Detecting peaks
╭───────────────────── Traceback (most recent call last) ──────────────────────╮
│ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/main.py:220 │
│ in detect │
│ │
│ 217 │ """ │
│ 218 │ typer.echo("Detecting peaks") │
│ 219 │ │
│ ❱ 220 │ _decoden_pipeline(["detect"], │
│ 221 │ │ │ │ │ files_reference=files_reference, │
│ 222 │ │ │ │ │ out_dir=out_dir, │
│ 223 │ │ │ │ │ control_label=control_label, │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ control_label = 'control' │ │
│ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_co… │ │
│ │ min_width = 150 │ │
│ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │
│ │ peak_threshold = 0.01 │ │
│ │ pval_alpha = 0.05 │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/decoden_pip │
│ eline.py:85 in _decoden_pipeline │
│ │
│ 82 │ if "detect" in pipeline_steps: │
│ 83 │ │ assert control_label is not None, "Please specify the label use │
│ 84 │ │ assert files_reference is not None, "Please specify the file th │
│ ❱ 85 │ │ run_peak_calling(files_reference, out_dir, control_label, pval_ │
│ 86 │ │ │ │ │ │ │ peak_threshold=peak_threshold, │
│ 87 │ │ │ │ │ │ │ min_width=min_width) │
│ 88 │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ alpha_H = None │ │
│ │ alpha_W = None │ │
│ │ bin_size = None │ │
│ │ blacklist_file = None │ │
│ │ chunk_size = None │ │
│ │ control_cov_threshold = None │ │
│ │ control_label = 'control' │ │
│ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experim… │ │
│ │ genome_size = None │ │
│ │ input_csv = None │ │
│ │ min_width = 150 │ │
│ │ n_train_bins = None │ │
│ │ num_jobs = None │ │
│ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │
│ │ peak_threshold = 0.01 │ │
│ │ pipeline_steps = ['detect'] │ │
│ │ plotting = None │ │
│ │ pval_alpha = 0.05 │ │
│ │ seed = None │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
│ │
│ /cluster/gjb_lab/jabbott/miniconda3/envs/decoden/DecoDen/decoden/detection/p │
│ eak_detection.py:166 in run_peak_calling │
│ │
│ 163 │ label_mapping = {} │
│ 164 │ │
│ 165 │ for v in files_mapping.values(): │
│ ❱ 166 │ │ condition, replicate, label = v │
│ 167 │ │ if condition==control_label: │
│ 168 │ │ │ continue │
│ 169 │ │ if condition not in label_mapping: │
│ │
│ ╭───────────────────────────────── locals ─────────────────────────────────╮ │
│ │ bedgraph_dir = '/tmp/1914583.1.all.q/decoden/output_bedgraph_files' │ │
│ │ control_label = 'control' │ │
│ │ f = <_io.TextIOWrapper │ │
│ │ name='/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_condit… │ │
│ │ mode='r' encoding='UTF-8'> │ │
│ │ files_mapping = { │ │
│ │ │ │ │
│ │ '/tmp/1914468.1.all.q/decoden/data/control_reads.npy… │ │
│ │ { │ │
│ │ │ │ 'condition': 'control', │ │
│ │ │ │ 'sample_names': [ │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_1_rep1', │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_2_rep2', │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_3_rep3' │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ 'filenames': [ │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509254.bam', │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509253.bam', │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509252.bam' │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ 'bin_size': 200, │ │
│ │ │ │ 'fragment_length': 76.0 │ │
│ │ │ }, │ │
│ │ │ │ │
│ │ '/tmp/1914468.1.all.q/decoden/data/H3K4me3_reads.npy… │ │
│ │ { │ │
│ │ │ │ 'condition': 'H3K4me3', │ │
│ │ │ │ 'sample_names': [ │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_1_rep1', │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_2_rep2', │ │
│ │ │ │ │ 'ENCSR098OLN_replicate_3_rep3' │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ 'filenames': [ │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187572.bam', │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187571.bam', │ │
│ │ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX10187570.bam' │ │
│ │ │ │ ], │ │
│ │ │ │ 'bin_size': 200, │ │
│ │ │ │ 'fragment_length': 76 │ │
│ │ │ } │ │
│ │ } │ │
│ │ files_reference = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden/experiment_c… │ │
│ │ label_mapping = {} │ │
│ │ min_width = 150 │ │
│ │ out_dir = PosixPath('/tmp/1914583.1.all.q/decoden') │ │
│ │ peak_threshold = 0.01 │ │
│ │ peaks_output_dir = '/tmp/1914583.1.all.q/decoden/called_peaks' │ │
│ │ pval_alpha = 0.05 │ │
│ │ v = { │ │
│ │ │ 'condition': 'control', │ │
│ │ │ 'sample_names': [ │ │
│ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_1_rep1', │ │
│ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_2_rep2', │ │
│ │ │ │ 'ENCSR098OLN_control_3_rep3' │ │
│ │ │ ], │ │
│ │ │ 'filenames': [ │ │
│ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509254.bam', │ │
│ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509253.bam', │ │
│ │ │ │ '/tmp/1914468.1.all.q/SRX7509252.bam' │ │
│ │ │ ], │ │
│ │ │ 'bin_size': 200, │ │
│ │ │ 'fragment_length': 76.0 │ │
│ │ } │ │
│ ╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯ │
╰──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────╯
ValueError: too many values to unpack (expected 3)
decoden detectis falling over while trying to read the experiment_conditions.json file. It looks like the json format has changed and has more values than expected: