           # Signes vitaux
│
├── notebooks/
│   ├── flowchart.ipynb     # Diagramme CONSORT de flux patients
│   ├── Figure 1.ipynb      # Courbe de rétention au fil du temps
│   └── Tableau 2.ipynb     # Analyse d'efficacité & tests statistiques
│
├── src/
│   └── flowchart.py        # Script Graphviz pour le diagramme CONSORT
│
├── Projet/                 # Livrables
│   ├── figure1_retention.html
│   ├── Table1_Ambulatoire.html
│   ├── Table1_Hospitalisation.html
│   └── Mini-Rapport_Table1-Partielle.pdf
│
└── docs/                   # Consignes et cahier des variables

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Population étudiée

Étude	Cadre	Patients screenés	BUPNAL	CLON	Échec screening
CTN-0001	Hospitalisé (IN)	138	77	36	25
CTN-0002	Ambulatoire (OUT)	273	156	74	43
Total		411	233	110	68

Randomisés : 343 patients (ratio BUPNAL:CLON ≈ 2:1)

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Analyses réalisées

Flowchart CONSORT (flowchart.ipynb)

Diagramme de flux des patients à travers les phases de l'essai :

• Screening → Randomisation → Phase active → Suivi
• Calcul des abandons précoces (< 14 jours) : 33 au total (14 BUPNAL, 19 CLON)
• Population Per-Protocol (PP) : 310 patients ayant complété la phase active de 13 jours

Figure 1 : Rétention (Figure 1.ipynb)

Courbe de proportion de patients retenus à chaque visite, stratifiée par :

• Bras de traitement (BUPNAL vs CLON)
• Cadre (hospitalisé vs ambulatoire)

Visualisation interactive générée avec Plotly → figure1_retention.html

Tableau 2 : Efficacité (Tableau 2.ipynb)

Analyse du critère de jugement principal composite :

Un patient est répondeur si :

1. Il a au moins une observation à VISITNUM ≥ 13 (rétention)
2. Tous ses tests urinaires aux opioïdes à VISITNUM ≥ 13 sont négatifs (abstinence)

Tests statistiques :

• Test de proportion (unilatéral) : H₀ : p_BUPNAL = p_CLON vs H₁ : p_BUPNAL > p_CLON
• Intervalles de confiance à 95 %
• Analyses ITT et Per-Protocol

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Stack technique

Outil	Usage
polars	Traitement principal des données
pandas	Manipulation complémentaire
scipy.stats	Tests statistiques
plotly	Visualisations interactives
matplotlib	Figures statiques
graphviz	Diagramme CONSORT

Installation

# Créer et activer l'environnement virtuel
python -m venv challenge1-env
challenge1-env\Scripts\activate   # Windows

# Installer les dépendances
pip install polars pandas scipy plotly matplotlib graphviz

Lancer les notebooks

jupyter notebook notebooks/

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Données sources

Les données ne sont pas versionnées dans ce dépôt. Il s'agit de données individuelles d'essais cliniques, mises à disposition par NIDA Data Share après acceptation de conditions d'usage qui ne prévoient pas leur redistribution.

Pour reproduire les analyses, télécharger les deux études au format ASCII :

• CTN-0001, patients hospitalisés : https://datashare.nida.nih.gov/study/nida-ctn-0001
• CTN-0002, patients ambulatoires : https://datashare.nida.nih.gov/study/nida-ctn-0002

Décompresser chaque archive à la racine du dépôt, puis constituer data/raw/ en copiant les domaines utiles et en les renommant avec le suffixe de l'étude, 1 pour CTN-0001 et 2 pour CTN-0002. Les notebooks lisent data/raw/dm1.csv, data/raw/ds1.csv, data/raw/lb1.csv et leurs équivalents en 2.

Format : SDTM (Study Data Tabulation Model), avec un fichier define.xml de métadonnées. La publication de référence et le protocole d'essai accompagnent les archives sur NIDA Data Share ; ils ne sont pas non plus redéposés ici.

Résultats clés

• BUPNAL présente une rétention numériquement supérieure à CLON sur l'ensemble des visites
• Les patients hospitalisés (IN) ont une meilleure rétention que les patients ambulatoires (OUT)
• L'analyse Per-Protocol confirme la tendance observée en ITT
• Le déséquilibre de randomisation 2:1 limite la puissance statistique pour certaines comparaisons

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Références

• Ling, W. et al. (2005). Buprenorphine maintenance treatment of opiate dependence. Drug and Alcohol Dependence.
• NIDA Clinical Trials Network : CTN-0001 / CTN-0002
• ICH E9 : Statistical Principles for Clinical Trials