From 82da6cd699301097ecd36531ef4900eb8e310b7d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: humanbeans893 <66624831+humanbeans893@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 16 Jul 2026 12:27:32 +0000
Subject: [PATCH 1/2] Harden and professionalize dissertation template

---
 .claude/CLAUDE.md                       | 185 ------------
 .claude/hooks/protect_raw_data.py       |   4 +-
 .claude/scripts/zotero-forward.py       |  26 +-
 .claude/skills/thesis-check/SKILL.md    |   2 +-
 .codex/AGENTS.md                        |   1 -
 .env.example                            |   8 +
 .github/CODEOWNERS                      |   5 +
 .github/dependabot.yml                  |  29 ++
 .github/pull_request_template.md        |  16 +
 .github/workflows/ci.yml                |  52 ++++
 .github/workflows/dependency-review.yml |  18 ++
 .gitignore                              |  10 +
 .mcp.json.example                       |  11 +
 .pre-commit-config.yaml                 |   1 +
 AGENTS.md                               |  96 ++++++
 CLAUDE.md                               |   3 +
 CONTRIBUTING.md                         |  20 ++
 LICENSE                                 |  21 ++
 Makefile                                |  87 ++++--
 README.md                               | 375 ++++--------------------
 SECURITY.md                             |  22 ++
 docker-compose.files.yml                |   7 +
 docs/integrations.md                    |  51 ++++
 draft/README.md                         | 128 +++-----
 draft/SUBMISSION_CHECKLIST.md           |  36 +++
 draft/chapters/01-introduction.tex      |  33 ++-
 draft/chapters/02-study1.tex            |  47 ++-
 draft/chapters/99-conclusion.tex        |  29 +-
 draft/chapters/_chapter-template.tex    |  83 ++++--
 draft/frontmatter/abbreviations.tex     |   7 +
 draft/frontmatter/abstract-en.tex       |   8 +
 draft/frontmatter/abstract-ja.tex       |   8 +
 draft/frontmatter/abstract.tex          |   4 -
 draft/frontmatter/acknowledgments.tex   |   3 +-
 draft/frontmatter/declaration.tex       |   8 +
 draft/frontmatter/publications.tex      |   9 +
 draft/frontmatter/symbols.tex           |  12 +
 draft/frontmatter/titlepage.tex         |  42 ++-
 draft/main.tex                          |  55 +++-
 draft/preamble.tex                      |  46 ++-
 draft/submission.tex                    |   4 +
 draft/supplementary.tex                 |  36 ++-
 draft/thesis-config.tex                 |  54 ++++
 projects/README.md                      |   6 +-
 pyproject.toml                          |   2 +-
 tests/test_public_repo_check.py         |  50 ++++
 tests/test_template_integrity.py        |  39 +++
 tests/test_thesis_check.py              |  35 +++
 tools/public_repo_check.py              | 143 +++++++++
 tools/thesis_check.py                   | 116 +++++++-
 50 files changed, 1375 insertions(+), 718 deletions(-)
 delete mode 100644 .claude/CLAUDE.md
 delete mode 100644 .codex/AGENTS.md
 create mode 100644 .github/CODEOWNERS
 create mode 100644 .github/dependabot.yml
 create mode 100644 .github/pull_request_template.md
 create mode 100644 .github/workflows/ci.yml
 create mode 100644 .github/workflows/dependency-review.yml
 create mode 100644 .mcp.json.example
 create mode 100644 AGENTS.md
 create mode 100644 CLAUDE.md
 create mode 100644 CONTRIBUTING.md
 create mode 100644 LICENSE
 create mode 100644 SECURITY.md
 create mode 100644 docker-compose.files.yml
 create mode 100644 docs/integrations.md
 create mode 100644 draft/SUBMISSION_CHECKLIST.md
 create mode 100644 draft/frontmatter/abbreviations.tex
 create mode 100644 draft/frontmatter/abstract-en.tex
 create mode 100644 draft/frontmatter/abstract-ja.tex
 delete mode 100644 draft/frontmatter/abstract.tex
 create mode 100644 draft/frontmatter/declaration.tex
 create mode 100644 draft/frontmatter/publications.tex
 create mode 100644 draft/frontmatter/symbols.tex
 create mode 100644 draft/submission.tex
 create mode 100644 draft/thesis-config.tex
 create mode 100644 tests/test_public_repo_check.py
 create mode 100644 tools/public_repo_check.py

diff --git a/.claude/CLAUDE.md b/.claude/CLAUDE.md
deleted file mode 100644
index 56e0a32..0000000
--- a/.claude/CLAUDE.md
+++ /dev/null
@@ -1,185 +0,0 @@
-# CLAUDE.md
-
-This file provides guidance to Claude Code when working with code in this repository.
-
-Think in English. **Respond in Japanese by default**; switch only if the user writes in another language.
-
----
-
-## Collaboration Principles
-
-The user may be a researcher with little coding-agent experience. Do not assume git/Docker/LaTeX fluency.
-
-- Before running a command, say in one plain sentence what it does and why.
-- After every step, report the outcome **and the exact path of any produced file** (figure, table, PDF, log).
-- Propose the next concrete step; never leave the user wondering what to do.
-- Confirm before anything destructive or irreversible (deleting files, overwriting data, git push, package installs).
-- When something fails, explain the cause in plain language first, then the fix.
-- Prefer the `make` targets below over raw commands — they are the documented, user-visible interface.
-
----
-
-## Quick Reference
-
-```bash
-make up      # build + start the Docker container
-make test    # all tests (repo + every study), inside Docker
-make lint    # ruff check + format check, inside Docker
-make format  # auto-fix + reformat, inside Docker
-make pdf     # build draft/main.pdf (latexmk, falls back to manual sequence)
-make check   # manuscript consistency checks (tools/thesis_check.py)
-
-# Run a study script (Python always goes through Docker)
-docker compose exec research-template uv run python projects/<study>/scripts/<script>.py
-
-# Package install (asks for confirmation — keep it that way), then refresh the lock
-docker compose exec research-template uv add <package> && make lock
-
-# Pre-git check
-pwd && git branch && git status
-```
-
-Raw LaTeX fallback (when latexmk is unavailable): `cd draft && lualatex -interaction=nonstopmode main.tex && bibtex main && lualatex ... && lualatex ...` — this is what `make bib` runs.
-
----
-
-## Project Overview
-
-Monorepo for a PhD dissertation: self-contained studies under `projects/` plus the integrated LuaLaTeX manuscript under `draft/` (`ltjsreport` class; thesis text in **English**; user-facing docs in Japanese).
-
-- `projects/<study>/` — one study: `data/{raw,interim,processed}`, `src/{utils,models,methods,analysis}`, `scripts/`, `result/{figures,tables,animations}`, `tests/`, `config.py`, `data/README.md` (data dictionary). `projects/_template/` is the skeleton to copy.
-- `draft/` — `main.tex` (+ `\include`d chapters, one per study), `preamble.tex`, `notation.tex`, `reference.bib`, conventions in `draft/README.md`.
-- `config.py` (repo root) — shared constants only (`GEO`, `RANDOM`, `VISUALIZATION`).
-- `tools/thesis_check.py` — stdlib-only manuscript checker behind `make check`.
-- `docs/` — research log, ADRs (`decisions/`), chapter reviews (`reviews/`).
-
-Studies never depend on sibling studies. Extraction later: `git subtree split --prefix=projects/<study>`.
-
----
-
-## The Dissertation Pipeline
-
-The end-to-end flow this repo exists for. Know where a request sits in it and drive it to the next verifiable state.
-
-### 1. New study
-
-```bash
-cp -r projects/_template projects/<study>
-docker compose exec research-template uv run pytest projects/<study>   # copy sanity check
-```
-
-A study becomes a chapter only when there is something to write; wiring a chapter is step 5.
-
-### 2. Data intake
-
-- New raw data goes to `data/raw/` — **immutable**; a PreToolUse hook blocks agent writes there. Never work around it (no shell redirects into `data/raw/` either).
-- Immediately record the dataset in the study's `data/README.md`: source, retrieval date, license, checksum, schema, re-download command. Large data never enters git; this ledger is the only recovery path.
-- Derived data is produced by scripts into `data/interim/` → `data/processed/`, never by hand.
-
-### 3. Analysis code
-
-- Reusable logic in `src/` (fail-explicit, see Error Handling); thin entry points in `scripts/`; run via Docker.
-- Add or extend tests under the study's `tests/` for new `src/` functions.
-- Verify: `make test && make lint`.
-
-### 4. Figures and tables
-
-- Always produce them from scripts using the study helpers:
-  - `src/utils/figures.py` → `save_figure(fig, "<study>-<slug>", cfg)` — applies shared style, writes `result/figures/<study>-<slug>.png` + a provenance sidecar (script, commit, timestamp).
-  - `src/utils/tables.py` → `write_latex_table(df, "<study>-<slug>", cfg, caption=...)` — booktabs `.tex` into `result/tables/`, ready for `\input`.
-- **File names must be study-prefixed** (`ocean-heat-trend`, not `fig1`): all studies share one flat `\graphicspath` namespace.
-- Never hand-edit anything under `result/` — rerun the generating script instead.
-
-### 5. Chapter wiring (once per study)
-
-1. Copy `draft/chapters/_chapter-template.tex` → `chapters/NN-<study>.tex`.
-2. Enable its `\include{chapters/NN-<study>}` line in `draft/main.tex`.
-3. Add the study's figures directory to `\graphicspath` in `draft/preamble.tex`.
-
-### 6. Writing
-
-Conventions live in `draft/README.md`; the essentials:
-
-- Labels: `ch:` `sec:` `subsec:` `fig:` `tab:` `eq:` `alg:` `app:` prefixes; reference with `\cref{...}` (never bare `\ref`).
-- Citations: single `draft/reference.bib`; keys `authYYYYfirstword` (Zotero Better BibTeX export). Never invent bib entries — ask the user or use Zotero (`/zotero-connect`).
-- Figures: `\includegraphics[width=...]{<study>-<slug>}` — no path, no extension. Tables: `\input{../projects/<study>/result/tables/<name>.tex}`.
-- Recurring symbols: define once in `draft/notation.tex`, use the macro everywhere.
-- Draft margin notes: `\todo{...}`; the whole layer switches off via `\draftnotesfalse` in `preamble.tex` for the final document.
-- Delete the placeholder `\nocite{lamport1994latex}` in `main.tex` (and its entry in `reference.bib`) once the first real citation exists.
-
-### 7. Build to PDF and fix errors
-
-```bash
-make pdf    # → draft/main.pdf
-```
-
-On failure, open `draft/main.log` and find the **first** line starting with `!`. Common cases:
-
-| Log message | Likely cause | Fix |
-|---|---|---|
-| `! Undefined control sequence` | typo in a macro / package not loaded | fix the macro or add the package in `preamble.tex` |
-| `! LaTeX Error: File '...' not found` | missing `\input` target or package | check the path; chapter files need `.tex` on disk |
-| `LaTeX Warning: Citation '...' undefined` | key missing from `reference.bib` or bibtex not run | add the key / rebuild (`make pdf` reruns bibtex) |
-| `! Missing $ inserted` | math symbols (`_`, `^`, `\alpha`) outside math mode | wrap in `$...$` or escape `\_` |
-| `! File ended while scanning use of ...` | unbalanced `{}` in an edited block | find the unmatched brace near the reported line |
-| figure not appearing | script not run / name not study-prefixed / graphicspath missing | regenerate; `make check` E4 pinpoints it |
-
-Report success as: PDF path + page count. Never claim a build succeeded without seeing latexmk/lualatex exit cleanly.
-
-### 8. Quality gates and knowledge capture
-
-- Code changed → `make test && make lint`. Manuscript changed → `make pdf && make check`. Sharing a draft → `/thesis-check`.
-- At milestones run `/research-log` (results, decisions with rationale, dead ends → `docs/research-log.md`; big decisions → ADR in `docs/decisions/`).
-- Chapter drafted → `/review-chapter` writes a structured review to `docs/reviews/`.
-
----
-
-## Environment Rules
-
-- Python execution and package management go through Docker: `docker compose exec research-template uv run ...` / `uv add ...`. Never use host Python or a host `.venv`.
-- `uv.lock` is committed; after `uv add`, run `make lock` and commit the lock change.
-- LaTeX compiles on the **host** (`make pdf`; the container has no TeX).
-- Container caches live under `/workspace/.cache/`. Host port for Jupyter is `${JUPYTER_PORT:-8889}` (set in `.env` when the default collides).
-
-## Error Handling
-
-In `src/` code, fail explicitly:
-
-```python
-assert "key" in data, f"Expected 'key' in data. Got: {list(data.keys())}"
-value = data["key"]
-```
-
-- No dummy values to make code run; no silently swallowed exceptions; broad `try`/`except` only when the failure mode is deliberately handled.
-- Exploratory/notebook code may use defensive defaults, but convert to explicit validation before it moves into `src/` or `scripts/`.
-- Documented exception: provenance collection in the figure/table helpers degrades to `"unknown"` rather than failing an output write.
-
-## Code Reuse
-
-1. Search before writing: `rg -n "<concept>" projects config.py`.
-2. Check nearby working examples (`src/utils/figures.py`, `tables.py`, study tests) before inventing new calling patterns.
-3. Missing reusable logic goes into the study's `src/` module areas (`utils`/`models`/`methods`/`analysis`), not into scripts.
-4. Do not create near-duplicate helpers or change shared helper behavior without checking callers.
-
-## Prohibitions
-
-- **Git**: no unnecessary files; no push without verification; no history rewrites or reverting others' changes without an explicit request.
-- **Data**: `data/raw/` is immutable (hook-enforced; do not bypass via Bash redirects). Do not hand-edit `interim`/`processed` — regenerate. Never delete data without explicit confirmation. Never commit large data (pre-commit blocks >1 MB).
-- **Generated outputs**: `result/` is script-generated; regenerate rather than edit. Small figures/tables are committed (the thesis needs them); animations are gitignored.
-- **Secrets**: never hardcode credentials; machine-local settings and secrets live in `.env` (gitignored; agents must not read it).
-
-## Skills
-
-| Skill | Purpose |
-|---|---|
-| `/thesis-check` | build PDF + `make check`, summarize errors with fixes, iterate to zero |
-| `/research-log` | record session findings/decisions/dead ends to `docs/research-log.md` (+ ADRs) — confirm before writing |
-| `/review-chapter` | 3-perspective parallel review of one chapter → report in `docs/reviews/` |
-| `/session-save` | save session summary to memory + `.claude/sessions/` |
-| `/zotero-connect` | WSL2 port forward to the Windows Zotero (bibliography workflows) |
-
-## Permissions
-
-- Usually safe (pre-allowed in `.claude/settings.json`): reading files, `make test/lint/check/pdf`, TeX compiles, `git status/diff/log/branch`.
-- Confirm first: deleting files/directories, `uv add`, changing remotes/visibility/auth, anything irreversible or expensive.
-- `settings.json` changes take effect after a session restart.
diff --git a/.claude/hooks/protect_raw_data.py b/.claude/hooks/protect_raw_data.py
index aa08cc0..ef35cbc 100644
--- a/.claude/hooks/protect_raw_data.py
+++ b/.claude/hooks/protect_raw_data.py
@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env python3
 """PreToolUse hook: block file modifications under projects/<study>/data/raw/.
 
-Raw data is immutable (CLAUDE.md > Data Handling). Exit code 2 blocks the tool
+Raw data is immutable (AGENTS.md > Data). Exit code 2 blocks the tool
 call and feeds the stderr message back to the agent. Bash-level writes (shell
 redirects) are not intercepted here — that stays covered by convention and the
 permission deny rules in .claude/settings.json.
@@ -24,7 +24,7 @@ def main() -> int:
     if path and RAW_PATTERN.search(str(path).replace("\\", "/")):
         print(
             f"BLOCKED: '{path}' is inside a data/raw/ directory. Raw data is "
-            "immutable (CLAUDE.md > Data Handling). Write derived outputs to "
+            "immutable (AGENTS.md > Data). Write derived outputs to "
             "data/interim/ or data/processed/ from a script instead.",
             file=sys.stderr,
         )
diff --git a/.claude/scripts/zotero-forward.py b/.claude/scripts/zotero-forward.py
index 05f8b16..27cacc9 100644
--- a/.claude/scripts/zotero-forward.py
+++ b/.claude/scripts/zotero-forward.py
@@ -1,10 +1,11 @@
-"""WSL2 -> Windows Zotero port forwarder.
+"""WSL2 -> Windows Zotero local-API port forwarder.
 
 Forwards localhost:23119 to the Windows host gateway so that
 pyzotero (which hardcodes 127.0.0.1:23119) can reach the Zotero
 desktop app running on the Windows side.
 """
 
+import argparse
 import select
 import socket
 import subprocess
@@ -21,7 +22,11 @@ def get_windows_gateway() -> str:
         check=True,
     )
     # e.g. "default via 172.30.224.1 dev eth0"
-    return result.stdout.split()[2]
+    fields = result.stdout.split()
+    assert len(fields) >= 3 and fields[0] == "default" and fields[1] == "via", (
+        f"Unexpected default route: {result.stdout!r}"
+    )
+    return fields[2]
 
 
 def forward(src: socket.socket, dst: socket.socket) -> None:
@@ -33,8 +38,8 @@ def forward(src: socket.socket, dst: socket.socket) -> None:
                 if not data:
                     break
                 dst.sendall(data)
-    except Exception:
-        pass
+    except (ConnectionError, OSError) as exc:
+        print(f"Zotero forwarding connection closed: {exc}", file=sys.stderr, flush=True)
     finally:
         for s in (src, dst):
             try:
@@ -44,9 +49,18 @@ def forward(src: socket.socket, dst: socket.socket) -> None:
             s.close()
 
 
+def parse_args() -> argparse.Namespace:
+    parser = argparse.ArgumentParser(description=__doc__)
+    parser.add_argument("--port", type=int, default=23119, help="Zotero API port")
+    parser.add_argument("--gateway", help="Windows host address (auto-detected by default)")
+    return parser.parse_args()
+
+
 def main() -> None:
-    port = 23119
-    gateway = get_windows_gateway()
+    args = parse_args()
+    assert 1 <= args.port <= 65535, f"Invalid port: {args.port}"
+    port = args.port
+    gateway = args.gateway or get_windows_gateway()
 
     server = socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM)
     server.setsockopt(socket.SOL_SOCKET, socket.SO_REUSEADDR, 1)
diff --git a/.claude/skills/thesis-check/SKILL.md b/.claude/skills/thesis-check/SKILL.md
index 945f174..c60d6fc 100644
--- a/.claude/skills/thesis-check/SKILL.md
+++ b/.claude/skills/thesis-check/SKILL.md
@@ -24,7 +24,7 @@ make pdf
 ```
 
 - 失敗したら `draft/main.log` の最初の `!` で始まる行から原因を特定し、平易な言葉で報告して**ここで停止**する(ビルドエラーの修正が先)。
-- よくあるエラーと対処は `.claude/CLAUDE.md` の「Common LaTeX errors」表を参照。
+- よくあるエラーと対処は `draft/README.md` を参照。
 
 ### 2. 整合性チェック
 
diff --git a/.codex/AGENTS.md b/.codex/AGENTS.md
deleted file mode 100644
index dccc7cd..0000000
--- a/.codex/AGENTS.md
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-@.claude/CLAUDE.md参照
diff --git a/.env.example b/.env.example
index 2680301..b18ea51 100644
--- a/.env.example
+++ b/.env.example
@@ -9,3 +9,11 @@ JUPYTER_PORT=8889
 # by you. `id -u` / `id -g` print them (defaults cover the common 1000:1000).
 #UID=1000
 #GID=1000
+
+# Optional read-only directory synchronized by Google Drive, Dropbox, OneDrive,
+# Nextcloud, or another file application. Use an absolute host path. Enable it
+# with `make up-files`; never point it at a directory containing credentials.
+#EXTERNAL_FILES_DIR=/absolute/path/to/synced/research-files
+
+# Zotero local API port. Zotero 7 uses 23119 by default.
+ZOTERO_PORT=23119
diff --git a/.github/CODEOWNERS b/.github/CODEOWNERS
new file mode 100644
index 0000000..e1d42ec
--- /dev/null
+++ b/.github/CODEOWNERS
@@ -0,0 +1,5 @@
+* @humanbeans893
+
+/.github/ @humanbeans893
+/draft/ @humanbeans893
+/tools/ @humanbeans893
diff --git a/.github/dependabot.yml b/.github/dependabot.yml
new file mode 100644
index 0000000..53f0212
--- /dev/null
+++ b/.github/dependabot.yml
@@ -0,0 +1,29 @@
+version: 2
+updates:
+  - package-ecosystem: pip
+    directory: /
+    schedule:
+      interval: weekly
+      day: monday
+      timezone: Etc/UTC
+    groups:
+      python-dependencies:
+        patterns:
+          - "*"
+    open-pull-requests-limit: 5
+
+  - package-ecosystem: docker
+    directory: /
+    schedule:
+      interval: weekly
+      day: monday
+      timezone: Etc/UTC
+    open-pull-requests-limit: 3
+
+  - package-ecosystem: github-actions
+    directory: /
+    schedule:
+      interval: weekly
+      day: monday
+      timezone: Etc/UTC
+    open-pull-requests-limit: 3
diff --git a/.github/pull_request_template.md b/.github/pull_request_template.md
new file mode 100644
index 0000000..351e697
--- /dev/null
+++ b/.github/pull_request_template.md
@@ -0,0 +1,16 @@
+## Summary
+
+-
+
+## Validation
+
+- [ ] `make test`
+- [ ] `make lint`
+- [ ] Manuscript changes: `make pdf && make check`
+- [ ] Public/security changes: `make security`
+
+## Research and data safety
+
+- [ ] No raw data, credentials, personal information, Zotero database, or literature PDF is included.
+- [ ] Generated figures/tables were regenerated from scripts rather than edited by hand.
+- [ ] Methodological decisions are documented when applicable.
diff --git a/.github/workflows/ci.yml b/.github/workflows/ci.yml
new file mode 100644
index 0000000..aa7cefc
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/ci.yml
@@ -0,0 +1,52 @@
+name: CI
+
+on:
+  pull_request:
+  push:
+    branches: [main]
+  workflow_dispatch:
+
+permissions:
+  contents: read
+
+concurrency:
+  group: ci-${{ github.workflow }}-${{ github.ref }}
+  cancel-in-progress: true
+
+jobs:
+  python:
+    name: Python
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Check out repository
+        uses: actions/checkout@34e114876b0b11c390a56381ad16ebd13914f8d5 # v4
+      - name: Install uv
+        uses: astral-sh/setup-uv@d0cc045d04ccac9d8b7881df0226f9e82c39688e # v6
+        with:
+          enable-cache: true
+      - name: Sync locked environment
+        run: uv sync --locked --all-groups
+      - name: Test
+        run: uv run pytest
+      - name: Lint
+        run: uv run ruff check .
+      - name: Format check
+        run: uv run ruff format --check .
+      - name: Public repository safety check
+        run: uv run python tools/public_repo_check.py
+
+  thesis:
+    name: Thesis
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Check out repository
+        uses: actions/checkout@34e114876b0b11c390a56381ad16ebd13914f8d5 # v4
+      - name: Install LuaLaTeX toolchain
+        run: >-
+          sudo apt-get update && sudo apt-get install -y --no-install-recommends
+          latexmk texlive-luatex texlive-lang-japanese texlive-latex-extra
+          texlive-science fonts-haranoaji
+      - name: Build dissertation
+        run: make pdf
+      - name: Check dissertation
+        run: python3 tools/thesis_check.py
diff --git a/.github/workflows/dependency-review.yml b/.github/workflows/dependency-review.yml
new file mode 100644
index 0000000..cd99ba7
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/dependency-review.yml
@@ -0,0 +1,18 @@
+name: Dependency review
+
+on:
+  pull_request:
+
+permissions:
+  contents: read
+
+jobs:
+  dependency-review:
+    name: Dependency review
+    if: github.event.repository.visibility == 'public'
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Review dependency changes
+        uses: actions/dependency-review-action@a1d282b36b6f3519aa1f3fc636f609c47dddb294 # v5.0.0
+        with:
+          fail-on-severity: moderate
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 09fac5e..71ac3dd 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -98,6 +98,16 @@ Thumbs.db
 *.log
 .claude/settings.local.json
 .claude/sessions/
+.mcp.json
+
+# External application state and literature attachments
+.external/
+external/
+zotero.sqlite*
+*.enl
+*.data/
+references/attachments/
+references/library/
 
 # ============================
 # Per-user shared memory
diff --git a/.mcp.json.example b/.mcp.json.example
new file mode 100644
index 0000000..ffa0361
--- /dev/null
+++ b/.mcp.json.example
@@ -0,0 +1,11 @@
+{
+  "mcpServers": {
+    "zotero": {
+      "command": "zotero-mcp",
+      "args": ["serve", "--transport", "stdio"],
+      "env": {
+        "ZOTERO_LOCAL": "true"
+      }
+    }
+  }
+}
diff --git a/.pre-commit-config.yaml b/.pre-commit-config.yaml
index 4c2915b..1ac75ae 100644
--- a/.pre-commit-config.yaml
+++ b/.pre-commit-config.yaml
@@ -16,6 +16,7 @@ repos:
     hooks:
       - id: check-added-large-files
         args: [--maxkb=1024] # data guard: nothing over 1 MB enters git
+      - id: detect-private-key
       - id: check-merge-conflict
       - id: check-yaml
       - id: check-toml
diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md
new file mode 100644
index 0000000..2c9c59f
--- /dev/null
+++ b/AGENTS.md
@@ -0,0 +1,96 @@
+# AGENTS.md
+
+このファイルは Claude Code、Codex CLI など、このリポジトリで作業する全コーディングエージェントの共通規約です。
+
+思考は英語、回答はユーザーの言語（既定は日本語）で行います。
+
+## Repository contract
+
+このリポジトリは、自己完結した複数の研究スタディと英語本文の博士論文を統合するモノレポです。
+
+- `projects/<study>/`: 1スタディ分のデータ、コード、結果、テスト。
+- `projects/_template/`: 新規スタディの正本。コピー可能性を壊さないこと。
+- `draft/`: LuaLaTeX (`ltjsreport`) の博士論文と補足資料。
+- `tools/thesis_check.py`: 原稿整合性チェック。
+- `tools/public_repo_check.py`: 公開前の秘密情報・大容量ファイルチェック。
+- `docs/`: 研究ログ、ADR、レビュー、外部連携ガイド。
+
+兄弟スタディ間の依存は禁止します。共通化が必要でも、研究固有ロジックは各スタディ内に保ちます。
+
+## Commands
+
+```bash
+make up              # Docker環境を起動
+make sync            # uv.lockから同期
+make test            # 全pytest
+make lint            # Ruff（変更なし）
+make format          # Ruff自動修正
+make pdf             # draft/main.pdf
+make supplementary   # draft/supplementary.pdf
+make check            # 原稿整合性
+make check-final      # 提出前厳格検査
+make security         # 公開前検査
+```
+
+Pythonは Docker 内、LaTeXはホストで実行します。`tools/` の標準ライブラリのみのチェッカーはホスト実行可能です。
+
+## Workflow
+
+### Before editing
+
+1. 対象ファイルと近傍の実装を読む。
+2. `git status -sb` と現在ブランチを確認する。
+3. `main` では作業せず、`agent/<slug>` などの feature branch を使う。
+4. 研究上の判断、欠損データ、大学固有様式など、コードから決められない事項だけ確認する。
+
+### Research code
+
+- 再利用ロジックは `src/`、薄い実行入口は `scripts/` に置く。
+- 必須入力は明示的に検証し、ダミー値や例外の握りつぶしで処理を続けない。
+- 新しいロジックには対応する pytest を追加する。
+- 図は `save_figure`、表は `write_latex_table` を使い、`result/` を手編集しない。
+- 図表名は `<study>-<slug>` とし、全スタディ共通の名前空間で衝突させない。
+
+### Data
+
+- `data/raw/` は不変。エージェントによる書き込みを回避・迂回しない。
+- `interim/` と `processed/` はスクリプトで再生成する。
+- データ台帳に入手元、取得日、ライセンス、チェックサム、スキーマ、再取得方法を残す。
+- 生データや大容量データを Git に追加しない。
+
+### Manuscript
+
+- `draft/main.tex` を起点に全体をビルドする。
+- 論文メタデータは `draft/thesis-config.tex` のみで定義する。
+- ラベルは `ch:`, `sec:`, `subsec:`, `fig:`, `tab:`, `eq:`, `alg:`, `app:` を使う。
+- 参照は `\cref`、引用は `draft/reference.bib` に実在するキーだけを使う。
+- 引用を捏造しない。候補が確認できない場合は出典が必要な箇所として報告する。
+- 解析図は study の `result/figures/` から参照し、原稿側へコピーしない。
+- 原稿変更後は `make pdf check`、提出前は `make submission` を実行する。
+
+## Public repository security
+
+- `main` への直接 push、force push、履歴改変はユーザーの明示指示なしに行わない。
+- `.env`、資格情報、個人情報、未公開データ、Zotero DB、文献PDFを読み込んだりコミットしたりしない。
+- 外部アプリの資格情報は環境変数または Git 管理外のクライアント設定に置く。
+- 外部同期フォルダは原則読み取り専用でマウントする。
+- GitHub Actions は最小権限と完全な commit SHA pinning を維持する。
+- 公開前と push 前に `make security` と `git diff --check` を実行する。
+
+## Verification
+
+- Python変更: 対象テスト → `make test lint`。
+- TeX変更: `make pdf check`。成功時は PDF パスとページ数を報告する。
+- GitHub/CI変更: YAML構文、Action pin、PR上の全checkを確認する。
+- 変更を push する前に、意図したファイルだけが staged されていることを確認する。
+
+## Destructive and external actions
+
+削除、データ上書き、パッケージ追加、履歴書き換え、GitHub公開範囲変更など、不可逆または外部影響の大きい操作は事前にユーザーの意図を確認します。通常のテスト、ビルド、読み取り専用調査は確認不要です。
+
+## Repository skills
+
+- `/thesis-check`: PDFビルドと原稿整合性検査。
+- `/research-log`: 研究上の結果・判断・行き止まりを記録。
+- `/review-chapter`: 章を論証・整合性・文体の観点でレビュー。
+- `/zotero-connect`: WSL2からWindows ZoteroのローカルAPIへ接続。
diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md
new file mode 100644
index 0000000..d801d09
--- /dev/null
+++ b/CLAUDE.md
@@ -0,0 +1,3 @@
+# CLAUDE.md
+
+Claude Code で作業する場合も `@AGENTS.md` を正とします。
diff --git a/CONTRIBUTING.md b/CONTRIBUTING.md
new file mode 100644
index 0000000..a71c5b1
--- /dev/null
+++ b/CONTRIBUTING.md
@@ -0,0 +1,20 @@
+# Contributing
+
+## Workflow
+
+1. `main` から feature branch を作成します。
+2. 変更範囲に応じたテストを追加します。
+3. `make test lint` を実行します。原稿変更では `make pdf check`、公開関連では `make security` も実行します。
+4. pull request を作成し、CI と未解決コメントが残っていないことを確認します。
+
+`main` への直接 push、force push、生成物の手編集は行いません。
+
+## Data and privacy
+
+- 生データ、個人情報、資格情報、Zotero DB、文献PDFを commit しないでください。
+- 再現に必要なデータ情報は各 study の `data/README.md` に記録します。
+- 研究結果の図表はスクリプトから再生成できる状態にしてください。
+
+## Pull requests
+
+PR本文には目的、主要変更、利用者への影響、実行した検証を記載してください。方法論やリポジトリ設計に影響する判断は ADR も追加します。
diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..5ed2693
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,21 @@
+MIT License
+
+Copyright (c) 2026 Ryota Mizushima
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.
diff --git a/Makefile b/Makefile
index d5f29f9..4e8cdb7 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,32 +1,38 @@
-# Host-side entry point for the dissertation repo.
-# Python runs inside Docker; LaTeX compiles on the host. Run `make` for help.
+# Host-side entry point for the dissertation repository.
+# Python runs inside Docker; LaTeX and stdlib-only checks run on the host.
 
 .DEFAULT_GOAL := help
 
 COMPOSE := docker compose
 EXEC    := $(COMPOSE) exec research-template
+TEXFLAGS := -interaction=nonstopmode -file-line-error -halt-on-error
 
-.PHONY: help up down sync lock test lint format check pdf bib clean-tex hooks precommit
+.PHONY: help up up-files down sync lock test lint format check check-final \
+	pdf pdf-final supplementary submission bib clean-tex security security-history \
+	zotero-forward zotero-check hooks precommit
 
 help: ## List available targets
-	@awk 'BEGIN {FS = ":.*##"} /^[a-zA-Z_-]+:.*##/ {printf "  \033[36m%-10s\033[0m %s\n", $$1, $$2}' $(MAKEFILE_LIST)
+	@awk 'BEGIN {FS = ":.*##"} /^[a-zA-Z_-]+:.*##/ {printf "  \033[36m%-18s\033[0m %s\n", $$1, $$2}' $(MAKEFILE_LIST)
 
 up: ## Build (if needed) and start the research container
 	$(COMPOSE) up -d --build
 
+up-files: ## Start with EXTERNAL_FILES_DIR mounted read-only at /external
+	$(COMPOSE) -f docker-compose.yml -f docker-compose.files.yml up -d --build
+
 down: ## Stop and remove the research container
 	$(COMPOSE) down
 
 sync: ## Install the Python environment from uv.lock
-	$(EXEC) uv sync
+	$(EXEC) uv sync --locked
 
 lock: ## Re-resolve dependencies and refresh uv.lock
 	$(EXEC) uv lock
 
-test: ## Run all tests (repo-level + every study) inside Docker
+test: ## Run all tests inside Docker
 	$(EXEC) uv run pytest
 
-lint: ## Ruff lint + format check inside Docker (source of truth)
+lint: ## Ruff lint + format check inside Docker
 	$(EXEC) uv run ruff check .
 	$(EXEC) uv run ruff format --check .
 
@@ -34,33 +40,68 @@ format: ## Auto-fix lint findings and reformat inside Docker
 	$(EXEC) uv run ruff check --fix .
 	$(EXEC) uv run ruff format .
 
-check: ## Manuscript consistency checks (tools/thesis_check.py)
-	$(EXEC) uv run python tools/thesis_check.py
+check: ## Check manuscript references, citations, figures, metadata, and log
+	python3 tools/thesis_check.py
+
+check-final: ## Strict submission check; placeholders, TODOs, and warnings fail
+	python3 tools/thesis_check.py --main submission.tex --submission --strict
+
+pdf: ## Build draft/main.pdf
+	$(MAKE) bib JOB=main
+
+pdf-final: ## Build draft/submission.pdf with draft annotations disabled
+	$(MAKE) bib JOB=submission
 
-pdf: ## Build draft/main.pdf (latexmk; falls back to the manual sequence)
+supplementary: ## Build draft/supplementary.pdf
 	@if command -v latexmk >/dev/null 2>&1; then \
-		cd draft && latexmk; \
+		cd draft && latexmk supplementary.tex; \
 	else \
-		echo "latexmk not found (install once: sudo apt install latexmk); using the manual sequence"; \
-		$(MAKE) bib; \
+		cd draft && lualatex $(TEXFLAGS) supplementary.tex \
+			&& lualatex $(TEXFLAGS) supplementary.tex; \
 	fi
 
-bib: ## Manual full build: lualatex -> bibtex -> lualatex x2
-	cd draft \
-		&& lualatex -interaction=nonstopmode -file-line-error main.tex \
-		&& bibtex main \
-		&& lualatex -interaction=nonstopmode -file-line-error main.tex \
-		&& lualatex -interaction=nonstopmode -file-line-error main.tex
+submission: pdf-final check-final ## Build and validate the submission PDF
+
+bib: ## Build JOB.tex with LuaLaTeX + BibTeX (JOB defaults to main)
+	@if command -v latexmk >/dev/null 2>&1; then \
+		cd draft && latexmk $(or $(JOB),main).tex; \
+	else \
+		cd draft \
+			&& lualatex $(TEXFLAGS) $(or $(JOB),main).tex \
+			&& bibtex $(or $(JOB),main) \
+			&& lualatex $(TEXFLAGS) $(or $(JOB),main).tex \
+			&& lualatex $(TEXFLAGS) $(or $(JOB),main).tex; \
+	fi
 
-clean-tex: ## Remove LaTeX build artifacts (keeps main.pdf)
-	@if command -v latexmk >/dev/null 2>&1; then cd draft && latexmk -c; fi
+clean-tex: ## Remove LaTeX build artifacts while keeping PDFs
+	@if command -v latexmk >/dev/null 2>&1; then \
+		cd draft && latexmk -c main.tex && latexmk -c submission.tex && latexmk -c supplementary.tex; \
+	fi
 	find draft \( -name '*.aux' -o -name '*.bbl' -o -name '*.blg' -o -name '*.out' \
 		-o -name '*.toc' -o -name '*.lof' -o -name '*.lot' -o -name '*.fls' \
 		-o -name '*.fdb_latexmk' -o -name '*.synctex.gz' -o -name '*.tdo' \
 		-o -name '*.log' \) -delete
 
-hooks: ## Install git pre-commit hooks on the host (one-time)
+security: ## Scan tracked files for secrets, private data, large files, and unpinned Actions
+	python3 tools/public_repo_check.py
+
+security-history: ## Also require GitHub noreply email in every commit
+	python3 tools/public_repo_check.py --history
+
+zotero-forward: ## Forward WSL2 localhost to the Windows Zotero local API
+	@nohup python3 .claude/scripts/zotero-forward.py --port "$${ZOTERO_PORT:-23119}" \
+		>/tmp/zotero-forward.log 2>&1 & echo $$! >/tmp/zotero-forward.pid
+	@sleep 1
+	@cat /tmp/zotero-forward.log
+
+zotero-check: ## Check whether the local Zotero connector endpoint responds
+	@code=$$(curl -sS -o /dev/null -w '%{http_code}' --connect-timeout 3 \
+		"http://127.0.0.1:$${ZOTERO_PORT:-23119}/connector/ping" || true); \
+		test "$$code" != "000" && echo "Zotero local API responded with HTTP $$code" \
+		|| { echo "Zotero local API did not respond" >&2; exit 1; }
+
+hooks: ## Install host-side pre-commit hooks
 	uvx pre-commit install
 
-precommit: ## Run all pre-commit hooks against the whole repo
+precommit: ## Run pre-commit hooks against all files
 	uvx pre-commit run --all-files
diff --git a/README.md b/README.md
index b048a6a..728b6e0 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -1,342 +1,93 @@
-# 博士論文リポジトリテンプレート
+# Dissertation research template
 
-複数の研究(スタディ)と学位論文原稿を **1つのリポジトリ** で管理し、**Claude Code(AIエージェント)と協働して** データ解析から論文 PDF の完成までを再現可能に進めるためのテンプレートです。
-
-コーディングエージェントを使ったことがない人でも、この README の順番どおりに進めれば動くように書いてあります。
-
-## 目次
-
-1. [これは何?(全体像)](#1-これは何全体像)
-2. [必要なもの](#2-必要なもの)
-3. [初回セットアップ(約15分)](#3-初回セットアップ約15分)
-4. [Claude Code と一緒に進める](#4-claude-code-と一緒に進める)
-5. [研究の進め方(スタディ編)](#5-研究の進め方スタディ編)
-6. [論文の書き方(原稿編)](#6-論文の書き方原稿編)
-7. [コマンド早見表](#7-コマンド早見表)
-8. [トラブルシューティング](#8-トラブルシューティング)
-9. [ディレクトリリファレンス](#9-ディレクトリリファレンス)
-10. [FAQ](#10-faq)
-
----
-
-## 1. これは何?(全体像)
-
-このリポジトリは3つの設計思想でできています。
-
-1. **スタディは自己完結** — 研究テーマごとに `projects/<スタディ名>/` を作り、データ・コード・結果をその中で完結させる。他のスタディに依存しない。
-2. **図表はコードから再生成** — 図や表は必ずスクリプトが `result/` に出力する。手で画像を修正しない。「この図どうやって作ったっけ?」を根絶する。
-3. **原稿は結果を直接参照** — `draft/`(LuaLaTeX)は各スタディの `result/figures/` から図を直接読み込む。解析をやり直せば、次のビルドで論文の図も自動的に新しくなる。
+複数の研究スタディ、再現可能な解析、博士論文原稿を一つのリポジトリで管理するためのテンプレートです。各スタディは自己完結し、生成した図表を LuaLaTeX 原稿が直接参照します。
 
 ```text
-データ投入 → 解析スクリプト → result/figures・tables → draft/ が参照 → make pdf → 論文PDF
-   ↑              ↑                                        ↑
- data/raw     src/ の関数を                            /thesis-check で
- (不変)      scripts/ から実行                         整合性チェック
-```
-
-Python は Docker コンテナ内で動くので環境構築の再現性があり、LaTeX はホスト(手元のマシン)でコンパイルします。
-
-> **これはテンプレートです**: 実際の研究はこのリポジトリをコピーして作った自分のリポジトリで行ってください([FAQ](#10-faq) 参照)。
-
-## 2. 必要なもの
-
-| ツール | 用途 | インストール確認コマンド |
-|---|---|---|
-| Docker | Python 実行環境 | `docker --version` |
-| git | バージョン管理 | `git --version` |
-| TeX Live(LuaLaTeX) | 論文のコンパイル | `lualatex --version` |
-| latexmk | LaTeX ビルド自動化(推奨) | `latexmk --version` |
-| Node.js + Claude Code | AIエージェント | `claude --version` |
-| uv | pre-commit 実行(任意) | `uvx --version` |
-
-- **Docker**: [Docker Desktop](https://docs.docker.com/get-docker/)(Windows/Mac)または Docker Engine(Linux)。
-- **TeX Live**: Ubuntu/WSL2 なら `sudo apt install texlive-full` が確実(容量大)。`latexmk` が入っていなければ `sudo apt install latexmk` を追加。
-- **Claude Code**: [公式ドキュメント](https://docs.anthropic.com/en/docs/claude-code) に従い `npm install -g @anthropic-ai/claude-code`。
-- **WSL2 の人へ**: このリポジトリは WSL2 内に置いてください(`/mnt/c/...` 配下はファイルアクセスが遅く不安定)。
-
-## 3. 初回セットアップ(約15分)
-
-### 3-1. 自分のリポジトリを作る
-
-GitHub 上でこのテンプレートから新しいリポジトリを作成し(`Use this template` ボタン、なければ clone して remote を差し替え)、手元に clone します。
-
-```bash
-git clone <自分のリポジトリのURL> my-dissertation
-cd my-dissertation
-```
-
-### 3-2. Python 環境(Docker)を起動する
-
-```bash
-make up      # コンテナのビルドと起動(初回は数分)
-make sync    # uv.lock どおりの Python 環境をコンテナ内に構築
-```
-
-> `make` が「そんなターゲットはない」と言う場合は、リポジトリのルート(`Makefile` がある場所)にいるか確認してください。
-
-### 3-3. 動作確認
-
-```bash
-make test
-```
-
-`32 passed`(数字は増えていてもOK)のように**すべて緑**になれば環境は正常です。
-
-### 3-4. 論文の雛形 PDF を作ってみる
-
-```bash
-make pdf
-```
-
-成功すると `draft/main.pdf` ができます(タイトルページ+空の章立てが入った9ページ程度の PDF)。これがあなたの学位論文の出発点です。
-
-### 3-5. コミット前チェックを入れる(推奨)
-
-```bash
-make hooks
-```
-
-以後 `git commit` のたびに、コード整形と **1MB を超えるファイルの誤コミット防止**(データ混入ガード)が自動で走ります。
-
-## 4. Claude Code と一緒に進める
-
-### 起動と最初の一言
-
-リポジトリのルートで:
-
-```bash
-claude
+projects/<study>/data
+        │
+        ▼
+projects/<study>/scripts ──► result/{figures,tables}
+                                      │
+                                      ▼
+                              draft/main.tex ──► PDF
 ```
 
-初めてなら、まずこう聞いてみてください:
-
-> このリポジトリの構成と、私がこれから何をすればいいかを説明して
-
-Claude はこのリポジトリの決まりごと(`.claude/CLAUDE.md`)を自動で読み込んでおり、日本語で答えます。
-
-### 確認ダイアログの意味
-
-Claude がファイル変更やコマンド実行をする前に、許可を求めるダイアログが出ることがあります。**内容を読んで Yes/No を選ぶだけ**です。定型作業(テスト実行・PDF ビルドなど)は許可済みなので頻繁には出ません。危険な操作(データ削除など)ほど必ず確認が入る設計です。
-
-### 大きな作業はプランモードで
-
-「まず計画を見せて」と頼むか、プロンプト入力時に **Shift+Tab** でプランモードに切り替えると、Claude は先に計画を提示し、承認してから実行します。章の書き直しや解析方針の変更など、影響の大きい作業ほどこれが安全です。
-
-### スキル(スラッシュコマンド)
-
-よく使う定型ワークフローはスキルとして登録済みです。`/` に続けて入力します:
+## Design
 
-| スキル | いつ使う | 何が起きる |
-|---|---|---|
-| `/thesis-check` | 原稿を共有・提出する前 | PDF をビルドし、壊れた参照・引用漏れ・図の欠落・TODO を一覧化して修正案を提示 |
-| `/research-log` | 解析や執筆の節目 | その日の結果・判断・行き止まりを `docs/research-log.md` に記録(書き込み前に必ず内容確認あり) |
-| `/review-chapter` | 章の草稿ができたとき | 章を「論証構成・結果との整合・文章」の3観点で並列レビューし、レポートを `docs/reviews/` に保存 |
-| `/session-save` | セッションの終わりに | 作業内容のまとめをメモリとログに保存 |
-| `/zotero-connect` | 文献管理に Zotero を使うとき(WSL2) | Windows 側の Zotero への接続を確立 |
+- **Study isolation**: `projects/<study>/` はデータ、コード、結果、テストを所有し、兄弟スタディへ依存しません。
+- **Reproducible artifacts**: 図表はスクリプトから生成し、`result/` を手編集しません。
+- **Integrated manuscript**: 各スタディを `draft/chapters/` の章として統合します。
+- **Public by design**: 生データ、資格情報、文献PDF、アプリのデータベースを Git に含めません。
+- **Protected delivery**: `main` は PR と CI を経由して更新します。
 
-### 頼み方の例文集
+## Requirements
 
-具体的に頼むほど良い結果になります。**ファイル名・スタディ名・目的**を入れるのがコツ:
+- Docker Compose
+- Git
+- LuaLaTeX、BibTeX（`latexmk` 推奨）
+- `uv`（ホスト側の pre-commit 用）
 
-- 「`projects/ocean-heat/data/raw/` に置いた NetCDF を読み込んで月平均を計算する関数を `src/` に作り、`scripts/` から実行できるようにして。テストも書いて」
-- 「study1 の解析結果から、緯度別の傾向を示す図を作って `result/figures/` に保存して」
-- 「第2章の Methods 節を、`scripts/build_dataset.py` の実際の処理と一致するように書き直す案を見せて」
-- 「この bibtex エラーの原因を調べて直して」
-- 「今日やったことを `/research-log` で記録して」
+Python の実行環境は Docker、TeX のコンパイルはホストを正とします。
 
-困ったときはそのまま聞いてください:「テストが落ちた理由を調べて」「この警告は無視していい?」
-
-### エージェントが変なことをしたら
-
-すべて git で守られています。慌てずに:
+## Commands
 
 ```bash
-git status          # 何が変わったか一覧
-git diff            # 変更内容の中身を確認
-git restore <file>  # そのファイルの変更を取り消す
+make up              # 解析コンテナを起動
+make sync            # uv.lock から環境を同期
+make test            # 全スタディを含む pytest
+make lint            # Ruff lint + format check
+make pdf             # draft/main.pdf
+make supplementary   # draft/supplementary.pdf
+make check            # 原稿の静的整合性検査
+make check-final      # 提出前の厳格検査
+make security         # 公開前の秘密情報・大容量ファイル検査
 ```
 
-Claude 自身に「さっきの変更を元に戻して」と頼んでも構いません。
-
-## 5. 研究の進め方(スタディ編)
-
-### 5-1. 新しいスタディを作る
-
-**自分でやる場合:**
-
-```bash
-cp -r projects/_template projects/<スタディ名>
-docker compose exec research-template uv run pytest projects/<スタディ名>
-```
-
-コピー直後にテストが通る=雛形が正しく複製された、という確認までがセットです。
-
-**Claude に頼む場合:**
-
-> `_template` をコピーして `ocean-heat` というスタディを作り、テストが通ることを確認して
-
-### 5-2. データを置く
-
-- 入手した生データは `projects/<スタディ名>/data/raw/` へ。**このディレクトリは不変**(編集・上書き禁止。エージェントにも書き込みブロックが掛かっています)。
-- 置いたら **`data/README.md`(データ台帳)に記入**:入手元・取得日・ライセンス・チェックサム・再入手方法。大きなデータは Git に入らない設定なので、この台帳だけが復元の頼りです。
-- 加工したデータはスクリプト経由で `data/interim/`(中間)→ `data/processed/`(解析用)へ。
+`make submission` は提出モード PDF を作成し、未入力メタデータ、TODO、警告が残っていれば失敗します。
 
-**Claude に頼む場合:**
+## Repository layout
 
-> data/raw に置いた `sst_monthly.nc` の中身を調べて、data/README.md に台帳エントリを書いて
-
-### 5-3. 解析コードを書く
-
-役割分担のルール:
-
-- `src/` — 再利用する関数・クラス(データ読み込み、統計処理、作図関数など)
-- `scripts/` — `src/` の関数を呼び出すだけの薄い実行入口(1スクリプト=1つの再現可能な処理)
-- 実行はすべて Docker 経由: `docker compose exec research-template uv run python projects/<スタディ名>/scripts/<スクリプト>.py`
-
-**Claude に頼む場合:**
-
-> processed の月平均データからトレンドを推定する関数を `src/methods/` に作り、`scripts/fit_trend.py` から実行して結果を表示して。関数にはテストも付けて
-
-### 5-4. 図表を作る
-
-テンプレート付属のヘルパーを使うと、解像度・フォントの統一と**来歴記録**(どのスクリプトが・どのコミットで・いつ生成したか)が自動で付きます:
-
-```python
-from src.utils.figures import apply_visualization_defaults, save_figure
-from src.utils.tables import write_latex_table
-
-apply_visualization_defaults(cfg)
-save_figure(fig, "ocean-heat-trend", cfg)          # → result/figures/ocean-heat-trend.png (+ 来歴JSON)
-write_latex_table(df, "ocean-heat-summary", cfg, caption="Summary statistics")
-                                                    # → result/tables/ocean-heat-summary.tex
+```text
+.
+├── projects/              # 自己完結した研究スタディ
+│   ├── _template/         # 新規スタディの雛形
+│   └── study1/
+├── draft/                 # 博士論文・補足資料（LuaLaTeX）
+├── docs/                  # 研究ログ、ADR、連携ガイド
+├── tools/                 # 原稿・公開前チェッカー
+├── tests/                 # リポジトリ構造のテスト
+├── AGENTS.md              # 全コーディングエージェント共通規約
+└── Makefile               # 公開コマンドインターフェース
 ```
 
-**図のファイル名は必ず「スタディ名-内容」にしてください**(例: `ocean-heat-trend`)。論文側は全スタディの図を1つの名前空間で探すため、`fig1.png` のような名前は衝突します。
-
-## 6. 論文の書き方(原稿編)
-
-原稿の詳しい決まりごと(ラベル命名・引用キー・図の参照方法)は **[draft/README.md](draft/README.md)** にまとまっています。ここでは流れだけ:
+詳細は [projects/README.md](projects/README.md)、[draft/README.md](draft/README.md)、[docs/integrations.md](docs/integrations.md) を参照してください。
 
-### 6-1. 章を追加する
-
-1. `draft/chapters/_chapter-template.tex` を `draft/chapters/03-<スタディ名>.tex` にコピー
-2. `draft/main.tex` の `% \include{chapters/03-study2}` の行を実名に変えて有効化
-3. `draft/preamble.tex` の `\graphicspath` にそのスタディの `result/figures/` を1行追加
-
-**Claude に頼む場合:**
-
-> ocean-heat スタディ用の章を追加して、main.tex と graphicspath への登録までやって
-
-### 6-2. 図表・引用を入れる
-
-- 図: `\includegraphics[width=0.8\linewidth]{ocean-heat-trend}`(パス・拡張子なし)+ `\label{fig:ocean-heat-trend}`
-- 表: `\input{../projects/ocean-heat/result/tables/ocean-heat-summary.tex}`
-- 参照: 常に `\cref{fig:ocean-heat-trend}`(`\ref` は使わない)
-- 引用: 文献は `draft/reference.bib` に集約(Zotero + Better BibTeX でのエクスポート推奨)、本文は `\citep{smith2020ocean}`
-
-### 6-3. ビルドとチェック
+## Study to chapter
 
 ```bash
-make pdf     # → draft/main.pdf
-make check   # 壊れた参照・引用漏れ・図の欠落を機械チェック
-```
-
-または Claude に `/thesis-check` と入力すれば、ビルド→チェック→修正案の提示までまとめてやります。
-
-### 6-4. 提出前
-
-- `draft/preamble.tex` の `\draftnotestrue` を `\draftnotesfalse` にすると、下書き用の `\todo` メモが一括で消えます。
-- `/review-chapter` で章ごとのレビューを受けると、論理の飛躍や本文と図表の食い違いを潰せます。
-
-## 7. コマンド早見表
-
-すべてリポジトリのルートで実行します(`make` だけ打つと一覧が出ます):
-
-| コマンド | 何をするか | 目安時間 |
-|---|---|---|
-| `make up` | Docker コンテナをビルド・起動 | 初回数分、以後数秒 |
-| `make sync` | Python 環境を uv.lock どおりに同期 | 初回数分 |
-| `make test` | 全テスト実行(リポジトリ+全スタディ) | 数秒〜 |
-| `make lint` | コード検査(自動修正なし) | 数秒 |
-| `make format` | コード整形+自動修正 | 数秒 |
-| `make pdf` | 論文 PDF をビルド | 1〜3分 |
-| `make check` | 原稿の整合性チェック | 数秒 |
-| `make clean-tex` | LaTeX の中間ファイル掃除(PDF は残す) | 数秒 |
-| `make hooks` | コミット前チェックの導入(初回のみ) | 数秒 |
-| `make precommit` | コミット前チェックを全ファイルに手動実行 | 初回数分 |
-| `make lock` | パッケージ追加後に uv.lock を更新 | 数十秒 |
-| `make down` | コンテナ停止 | 数秒 |
-
-## 8. トラブルシューティング
-
-**`make up` が「Bind for 0.0.0.0:8889 failed: port is already allocated」で失敗する**
-→ 別のコンテナが同じポートを使っています。`.env.example` を `.env` にコピーし、`JUPYTER_PORT=8890` のように空いている番号へ変更して再度 `make up`。
-
-**`make pdf` が「latexmk not found」と言う**
-→ `sudo apt install latexmk` を一度実行してください。なくても手動シーケンスで自動的にビルドされますが、latexmk の方が速く確実です。
-
-**`make pdf` が失敗する / PDF が更新されない**
-→ `draft/main.log` の `!` で始まる行が原因です。Claude に「main.log を見てビルドエラーを直して」と頼むのが早道です。
-
-**bibtex 関連のエラーが出る**
-→ `reference.bib` のエントリが壊れているか、`\cite` したキーが存在しないケースが大半。`make check` が原因箇所を指摘します。
-
-**論文に図が出ない(「File not found」)**
-→ (1) 図を生成するスクリプトを実行済みか、(2) ファイル名がスタディ名プレフィックス付きか、(3) `preamble.tex` の `\graphicspath` にそのスタディを登録したか、を確認。`make check` の E4 がこれを検出します。
-
-**日本語(または特定のフォント)が文字化けする**
-→ このテンプレートは LuaLaTeX + 原ノ味フォント構成です。`lualatex` でなく `pdflatex` でビルドしていないか確認してください(`make pdf` を使えば正しいエンジンが選ばれます)。
-
-**Docker 内で作ったファイルの所有者が root になってしまう**
-→ 通常は起きない設定ですが、起きた場合は `.env` に `UID`/`GID`(`id -u` / `id -g` の値)を書いて `make up` し直してください。
-
-**エージェントが意図しない変更をした**
-→ [4章の「エージェントが変なことをしたら」](#エージェントが変なことをしたら)参照。`git diff` で確認して `git restore <file>` で戻せます。
-
-## 9. ディレクトリリファレンス
-
-```text
-.
-├── projects/                  # 研究本体(1スタディ=1ディレクトリ)
-│   ├── _template/             # 新スタディの雛形(直接編集しない)
-│   └── study1/                # 最初のスタディ(リネームして使ってよい)
-│       ├── data/raw/          # 🔒 生データ(不変・Git対象外)
-│       ├── data/interim/      # 中間データ(スクリプトが生成)
-│       ├── data/processed/    # 解析用データ(スクリプトが生成)
-│       ├── data/README.md     # 📝 データ台帳(必ず記入)
-│       ├── src/               # 再利用コード(utils/models/methods/analysis)
-│       ├── scripts/           # 実行入口(薄く保つ)
-│       ├── result/            # 🤖 生成物(手で編集しない)
-│       ├── tests/             # スタディ携行テスト
-│       └── config.py          # スタディ内のパス定義
-├── draft/                     # 学位論文原稿(LuaLaTeX)→ draft/README.md 参照
-├── docs/                      # 研究ログ・意思決定記録(ADR)・章レビュー
-├── tools/thesis_check.py      # 原稿の整合性チェッカー(make check)
-├── tests/                     # リポジトリ整合性テスト
-├── config.py                  # 全スタディ共有の定数(GEO/RANDOM/VISUALIZATION)
-├── Makefile                   # コマンド入口(make で一覧)
-├── .claude/                   # エージェント設定(CLAUDE.md・スキル・保護フック)
-└── docker-compose.yml / Dockerfile / pyproject.toml / uv.lock
+cp -r projects/_template projects/<study>
+docker compose exec research-template uv run pytest projects/<study>
 ```
 
-🔒 = 書き込み禁止(エージェントにはブロックが掛かっています) / 🤖 = スクリプトからのみ生成 / 📝 = 手で記入するドキュメント
+1. 生データを `projects/<study>/data/raw/` に置き、`data/README.md` に入手元、ライセンス、チェックサム、再取得方法を記録します。
+2. 再利用ロジックを `src/`、実行入口を `scripts/` に実装します。
+3. 図表を `<study>-<slug>` の名前で `result/` に生成します。
+4. 章テンプレートをコピーし、`draft/main.tex` と `draft/preamble.tex` に登録します。
+5. `make test lint pdf check` を通します。
 
-## 10. FAQ
+## Bibliography and external files
 
-**Q. データは Git にコミットされますか?**
-A. されません。`data/` 配下と大容量拡張子(.nc, .h5, .parquet など)は gitignore 済みで、さらに pre-commit が 1MB 超のファイルをブロックします。だからこそ `data/README.md`(再入手方法)の記入が重要です。
+文献情報は Zotero + Better BibTeX から `draft/reference.bib` へ自動エクスポートできます。文献PDFやクラウド同期フォルダは追跡せず、必要な場合だけ読み取り専用でコンテナへマウントします。設定方法は [docs/integrations.md](docs/integrations.md) にあります。
 
-**Q. 別の PC で続きをやるには?**
-A. clone → `make up` → `make sync` で環境は完全に再現されます(uv.lock がバージョンを固定)。データだけは各スタディの `data/README.md` に従って再取得してください。
+## Contribution and security
 
-**Q. このテンプレート自体を改良したくなったら?**
-A. テンプレートのリポジトリ(このリポジトリの元)に変更をコミットし、研究リポジトリには必要な変更だけ手で持ち込むのがシンプルです。
+- `main` へ直接 push せず、feature branch と pull request を使用してください。
+- 生データ、`.env`、APIキー、Zoteroデータベース、文献PDFをコミットしないでください。
+- コード変更は `make test lint`、原稿変更は `make pdf check`、公開前は `make security` を実行してください。
+- 脆弱性は公開 Issue ではなく [SECURITY.md](SECURITY.md) の手順で報告してください。
 
-**Q. パッケージを追加したい**
-A. `docker compose exec research-template uv add <パッケージ>` のあと `make lock` を実行し、`uv.lock` の変更もコミットしてください。Claude に頼む場合は確認ダイアログが出ます(意図的な設計です)。
+貢献手順は [CONTRIBUTING.md](CONTRIBUTING.md) を参照してください。
 
-**Q. 英語版のドキュメントは?**
-A. この README は日本語のみです。コード・コミットメッセージ・論文本体は英語で統一しています(コード内 docstring がそのまま英語の仕様書になります)。
+## License
 
-**Q. Jupyter を使いたい**
-A. まず `docker compose exec research-template uv add --dev jupyterlab`(初回のみ。`make lock` も忘れずに)。その後 `docker compose exec research-template uv run jupyter lab --ip 0.0.0.0 --port 8888` で起動し、ブラウザで `localhost:8889`(`.env` の `JUPYTER_PORT` の値)へ。探索が終わったら、安定したロジックは `src/` と `scripts/` へ移してください。
+[MIT License](LICENSE)
diff --git a/SECURITY.md b/SECURITY.md
new file mode 100644
index 0000000..4734cb0
--- /dev/null
+++ b/SECURITY.md
@@ -0,0 +1,22 @@
+# Security policy
+
+## Reporting a vulnerability
+
+脆弱性、秘密情報の露出、個人情報・未公開研究データの混入を見つけた場合は、公開 Issue や pull request に詳細を書かないでください。
+
+GitHub の **Security** タブから private vulnerability report を作成してください。利用できない場合は、リポジトリ所有者へ非公開の連絡手段で、影響範囲、再現手順、該当 commit を送ってください。資格情報そのものや研究データのコピーは添付しないでください。
+
+受領後は内容を確認し、必要に応じて影響する資格情報の失効、履歴からの除去、修正版の公開を行います。
+
+## Scope
+
+- GitHub Actions、Docker、Python依存関係の脆弱性
+- 生データ、文献PDF、Zoteroデータベース、個人情報の誤公開
+- APIキー、トークン、秘密鍵などの資格情報
+- 外部アプリ連携による意図しない書き込みやファイル公開
+
+研究結果の誤りや通常の不具合は公開 Issue で報告できます。ただし、未公開データを含めないでください。
+
+## Supported versions
+
+このテンプレートは既定ブランチ `main` の最新版のみをサポートします。
diff --git a/docker-compose.files.yml b/docker-compose.files.yml
new file mode 100644
index 0000000..2861e65
--- /dev/null
+++ b/docker-compose.files.yml
@@ -0,0 +1,7 @@
+services:
+  research-template:
+    volumes:
+      - type: bind
+        source: ${EXTERNAL_FILES_DIR:?Set EXTERNAL_FILES_DIR in the local .env file}
+        target: /external
+        read_only: true
diff --git a/docs/integrations.md b/docs/integrations.md
new file mode 100644
index 0000000..24238d7
--- /dev/null
+++ b/docs/integrations.md
@@ -0,0 +1,51 @@
+# External application integrations
+
+外部アプリのデータ本体と資格情報は Git 管理外に置き、このリポジトリからは必要最小限の読み取りアクセスだけを与えます。
+
+## Zotero bibliography workflow
+
+推奨構成は Zotero 7 + Better BibTeX です。
+
+1. Zotero で論文用コレクションを作成します。
+2. Better BibTeX の自動エクスポート先を `draft/reference.bib` に設定します。
+3. citation key は `authYYYYfirstword` 形式に固定します。
+4. エクスポート項目から `file`, `local-url`, `annotation` などローカルパスや私的情報を除外します。
+
+`reference.bib` は文献メタデータだけを追跡します。Zotero の `zotero.sqlite`、storage、PDF添付ファイルは追跡しません。
+
+## Zotero local API and MCP
+
+Zotero の Settings → Advanced でローカルAPIを有効にします。WSL2 から Windows Zotero へ接続する場合:
+
+```bash
+make zotero-forward
+make zotero-check
+```
+
+MCP を利用する場合は、信頼できる環境で `zotero-mcp-server` をインストールし、`.mcp.json.example` をクライアントのローカル設定へコピーします。設定はローカルAPIを使用し、Web API キーをリポジトリへ保存しません。
+
+Zotero MCP はコミュニティ実装です。既定は読み取り用途とし、タグ変更やアイテム削除などの書き込み操作は実行前に確認してください。
+
+## Google Drive, Dropbox, OneDrive, Nextcloud
+
+各デスクトップアプリが同期したローカルフォルダを、Dockerへ読み取り専用で公開できます。
+
+1. `.env.example` を参考に、Git管理外の `.env` に絶対パスを設定します。
+
+   ```dotenv
+   EXTERNAL_FILES_DIR=/absolute/path/to/synced/research-files
+   ```
+
+2. 外部ファイル対応で起動します。
+
+   ```bash
+   make up-files
+   ```
+
+3. コンテナ内では `/external` として読み取れます。
+
+このマウントは `read_only` です。解析で必要な派生データは、スクリプトから study の `data/interim/` または `data/processed/` に生成してください。クラウド同期フォルダをリポジトリ配下へコピーしたり、シンボリックリンクを commit したりしないでください。
+
+## Secrets
+
+Web API を選択する場合、`ZOTERO_API_KEY`、`ZOTERO_LIBRARY_ID` などは `.env` または利用するMCPクライアントの秘密設定に置きます。`.env` はエージェントの読み取り対象外かつ Git ignore 対象です。
diff --git a/draft/README.md b/draft/README.md
index 5d1b861..4572262 100644
--- a/draft/README.md
+++ b/draft/README.md
@@ -1,107 +1,71 @@
-# draft/ — 学位論文原稿の決まりごと
+# Dissertation manuscript
 
-原稿は LuaLaTeX + `ltjsreport`(英語本文・日本語混在可)。**必ず `main.tex` を起点に全体をビルド**します。
+英文本体・日英要旨の博士論文を LuaLaTeX + `ltjsreport` で構築します。大学固有の提出要項は [SUBMISSION_CHECKLIST.md](SUBMISSION_CHECKLIST.md) と照合してください。
 
-## ビルド
+## Build interface
 
 ```bash
-make pdf        # リポジトリルートから(推奨)。→ draft/main.pdf
-make check      # 参照・引用・図の整合性チェック
-make clean-tex  # 中間ファイルの掃除(PDF は残る)
+make pdf             # draft/main.pdf（リンク色・TODO表示あり）
+make pdf-final       # draft/submission.pdf（提出表示）
+make supplementary   # draft/supplementary.pdf
+make check           # 通常の整合性検査
+make check-final     # プレースホルダー、TODO、警告も失敗
+make submission      # pdf-final + check-final
+make clean-tex       # PDF以外の中間ファイルを削除
 ```
 
-`latexmk` が未導入なら一度だけ `sudo apt install latexmk`(なくても `make pdf` は手動シーケンスに自動フォールバック)。直接叩く場合は `cd draft && latexmk`。付録の `supplementary.tex` は独立文書: `cd draft && latexmk supplementary.tex`。
+`latexmk` がなければ Makefile が LuaLaTeX → BibTeX → LuaLaTeX×2 へフォールバックします。
 
-ビルドが失敗したら `draft/main.log` の最初の `!` 行を見る。よくあるエラーの対処表は `.claude/CLAUDE.md` の Pipeline 節にあります。
+## Configuration
 
-## ファイル構成
+題目、著者、学位、所属、指導教員、提出日、キーワード、余白、行間、任意ページは `thesis-config.tex` だけで設定します。表紙や `main.tex` に値を重複させないでください。
 
-| 場所 | 役割 |
-|---|---|
-| `main.tex` | 全体の組み立て(章の `\include`)。タイトル・著者もここ |
-| `preamble.tex` | パッケージと設定。**新スタディの `\graphicspath` 追加はここ** |
-| `notation.tex` | 論文全体で使う記号マクロの定義(1記号=1マクロ) |
-| `chapters/NN-<study>.tex` | 各スタディの章。`_chapter-template.tex` をコピーして作る |
-| `frontmatter/` `backmatter/` | 表紙・要旨・謝辞/付録 |
-| `reference.bib` | 文献データベース(論文全体で1つ) |
-| `figures/` | 原稿専用の図(概念図など)。**解析図はここに置かない** |
-
-## ラベル規約
-
-接頭辞を必ず付ける(`make check` が違反を警告します):
-
-| 接頭辞 | 対象 | 例 |
-|---|---|---|
-| `ch:` | 章 | `\label{ch:ocean-heat}` |
-| `sec:` / `subsec:` | 節 / 小節 | `\label{sec:ocean-heat-methods}` |
-| `fig:` | 図 | `\label{fig:ocean-heat-trend}` |
-| `tab:` | 表 | `\label{tab:ocean-heat-summary}` |
-| `eq:` | 数式 | `\label{eq:heat-budget}` |
-| `alg:` / `app:` | アルゴリズム / 付録 | `\label{app:a}` |
-
-参照は**常に `\cref`**(`Figure 3` などの語を自動で付ける)。素の `\ref` は使わない。
+任意ページのフラグ:
 
 ```latex
-\cref{fig:ocean-heat-trend} shows ...        % → Figure 3.1 shows ...
-\cref{fig:a,fig:b,tab:c}                     % 複数まとめて参照可
+\ThesisIncludeDeclarationtrue
+\ThesisIncludePublicationstrue
+\ThesisIncludeAbbreviationstrue
+\ThesisIncludeSymbolstrue
+\ThesisPrintListOfFigurestrue
+\ThesisPrintListOfTablestrue
 ```
 
-## 図(Figures)
+図目次・表目次は、対応する図表を追加してから有効にします。
 
-1. 図は各スタディのスクリプトが `save_figure()` で `projects/<study>/result/figures/` に生成する(手動配置しない)
-2. ファイル名は **`<study>-<内容>`**(例: `ocean-heat-trend`)。全スタディの図が1つの `\graphicspath` 名前空間を共有するため、接頭辞なしは衝突する
-3. 本文からは**パスなし・拡張子なし**で参照:
+## Structure
 
-```latex
-\begin{figure}[tbp]
-  \centering
-  \includegraphics[width=0.8\linewidth]{ocean-heat-trend}
-  \caption{図の要点を1文で。}
-  \label{fig:ocean-heat-trend}
-\end{figure}
-```
-
-4. 新しいスタディを章にするときは `preamble.tex` の `\graphicspath` に1行追加:
-
-```latex
-\graphicspath{{figures/}{../projects/study1/result/figures/}{../projects/<study>/result/figures/}}
-```
-
-## 表(Tables)
-
-スタディ側で `write_latex_table()` が生成した `.tex` をそのまま読み込む:
-
-```latex
-\input{../projects/ocean-heat/result/tables/ocean-heat-summary.tex}
-```
+| Path | Purpose |
+|---|---|
+| `main.tex` | 通常執筆版の文書構成 |
+| `submission.tex` | TODOを非表示にする提出版入口 |
+| `thesis-config.tex` | メタデータ、提出ページ、レイアウト |
+| `preamble.tex` | 共通パッケージ、PDF設定、図の探索先 |
+| `frontmatter/` | 表紙、日英要旨、謝辞、任意ページ |
+| `chapters/` | 一般序論、study章、総合考察 |
+| `backmatter/` | 付録 |
+| `notation.tex` | 論文全体の記号マクロ |
+| `reference.bib` | Zoteroから同期する共有文献DB |
 
-生成された `.tex` は手で編集しない(先頭に生成元と「do not edit by hand」が記載されます)。数値を直したければスクリプトを直して再生成。
+表紙は無番号、前付けはローマ数字、本文はアラビア数字です。
 
-## 引用(Citations)
+## Labels and references
 
-- 文献は `reference.bib` に集約。**推奨ワークフロー**: Zotero でコレクション管理 → Better BibTeX プラグインで `reference.bib` に自動エクスポート(WSL2 での接続は `/zotero-connect`)
-- 引用キーは Better BibTeX の `authYYYYfirstword` 形式(例: `smith2020ocean`)
-- 本文では `\citep{smith2020ocean}`(括弧付き)/ `\citet{smith2020ocean}`(主語として)
-- **雛形の `lamport1994latex` はプレースホルダ**。最初の実引用を入れたら、`reference.bib` のエントリと `main.tex` の `\nocite{lamport1994latex}` を削除する
-- 引用スタイルは `unsrtnat`(出現順・番号)。変更する場合は `main.tex` の `\bibliographystyle` を編集
+ラベル接頭辞は `ch:`, `sec:`, `subsec:`, `fig:`, `tab:`, `eq:`, `alg:`, `app:`。参照は `\cref` を使い、裸の `\ref` は使いません。
 
-## 数式・記号(Notation)
+## Figures and tables
 
-繰り返し使う記号は `notation.tex` に **1回だけ** `\newcommand` で定義し、本文ではマクロを使う。表記ゆれ(`RMSE` と `rmse` の混在など)を構造的に防ぐ。
+- 解析図は study のスクリプトから `projects/<study>/result/figures/` へ生成します。
+- ファイル名は `<study>-<slug>` とし、本文ではパス・拡張子なしで参照します。
+- 表は `write_latex_table` で生成し、`\input{../projects/<study>/result/tables/...}` します。
+- `result/` 内の生成物を手編集しません。
 
-## 下書きメモ(TODO)
+## Bibliography
 
-```latex
-\todo{単位を確認}                 % 余白メモ
-\todo[inline]{この節は要再構成}   % 本文中の目立つメモ
-```
+Zotero + Better BibTeX から `reference.bib` へ自動エクスポートします。citation key は `authYYYYfirstword` を使用し、`file`, `local-url`, `annotation` などの私的・端末固有フィールドを除外します。詳細は [../docs/integrations.md](../docs/integrations.md) を参照してください。
 
-- `make check` が TODO を一覧化するので、消し忘れは提出前に必ず捕まる
-- **最終版**: `preamble.tex` の `\draftnotestrue` → `\draftnotesfalse` で全メモが一括非表示
+雛形の `lamport1994latex` と `\nocite` は、最初の実引用を追加した時点で削除します。引用情報を推測で作成しないでください。
 
-## 章の追加手順(スタディ→章)
+## Submission mode
 
-1. `chapters/_chapter-template.tex` を `chapters/NN-<study>.tex` にコピー
-2. `main.tex` の `\include` 行を有効化(コメントを外して実名に)
-3. `preamble.tex` の `\graphicspath` にスタディを追加
-4. `make pdf && make check` で緑を確認
+`make submission` は提出PDFを作成後、未入力メタデータ、空の要旨、TODO、未定義参照・引用、裸の `\ref`、ログ警告を検査します。雛形のままでは意図的に失敗します。
diff --git a/draft/SUBMISSION_CHECKLIST.md b/draft/SUBMISSION_CHECKLIST.md
new file mode 100644
index 0000000..89cbd66
--- /dev/null
+++ b/draft/SUBMISSION_CHECKLIST.md
@@ -0,0 +1,36 @@
+# Dissertation submission checklist
+
+大学・研究科の最新版提出要項を正とし、次を確認してください。
+
+## Institutional format
+
+- [ ] 正式な学位名、題目、著者名、所属、指導教員名、提出日
+- [ ] 表紙・背表紙・審査用表紙の指定様式
+- [ ] A4、余白、行間、片面／両面、フォント、ページ番号
+- [ ] 和文・英文要旨の字数、キーワード数、提出順
+- [ ] 宣誓文、署名、関連論文・著者貢献の要否
+- [ ] 電子提出のファイル名、容量、PDF/A、暗号化禁止などの要件
+
+## Research integrity
+
+- [ ] 研究倫理承認番号、同意、データ利用許諾
+- [ ] 利益相反、資金提供、謝辞、grant番号
+- [ ] 共著論文を含む章の著者貢献と転載許諾
+- [ ] データ・コード公開先、DOI、embargo、ライセンス
+- [ ] 本文、図表、補足資料の数値と解析出力の一致
+
+## Technical validation
+
+- [ ] `make test && make lint`
+- [ ] `make submission`
+- [ ] `make security-history`
+- [ ] PDFを別端末で開き、目次リンク、フォント、図表、ページ順を確認
+- [ ] TODO、変更履歴、注釈、非表示レイヤーが残っていない
+- [ ] 未定義参照・引用、Overfull box、重複アンカーがない
+
+## Archive
+
+- [ ] 最終 commit/tag と提出PDFのチェックサムを記録
+- [ ] データ台帳から全データを再取得できる
+- [ ] 解析環境を `uv.lock` と Dockerfile から再構築できる
+- [ ] Zoteroコレクションと `reference.bib` の最終同期を確認
diff --git a/draft/chapters/01-introduction.tex b/draft/chapters/01-introduction.tex
index 61d78fd..0fbdae8 100644
--- a/draft/chapters/01-introduction.tex
+++ b/draft/chapters/01-introduction.tex
@@ -1,5 +1,32 @@
-\chapter{Introduction}
+\chapter{General Introduction}
 \label{ch:introduction}
 
-% General introduction that frames the dissertation as a whole and explains how
-% the studies in the following chapters connect.
+\section{Background and Motivation}
+\label{sec:introduction-background}
+
+% TODO: Establish the broad field, societal/scientific importance, and scope.
+
+\section{State of Knowledge and Research Gap}
+\label{sec:introduction-gap}
+
+% TODO: Synthesize the literature and identify the gap addressed by the thesis.
+
+\section{Aim and Research Questions}
+\label{sec:introduction-aims}
+
+% TODO: State one overall aim and a numbered set of research questions or hypotheses.
+
+\section{Conceptual and Methodological Framework}
+\label{sec:introduction-framework}
+
+% TODO: Explain the concepts and shared methods connecting the studies.
+
+\section{Original Contributions}
+\label{sec:introduction-contributions}
+
+% TODO: Distinguish the dissertation's original contributions from prior work.
+
+\section{Dissertation Structure}
+\label{sec:introduction-structure}
+
+% TODO: Explain how each chapter answers the research questions and advances the argument.
diff --git a/draft/chapters/02-study1.tex b/draft/chapters/02-study1.tex
index 4cdb17f..5510072 100644
--- a/draft/chapters/02-study1.tex
+++ b/draft/chapters/02-study1.tex
@@ -2,34 +2,69 @@
 \chapter{Study 1: Title}
 \label{ch:study1}
 
+% TODO: If this chapter is based on a publication, state its status and author contribution.
+
 \section{Introduction}
+\label{sec:study1-introduction}
+
+\subsection{Study-specific Background}
+\label{subsec:study1-background}
+\mbox{}\par
+
+\subsection{Objectives and Hypotheses}
+\label{subsec:study1-objectives}
+\mbox{}\par
 
 \section{Materials and Methods}
+\label{sec:study1-methods}
 
 \subsection{Study System}
+\label{subsec:study1-system}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Data}
+\subsection{Data and Inclusion Criteria}
+\label{subsec:study1-data}
+\mbox{}\par
 
 \subsection{Data Analysis}
+\label{subsec:study1-analysis}
 
 \subsubsection{Primary analysis}
+\mbox{}\par
 
 \subsubsection{Secondary analysis}
+\mbox{}\par
 
-\subsubsection{Null model or sensitivity analysis}
+\subsubsection{Sensitivity and robustness analysis}
+\mbox{}\par
+
+\subsection{Ethics, Data, and Code Availability}
+\label{subsec:study1-reproducibility}
+\mbox{}\par
 
 \section{Results}
+\label{sec:study1-results}
 
 \subsection{Data Overview}
+\mbox{}\par
 
 \subsection{Primary Results}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Secondary Results}
+\subsection{Secondary and Sensitivity Results}
+\mbox{}\par
 
 \section{Discussion}
+\label{sec:study1-discussion}
+
+\subsection{Principal Findings}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Significance and Main Findings}
+\subsection{Interpretation and Relation to Prior Work}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Interpretation}
+\subsection{Strengths and Limitations}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Limitations}
+\subsection{Chapter Conclusion}
+\mbox{}\par
diff --git a/draft/chapters/99-conclusion.tex b/draft/chapters/99-conclusion.tex
index 91b3ff9..9339ff4 100644
--- a/draft/chapters/99-conclusion.tex
+++ b/draft/chapters/99-conclusion.tex
@@ -1,5 +1,30 @@
 \chapter{General Discussion and Conclusion}
 \label{ch:conclusion}
 
-% Synthesise the findings across studies, discuss overall significance and
-% limitations, and conclude the dissertation.
+\section{Synthesis of Findings}
+\label{sec:conclusion-synthesis}
+
+% TODO: Answer each dissertation-level research question across chapters.
+
+\section{Theoretical and Methodological Contributions}
+\label{sec:conclusion-contributions}
+
+% TODO: Explain what is new, why it matters, and which evidence supports it.
+
+\section{Implications}
+\label{sec:conclusion-implications}
+
+% TODO: Separate scientific, practical, and policy implications where applicable.
+
+\section{Limitations}
+\label{sec:conclusion-limitations}
+
+% TODO: Discuss dissertation-wide limitations, not only chapter-specific ones.
+
+\section{Future Research}
+\label{sec:conclusion-future}
+
+\section{Conclusion}
+\label{sec:conclusion-final}
+
+% TODO: End with a concise statement of the dissertation's overall contribution.
diff --git a/draft/chapters/_chapter-template.tex b/draft/chapters/_chapter-template.tex
index 054be09..21b85cd 100644
--- a/draft/chapters/_chapter-template.tex
+++ b/draft/chapters/_chapter-template.tex
@@ -1,62 +1,83 @@
 % Chapter template for one study.
-% Copy to chapters/NN-<study>.tex and add an \include line in main.tex.
+% Copy to chapters/NN-<study>.tex, replace <study>, and register it in main.tex.
 \chapter{Study Title}
-\label{ch:study-key}
+\label{ch:<study>}
+
+% TODO: If this chapter is based on a publication, state its status and author contribution.
 
 \section{Introduction}
+\label{sec:<study>-introduction}
+
+\subsection{Study-specific Background}
+\label{subsec:<study>-background}
+\mbox{}\par
+
+\subsection{Objectives and Hypotheses}
+\label{subsec:<study>-objectives}
+\mbox{}\par
 
 \section{Materials and Methods}
+\label{sec:<study>-methods}
 
 \subsection{Study System}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Data}
+\subsection{Data and Inclusion Criteria}
+% Record dataset provenance and exclusions in projects/<study>/data/README.md.
+\mbox{}\par
 
 \subsection{Data Analysis}
 
 \subsubsection{Primary analysis}
+\mbox{}\par
 
 \subsubsection{Secondary analysis}
+\mbox{}\par
+
+\subsubsection{Sensitivity and robustness analysis}
+\mbox{}\par
 
-\subsubsection{Null model or sensitivity analysis}
+\subsection{Ethics, Data, and Code Availability}
+% State approvals, consent, licenses, repository/archive identifiers, and software versions.
+\mbox{}\par
 
 \section{Results}
+\label{sec:<study>-results}
 
 \subsection{Data Overview}
+\mbox{}\par
 
 \subsection{Primary Results}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Secondary Results}
+\subsection{Secondary and Sensitivity Results}
+\mbox{}\par
 
 \section{Discussion}
+\label{sec:<study>-discussion}
 
-\subsection{Significance and Main Findings}
+\subsection{Principal Findings}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Interpretation}
+\subsection{Interpretation and Relation to Prior Work}
+\mbox{}\par
 
-\subsection{Limitations}
+\subsection{Strengths and Limitations}
+\mbox{}\par
 
-% ----------------------------------------------------------------------------
-% Convention examples (delete this block once the conventions are familiar).
-%
-% Figure — generated by the study's script into result/figures/ (see
-% src/utils/figures.py); referenced without path or extension because
-% \graphicspath in preamble.tex resolves it:
-%   \begin{figure}[tbp]
-%     \centering
-%     \includegraphics[width=0.8\linewidth]{<study>-overview}
-%     \caption{One-sentence takeaway of the figure.}
-%     \label{fig:<study>-overview}
-%   \end{figure}
-%
-% Table — written by src/utils/tables.py, pulled in verbatim:
-%   \input{../projects/<study>/result/tables/<study>-summary.tex}
-%
-% Cross-reference — always \cref, never bare \ref:
-%   ... as shown in \cref{fig:<study>-overview,tab:<study>-summary}.
+\subsection{Chapter Conclusion}
+\mbox{}\par
+
+% Figure files are generated under projects/<study>/result/figures and are
+% referenced without a path or extension:
+% \begin{figure}[tbp]
+%   \centering
+%   \includegraphics[width=0.8\linewidth]{<study>-overview}
+%   \caption{State the takeaway, then describe encodings and uncertainty.}
+%   \label{fig:<study>-overview}
+% \end{figure}
 %
-% Citation — keys follow authYYYYfirstword (Zotero Better BibTeX export):
-%   ... consistent with earlier estimates \citep{smith2020ocean}.
+% Generated tables are included directly:
+% \input{../projects/<study>/result/tables/<study>-summary.tex}
 %
-% Margin note while drafting (hidden when \draftnotesfalse in preamble.tex):
-%   \todo{Check the units here}   or   \todo[inline]{A longer inline note.}
-% ----------------------------------------------------------------------------
+% Use \cref for cross-references and real keys from reference.bib for citations.
diff --git a/draft/frontmatter/abbreviations.tex b/draft/frontmatter/abbreviations.tex
new file mode 100644
index 0000000..edb052f
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/abbreviations.tex
@@ -0,0 +1,7 @@
+\chapter*{Abbreviations}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{Abbreviations}
+
+\begin{description}[style=multiline,leftmargin=35mm]
+  \item[ABC] Replace with an abbreviation used throughout the dissertation.
+\end{description}
diff --git a/draft/frontmatter/abstract-en.tex b/draft/frontmatter/abstract-en.tex
new file mode 100644
index 0000000..7c3eac9
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/abstract-en.tex
@@ -0,0 +1,8 @@
+\chapter*{Abstract}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{Abstract}
+
+\todo[inline]{Replace this note with the dissertation-wide English abstract. State the problem, approach, principal results, and contribution without citations.}
+
+\vspace{1em}
+\noindent\textbf{Keywords:} \ThesisKeywordsEN
diff --git a/draft/frontmatter/abstract-ja.tex b/draft/frontmatter/abstract-ja.tex
new file mode 100644
index 0000000..065ce1f
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/abstract-ja.tex
@@ -0,0 +1,8 @@
+\chapter*{和文要旨}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{和文要旨}
+
+\todo[inline]{博士論文全体の和文要旨に置き換える。研究課題、方法、主要結果、独自の貢献を簡潔に記述する。}
+
+\vspace{1em}
+\noindent\textbf{キーワード：} \ThesisKeywordsJA
diff --git a/draft/frontmatter/abstract.tex b/draft/frontmatter/abstract.tex
deleted file mode 100644
index 9e6ca86..0000000
--- a/draft/frontmatter/abstract.tex
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
-\chapter*{Abstract}
-\addcontentsline{toc}{chapter}{Abstract}
-
-% Dissertation-wide abstract.
diff --git a/draft/frontmatter/acknowledgments.tex b/draft/frontmatter/acknowledgments.tex
index 529aad8..229a427 100644
--- a/draft/frontmatter/acknowledgments.tex
+++ b/draft/frontmatter/acknowledgments.tex
@@ -1,4 +1,5 @@
 \chapter*{Acknowledgments}
+\phantomsection
 \addcontentsline{toc}{chapter}{Acknowledgments}
 
-% Acknowledgments.
+\todo[inline]{Replace this note with acknowledgments. Confirm funder names and grant numbers before submission.}
diff --git a/draft/frontmatter/declaration.tex b/draft/frontmatter/declaration.tex
new file mode 100644
index 0000000..e0da16e
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/declaration.tex
@@ -0,0 +1,8 @@
+\chapter*{Declaration}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{Declaration}
+
+\emph{Replace this text with the exact declaration required by the university. Do not use generic wording without checking the submission regulations.}
+
+\vspace{3em}
+\noindent Signature: \rule{70mm}{0.4pt}\hfill Date: \rule{35mm}{0.4pt}
diff --git a/draft/frontmatter/publications.tex b/draft/frontmatter/publications.tex
new file mode 100644
index 0000000..89fcb1f
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/publications.tex
@@ -0,0 +1,9 @@
+\chapter*{Publications and Author Contributions}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{Publications and Author Contributions}
+
+\emph{List publications incorporated into the dissertation and state the author's contribution to each work.}
+
+\begin{enumerate}
+  \item Author list. Year. Title. Journal, volume, pages. DOI. Contribution statement.
+\end{enumerate}
diff --git a/draft/frontmatter/symbols.tex b/draft/frontmatter/symbols.tex
new file mode 100644
index 0000000..ced17fc
--- /dev/null
+++ b/draft/frontmatter/symbols.tex
@@ -0,0 +1,12 @@
+\chapter*{List of Symbols}
+\phantomsection
+\addcontentsline{toc}{chapter}{List of Symbols}
+
+\begin{longtable}{>{$}l<{$} p{0.68\linewidth} l}
+  \toprule
+  \text{Symbol} & Description & Unit \\
+  \midrule
+  \endhead
+  x & Replace with a recurring symbol defined in \texttt{notation.tex}. & --- \\
+  \bottomrule
+\end{longtable}
diff --git a/draft/frontmatter/titlepage.tex b/draft/frontmatter/titlepage.tex
index 676f070..45a5db1 100644
--- a/draft/frontmatter/titlepage.tex
+++ b/draft/frontmatter/titlepage.tex
@@ -1,22 +1,36 @@
-% Dissertation title page. Fill in the placeholders.
 \begin{titlepage}
   \centering
-  \vspace*{3cm}
+  \vspace*{18mm}
 
-  {\LARGE\bfseries Dissertation Title \par}
-  \vspace{1.5cm}
+  {\LARGE\bfseries \ThesisTitleEN\par}
+  \vspace{8mm}
+  {\Large \ThesisTitleJA\par}
 
-  {\large A dissertation submitted in partial fulfillment\\
-  of the requirements for the degree of\\
-  Doctor of Philosophy \par}
-  \vspace{1.5cm}
+  \vspace{22mm}
+  {\large
+    A dissertation submitted in partial fulfillment\par
+    of the requirements for the degree of\par
+    \textbf{\ThesisDegreeEN}\par
+  }
 
-  {\large Author Name \par}
-  \vspace{0.5cm}
-  {\large Supervisor: Supervisor Name \par}
+  \vspace{20mm}
+  {\Large \ThesisAuthorEN\par}
+  \vspace{3mm}
+  {\large \ThesisAuthorJA\par}
+  \ifdefempty{\ThesisStudentID}{}{%
+    \vspace{3mm}
+    {\normalsize Student ID: \ThesisStudentID\par}
+  }
+
+  \vspace{14mm}
+  {\large Supervisor: \ThesisSupervisorEN\par}
 
   \vfill
-  {\large University / Graduate School / Department \par}
-  \vspace{0.5cm}
-  {\large \today \par}
+  {\large
+    \ThesisDepartmentEN\par
+    \ThesisGraduateSchoolEN\par
+    \ThesisUniversityEN\par
+  }
+  \vspace{6mm}
+  {\large \ThesisSubmissionDateEN\par}
 \end{titlepage}
diff --git a/draft/main.tex b/draft/main.tex
index a754f97..73e74d4 100644
--- a/draft/main.tex
+++ b/draft/main.tex
@@ -1,35 +1,66 @@
 % !TEX program = lualatex
-\documentclass[a4paper,11pt]{ltjsreport}
+\documentclass[a4paper,11pt,english,oneside]{ltjsreport}
 
+\input{thesis-config}
 \input{preamble}
 
-\title{Dissertation Title}
-\author{Author Name}
-\date{\today}
+\title{\ThesisTitleEN}
+\author{\ThesisAuthorEN}
+\date{\ThesisSubmissionDateEN}
 
 \begin{document}
 
-% --- Front matter ---
+% The title page is unnumbered and must not create a duplicate PDF page anchor.
+\hypersetup{pageanchor=false}
+\pagenumbering{gobble}
 \input{frontmatter/titlepage}
-\input{frontmatter/abstract}
+\clearpage
+
+% Front matter uses lower-case Roman numerals.
+\hypersetup{pageanchor=true}
+\pagenumbering{roman}
+\setcounter{page}{1}
+
+\ifThesisIncludeDeclaration
+  \input{frontmatter/declaration}
+\fi
+\input{frontmatter/abstract-ja}
+\input{frontmatter/abstract-en}
 \input{frontmatter/acknowledgments}
+\ifThesisIncludePublications
+  \input{frontmatter/publications}
+\fi
 
 \tableofcontents
+\ifThesisPrintListOfFigures
+  \listoffigures
+\fi
+\ifThesisPrintListOfTables
+  \listoftables
+\fi
+\ifThesisIncludeAbbreviations
+  \input{frontmatter/abbreviations}
+\fi
+\ifThesisIncludeSymbols
+  \input{frontmatter/symbols}
+\fi
+
+% Main matter restarts at Arabic page 1.
+\clearpage
+\pagenumbering{arabic}
+\setcounter{page}{1}
 
-% --- Body: one \include per chapter. Each study is a chapter. ---
 \include{chapters/01-introduction}
 \include{chapters/02-study1}
-% \include{chapters/03-study2}   % copy projects/_template, then enable this
+% \include{chapters/03-study2}
 \include{chapters/99-conclusion}
 
-% --- References (single shared database) ---
-% Placeholder so BibTeX succeeds on the fresh template. DELETE this \nocite
-% (and the placeholder entry in reference.bib) once you \cite real references.
+% Placeholder so BibTeX succeeds on a fresh clone. Delete this \nocite and
+% its reference.bib entry as soon as the first real citation is added.
 \nocite{lamport1994latex}
 \bibliographystyle{unsrtnat}
 \bibliography{reference}
 
-% --- Back matter ---
 \appendix
 \include{backmatter/appendix-a}
 
diff --git a/draft/preamble.tex b/draft/preamble.tex
index 81884f1..998ff50 100644
--- a/draft/preamble.tex
+++ b/draft/preamble.tex
@@ -2,33 +2,66 @@
 % Note: ltjsreport already loads luatexja, so we do not \usepackage{luatexja} here.
 \usepackage[nfssonly,haranoaji,scale=1]{luatexja-preset}
 \usepackage{graphicx}
-\usepackage[top=25mm,bottom=25mm,left=25mm,right=25mm]{geometry}
+\usepackage{etoolbox}
+\usepackage[
+  top=\ThesisMarginTop,
+  bottom=\ThesisMarginBottom,
+  inner=\ThesisMarginInner,
+  outer=\ThesisMarginOuter
+]{geometry}
 \setlength{\marginparwidth}{20mm}% todonotes needs a usable margin column
 \usepackage{amsmath, amssymb, array, bm}
 \usepackage{algorithmic,algorithm}
 \usepackage{float}
 \usepackage{booktabs}
+\usepackage{longtable}
 \usepackage{placeins}
 \usepackage{url}
 \usepackage[numbers,square,sort&compress]{natbib}
 \usepackage{enumitem}
+\usepackage{setspace}
 \usepackage{hyperref}
+\usepackage{bookmark}
 \usepackage{doi}
 \usepackage{siunitx}
 
 % --- Draft annotations: flip to \draftnotesfalse for the final document -----
-\newif\ifdraftnotes
-\draftnotestrue
-\ifdraftnotes
-  \usepackage[colorinlistoftodos,textsize=scriptsize]{todonotes}
-\else
+\ifThesisFinal
   \usepackage[disable]{todonotes}
+\else
+  \usepackage[colorinlistoftodos,textsize=scriptsize]{todonotes}
 \fi
 
 % --- Smart cross-references (\cref{fig:...}). Keep as the LAST package: it
 % must load after hyperref (and doi, which patches hyperref). ---------------
 \usepackage[capitalise,noabbrev]{cleveref}
 
+\setstretch{\ThesisLineSpacing}
+\clubpenalty=10000
+\widowpenalty=10000
+\displaywidowpenalty=10000
+
+\ifThesisFinal
+  \hypersetup{
+    hidelinks,
+    pdftitle={\ThesisTitleEN},
+    pdfauthor={\ThesisAuthorEN},
+    pdfsubject={Doctoral dissertation},
+    pdfkeywords={\ThesisKeywordsEN}
+  }
+\else
+  \hypersetup{
+    colorlinks=true,
+    linkcolor=blue,
+    citecolor=blue,
+    urlcolor=blue,
+    pdftitle={\ThesisTitleEN},
+    pdfauthor={\ThesisAuthorEN},
+    pdfsubject={Doctoral dissertation},
+    pdfkeywords={\ThesisKeywordsEN}
+  }
+\fi
+
 \setlength{\abovecaptionskip}{0pt}
 \setlength{\belowcaptionskip}{0pt}
 
@@ -40,7 +73,6 @@
 
 % Bibliography heading at chapter level (report/book class uses \bibname).
 \renewcommand{\bibname}{References}
-\renewcommand{\abstractname}{Abstract}
 
 % Thesis-wide notation macros. Conventions (label prefixes, citation keys,
 % figure naming) are documented in draft/README.md.
diff --git a/draft/submission.tex b/draft/submission.tex
new file mode 100644
index 0000000..523c31e
--- /dev/null
+++ b/draft/submission.tex
@@ -0,0 +1,4 @@
+% !TEX program = lualatex
+% Final-mode entry point. Build through `make submission`.
+\def\ThesisFinalBuild{1}
+\input{main.tex}
diff --git a/draft/supplementary.tex b/draft/supplementary.tex
index 9e39186..439455d 100644
--- a/draft/supplementary.tex
+++ b/draft/supplementary.tex
@@ -1,32 +1,38 @@
 % !TEX program = lualatex
 \documentclass[a4paper,10pt]{article}
 
+\input{thesis-config}
+
 \usepackage{luatexja}
 \usepackage[nfssonly,haranoaji,scale=1]{luatexja-preset}
 \usepackage{graphicx}
-\usepackage[top=25mm,bottom=25mm,left=25mm,right=25mm]{geometry}
-\usepackage{amsmath, amssymb, array, bm}
-\usepackage{float}
-\usepackage{booktabs}
-\usepackage{placeins}
-\usepackage{url}
-\usepackage{enumitem}
+\usepackage[
+  top=\ThesisMarginTop,
+  bottom=\ThesisMarginBottom,
+  left=\ThesisMarginInner,
+  right=\ThesisMarginOuter
+]{geometry}
+\usepackage{amsmath,amssymb,array,bm}
+\usepackage{booktabs,longtable}
+\usepackage{setspace}
 \usepackage{hyperref}
+\usepackage{bookmark}
 
-\setlength{\abovecaptionskip}{0pt}
-\setlength{\belowcaptionskip}{0pt}
+\setstretch{\ThesisLineSpacing}
+\graphicspath{{figures/}{../projects/study1/result/figures/}}
+\hypersetup{hidelinks,pdftitle={Supplementary Material for \ThesisTitleEN},pdfauthor={\ThesisAuthorEN}}
 
-\title{Supplementary Material for\\``Research Title''}
-\author{Author Name}
-\date{}
+\title{Supplementary Material for\\``\ThesisTitleEN''}
+\author{\ThesisAuthorEN}
+\date{\ThesisSubmissionDateEN}
 
 \begin{document}
 \maketitle
 
-\section*{Supplementary Figures and Tables}
+\section*{Supplementary Methods}
 
-\subsection*{Supplementary Figures}
+\section*{Supplementary Figures}
 
-\subsection*{Supplementary Tables}
+\section*{Supplementary Tables}
 
 \end{document}
diff --git a/draft/thesis-config.tex b/draft/thesis-config.tex
new file mode 100644
index 0000000..9402e1f
--- /dev/null
+++ b/draft/thesis-config.tex
@@ -0,0 +1,54 @@
+% Dissertation metadata and university-dependent switches.
+% Keep all identifying and submission information in this file only.
+
+% --- Required metadata ------------------------------------------------------
+\newcommand{\ThesisTitleEN}{Dissertation Title}
+\newcommand{\ThesisTitleJA}{博士論文題目}
+\newcommand{\ThesisAuthorEN}{Author Name}
+\newcommand{\ThesisAuthorJA}{著者名}
+\newcommand{\ThesisDegreeEN}{Doctor of Philosophy}
+\newcommand{\ThesisDegreeJA}{博士（専門分野）}
+\newcommand{\ThesisUniversityEN}{University Name}
+\newcommand{\ThesisUniversityJA}{大学名}
+\newcommand{\ThesisGraduateSchoolEN}{Graduate School Name}
+\newcommand{\ThesisGraduateSchoolJA}{研究科名}
+\newcommand{\ThesisDepartmentEN}{Department Name}
+\newcommand{\ThesisDepartmentJA}{専攻名}
+\newcommand{\ThesisSupervisorEN}{Supervisor Name}
+\newcommand{\ThesisSupervisorJA}{指導教員名}
+\newcommand{\ThesisSubmissionDateEN}{July 2026}
+\newcommand{\ThesisSubmissionDateJA}{2026年7月}
+\newcommand{\ThesisKeywordsEN}{keyword one; keyword two; keyword three}
+\newcommand{\ThesisKeywordsJA}{キーワード1；キーワード2；キーワード3}
+
+% Optional identifiers may be left empty.
+\newcommand{\ThesisStudentID}{}
+
+% --- University-specific page switches -------------------------------------
+\newif\ifThesisIncludeDeclaration
+\ThesisIncludeDeclarationfalse
+\newif\ifThesisIncludePublications
+\ThesisIncludePublicationsfalse
+\newif\ifThesisIncludeAbbreviations
+\ThesisIncludeAbbreviationsfalse
+\newif\ifThesisIncludeSymbols
+\ThesisIncludeSymbolsfalse
+\newif\ifThesisPrintListOfFigures
+\ThesisPrintListOfFiguresfalse
+\newif\ifThesisPrintListOfTables
+\ThesisPrintListOfTablesfalse
+
+% --- Generic A4 defaults; replace these with the university requirements. --
+\newcommand{\ThesisMarginTop}{25mm}
+\newcommand{\ThesisMarginBottom}{25mm}
+\newcommand{\ThesisMarginInner}{30mm}
+\newcommand{\ThesisMarginOuter}{25mm}
+\newcommand{\ThesisLineSpacing}{1.5}
+
+% submission.tex defines \ThesisFinalBuild before loading main.tex.
+\newif\ifThesisFinal
+\ifdefined\ThesisFinalBuild
+  \ThesisFinaltrue
+\else
+  \ThesisFinalfalse
+\fi
diff --git a/projects/README.md b/projects/README.md
index 7e8514a..4f04cd4 100644
--- a/projects/README.md
+++ b/projects/README.md
@@ -30,14 +30,10 @@ docker compose exec research-template uv run pytest projects/<スタディ名>
 テストが通れば複製は健全です。あとは:
 
 1. `data/raw/` にデータを置き、`data/README.md` に台帳を記入
-2. 解析コードを `src/` + `scripts/` に書く(Claude への頼み方の例はルートの README 参照)
+2. 解析コードを `src/` + `scripts/` に実装し、再現手順と依存関係を各スタディの README に記録
 3. 図表は `save_figure` / `write_latex_table` で生成。**ファイル名は `<スタディ名>-<内容>`**
 4. 章にする段階になったら `draft/preamble.tex` の `\graphicspath` と `draft/main.tex` の `\include` に登録(手順の詳細は `draft/README.md`)
 
-Claude に頼むなら:
-
-> `_template` をコピーして `<スタディ名>` を作り、テストが通るのを確認して
-
 ## なぜ monorepo(git submodule にしない)か
 
 1人の学位論文では、リポジトリ分割(submodule/subtree)は detached HEAD・二段コミットなどの運用コストばかりが先に立ちます。全スタディを1リポジトリで管理し、後で単独公開が必要になったスタディだけ履歴ごと切り出します:
diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml
index a95506c..cad508d 100644
--- a/pyproject.toml
+++ b/pyproject.toml
@@ -1,7 +1,7 @@
 [project]
 name = "research-template"
 version = "0.1.0"
-description = "Reusable research project template for data analysis, figures, and manuscript drafting"
+description = "Reproducible multi-study research and doctoral dissertation template"
 readme = "README.md"
 requires-python = ">=3.11"
 dependencies = [
diff --git a/tests/test_public_repo_check.py b/tests/test_public_repo_check.py
new file mode 100644
index 0000000..d939bdf
--- /dev/null
+++ b/tests/test_public_repo_check.py
@@ -0,0 +1,50 @@
+"""Tests for the public repository safety gate."""
+
+
+def test_detects_secret_and_large_file(tmp_path, load_module_by_path, repo_root):
+    checker = load_module_by_path(
+        repo_root / "tools" / "public_repo_check.py", "public_repo_check_under_test"
+    )
+    secret = tmp_path / "notes.txt"
+    secret.write_text("token = " + "ghp_" + "abcdefghijklmnopqrstuvwxyz123456")
+    large = tmp_path / "large.bin"
+    large.write_bytes(b"x" * (checker.MAX_TRACKED_BYTES + 1))
+
+    findings = checker.scan_files([secret, large], root=tmp_path)
+
+    messages = {finding.message for finding in findings}
+    assert "possible GitHub token" in messages
+    assert any("exceeds" in message for message in messages)
+
+
+def test_requires_sha_pinned_actions(tmp_path, load_module_by_path, repo_root):
+    checker = load_module_by_path(
+        repo_root / "tools" / "public_repo_check.py", "public_repo_check_actions_test"
+    )
+    workflow_dir = tmp_path / ".github" / "workflows"
+    workflow_dir.mkdir(parents=True)
+    workflow = workflow_dir / "ci.yml"
+    workflow.write_text(
+        "steps:\n"
+        "  - uses: actions/checkout@v4\n"
+        "  - uses: owner/action@0123456789abcdef0123456789abcdef01234567\n"
+    )
+
+    findings = checker.scan_files([workflow], root=tmp_path)
+
+    assert len(findings) == 1
+    assert "@v4" in findings[0].message
+
+
+def test_rejects_external_symlink(tmp_path, load_module_by_path, repo_root):
+    checker = load_module_by_path(
+        repo_root / "tools" / "public_repo_check.py", "public_repo_check_symlink_test"
+    )
+    external = tmp_path.parent / "external-literature"
+    external.mkdir(exist_ok=True)
+    link = tmp_path / "literature"
+    link.symlink_to(external, target_is_directory=True)
+
+    findings = checker.scan_files([link], root=tmp_path)
+
+    assert any("outside" in finding.message for finding in findings)
diff --git a/tests/test_template_integrity.py b/tests/test_template_integrity.py
index 04caebc..3e93652 100644
--- a/tests/test_template_integrity.py
+++ b/tests/test_template_integrity.py
@@ -70,3 +70,42 @@ def test_study_config_loads_with_all_attributes(study: Path, load_module_by_path
         assert hasattr(cfg, attr), f"{study.name}/config.py is missing {attr}"
     assert cfg.STUDY_ROOT == study
     assert cfg.REPO_ROOT == REPO_ROOT
+
+
+def test_root_agent_and_public_repository_contract():
+    assert (REPO_ROOT / "AGENTS.md").is_file()
+    assert (REPO_ROOT / "CLAUDE.md").is_file()
+    assert "@AGENTS.md" in (REPO_ROOT / "CLAUDE.md").read_text()
+    assert not (REPO_ROOT / ".claude" / "CLAUDE.md").exists()
+    assert not (REPO_ROOT / ".codex" / "AGENTS.md").exists()
+
+    for path in (
+        "LICENSE",
+        "SECURITY.md",
+        "CONTRIBUTING.md",
+        ".github/CODEOWNERS",
+        ".github/dependabot.yml",
+        ".github/workflows/ci.yml",
+    ):
+        assert (REPO_ROOT / path).is_file(), f"public repository contract is missing {path}"
+
+
+def test_dissertation_frontmatter_contract():
+    draft = REPO_ROOT / "draft"
+    for path in (
+        "thesis-config.tex",
+        "submission.tex",
+        "frontmatter/abstract-en.tex",
+        "frontmatter/abstract-ja.tex",
+        "frontmatter/declaration.tex",
+        "frontmatter/publications.tex",
+        "frontmatter/abbreviations.tex",
+        "frontmatter/symbols.tex",
+        "SUBMISSION_CHECKLIST.md",
+    ):
+        assert (draft / path).is_file(), f"dissertation front matter is missing {path}"
+
+    main = (draft / "main.tex").read_text()
+    assert "english" in main.splitlines()[1]
+    assert "\\pagenumbering{roman}" in main
+    assert "\\pagenumbering{arabic}" in main
diff --git a/tests/test_thesis_check.py b/tests/test_thesis_check.py
index 7f8e4ad..0fbb89a 100644
--- a/tests/test_thesis_check.py
+++ b/tests/test_thesis_check.py
@@ -90,3 +90,38 @@ def test_duplicate_figure_basenames_across_dirs(thesis_check, tmp_path):
 
     assert "W6" in codes(findings, "warning")
     assert codes(findings, "error") == set()
+
+
+def test_submission_mode_rejects_placeholders_and_todos(thesis_check, tmp_path):
+    (tmp_path / "main.tex").write_text(
+        "\\documentclass{article}\n"
+        "\\input{thesis-config}\n"
+        "\\begin{document}\\todo{write abstract}\\end{document}\n"
+    )
+    required = sorted(thesis_check.REQUIRED_METADATA)
+    (tmp_path / "thesis-config.tex").write_text(
+        "\n".join(f"\\newcommand{{\\{name}}}{{Dissertation Title}}" for name in required)
+    )
+
+    draft_findings = thesis_check.run_checks(tmp_path, with_log=False)
+    submission_findings = thesis_check.run_checks(tmp_path, with_log=False, submission=True)
+
+    assert "W8" in codes(draft_findings, "warning")
+    assert "I1" in codes(draft_findings, "info")
+    assert "E6" in codes(submission_findings, "error")
+    assert "E7" in codes(submission_findings, "error")
+
+
+def test_bare_ref_and_duplicate_anchor_are_reported(thesis_check, tmp_path):
+    (tmp_path / "main.tex").write_text(
+        "\\documentclass{article}\n"
+        "\\begin{document}\\section{A}\\label{sec:a}\\ref{sec:a}\\end{document}\n"
+    )
+    (tmp_path / "main.log").write_text(
+        "warning  (pdf backend): ignoring duplicate destination with the name 'page.1'\n"
+    )
+
+    findings = thesis_check.run_checks(tmp_path)
+
+    assert "W7" in codes(findings, "warning")
+    assert "W9" in codes(findings, "warning")
diff --git a/tools/public_repo_check.py b/tools/public_repo_check.py
new file mode 100644
index 0000000..0cb4e75
--- /dev/null
+++ b/tools/public_repo_check.py
@@ -0,0 +1,143 @@
+#!/usr/bin/env python3
+"""Fail when tracked content is unsafe for a public repository."""
+
+import argparse
+import os
+import re
+import subprocess
+import sys
+from dataclasses import dataclass
+from pathlib import Path
+
+REPO_ROOT = Path(__file__).resolve().parents[1]
+MAX_TRACKED_BYTES = 1_000_000
+
+FORBIDDEN_SUFFIXES = {".pem", ".p12", ".pfx", ".kdbx", ".sqlite"}
+FORBIDDEN_NAMES = {".env", "credentials", "credentials.json", "zotero.sqlite"}
+ALLOWED_ENV_FILES = {".env.example"}
+
+SECRET_PATTERNS = {
+    "GitHub token": re.compile(r"(?:ghp|gho|ghu|ghs|ghr)_[A-Za-z0-9]{20,}"),
+    "GitHub fine-grained token": re.compile(r"github_pat_[A-Za-z0-9_]{20,}"),
+    "AWS access key": re.compile(r"AKIA[0-9A-Z]{16}"),
+    "Google API key": re.compile(r"AIza[0-9A-Za-z_-]{30,}"),
+    "OpenAI-style secret": re.compile(r"sk-[A-Za-z0-9]{20,}"),
+    "private key": re.compile(r"-----BEGIN (?:RSA |OPENSSH |EC )?PRIVATE " r"KEY-----"),
+}
+
+USE_ACTION = re.compile(r"^\s*-?\s*uses:\s*[^#\s]+@([^#\s]+)", re.MULTILINE)
+PINNED_ACTION = re.compile(r"^[0-9a-f]{40}$")
+
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Finding:
+    path: str
+    message: str
+
+
+def tracked_files(root: Path = REPO_ROOT) -> list[Path]:
+    result = subprocess.run(
+        ["git", "ls-files", "-z", "--cached", "--others", "--exclude-standard"],
+        cwd=root,
+        capture_output=True,
+        check=True,
+    )
+    return [root / os.fsdecode(item) for item in result.stdout.split(b"\0") if item]
+
+
+def forbidden_path_reason(path: Path, root: Path) -> str | None:
+    relative = path.relative_to(root)
+    posix = relative.as_posix()
+    if path.name in FORBIDDEN_NAMES and path.name not in ALLOWED_ENV_FILES:
+        return "application state or credentials must not be tracked"
+    if path.suffix.lower() in FORBIDDEN_SUFFIXES:
+        return f"{path.suffix} application/credential file must not be tracked"
+    if posix.startswith("references/attachments/") or posix.startswith("references/library/"):
+        return "literature attachments must remain outside Git"
+    if re.match(r"^projects/[^/]+/data/raw/.+", posix) and path.name != ".gitkeep":
+        return "raw research data must not be tracked"
+    return None
+
+
+def scan_files(paths: list[Path], root: Path = REPO_ROOT) -> list[Finding]:
+    findings: list[Finding] = []
+    for path in paths:
+        relative = path.relative_to(root).as_posix()
+        reason = forbidden_path_reason(path, root)
+        if reason:
+            findings.append(Finding(relative, reason))
+
+        if path.is_symlink():
+            try:
+                path.resolve().relative_to(root.resolve())
+            except ValueError:
+                findings.append(Finding(relative, "tracked symlink points outside the repository"))
+            continue
+        if not path.is_file():
+            continue
+        if path.stat().st_size > MAX_TRACKED_BYTES:
+            findings.append(
+                Finding(relative, f"tracked file exceeds {MAX_TRACKED_BYTES // 1_000_000} MB")
+            )
+
+        try:
+            text = path.read_text(encoding="utf-8")
+        except (UnicodeDecodeError, OSError):
+            continue
+        for label, pattern in SECRET_PATTERNS.items():
+            if pattern.search(text):
+                findings.append(Finding(relative, f"possible {label}"))
+
+        if relative.startswith(".github/workflows/") and path.suffix in {".yml", ".yaml"}:
+            for match in USE_ACTION.finditer(text):
+                ref = match.group(1)
+                if not PINNED_ACTION.fullmatch(ref):
+                    findings.append(
+                        Finding(relative, f"GitHub Action is not pinned to a full SHA: @{ref}")
+                    )
+    return findings
+
+
+def history_emails(root: Path = REPO_ROOT) -> list[Finding]:
+    result = subprocess.run(
+        ["git", "log", "--all", "--format=%H%x00%ae"],
+        cwd=root,
+        capture_output=True,
+        text=True,
+        check=True,
+    )
+    findings: list[Finding] = []
+    for raw in result.stdout.splitlines():
+        commit, _, email = raw.partition("\0")
+        if email and not email.endswith("@users.noreply.github.com"):
+            findings.append(Finding(commit[:12], f"commit author email is public: {email}"))
+    return findings
+
+
+def print_findings(findings: list[Finding]) -> int:
+    if not findings:
+        print("Public repository check: OK")
+        return 0
+    print("Public repository check: FAILED", file=sys.stderr)
+    for finding in findings:
+        print(f"- {finding.path}: {finding.message}", file=sys.stderr)
+    return 1
+
+
+def main(argv: list[str] | None = None) -> int:
+    parser = argparse.ArgumentParser(description=__doc__)
+    parser.add_argument(
+        "--history",
+        action="store_true",
+        help="also fail on commit author emails that are not GitHub noreply addresses",
+    )
+    args = parser.parse_args(argv)
+
+    findings = scan_files(tracked_files())
+    if args.history:
+        findings.extend(history_emails())
+    return print_findings(findings)
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())
diff --git a/tools/thesis_check.py b/tools/thesis_check.py
index 4d7dc92..1de63b1 100644
--- a/tools/thesis_check.py
+++ b/tools/thesis_check.py
@@ -26,6 +26,12 @@
   W4 fig:/tab: labels never referenced
   W5 labels not following the prefix convention (ch:/sec:/subsec:/fig:/tab:/eq:/alg:/app:)
   W6 identical figure basenames in multiple \\graphicspath directories (shadowing)
+  W7 bare \\ref usage instead of \\cref
+  W8 required thesis metadata still contains a template placeholder
+  W9 duplicate PDF page anchors in the last build
+  W10 overfull boxes in the last build
+  E6 required thesis metadata is missing or still a placeholder (submission mode)
+  E7 TODO/FIXME remains (submission mode)
   I1 TODO/FIXME inventory (\\todo{...} and %-comments)
   I2 findings from draft/main.log (undefined references/citations, overfull boxes)
 """
@@ -41,9 +47,50 @@
 LABEL_PREFIX = re.compile(r"^(ch|sec|subsec|fig|tab|eq|alg|app):")
 FIGURE_EXTENSIONS = (".png", ".pdf", ".jpg", ".jpeg", ".eps")
 
+REQUIRED_METADATA = {
+    "ThesisTitleEN",
+    "ThesisTitleJA",
+    "ThesisAuthorEN",
+    "ThesisAuthorJA",
+    "ThesisDegreeEN",
+    "ThesisDegreeJA",
+    "ThesisUniversityEN",
+    "ThesisUniversityJA",
+    "ThesisGraduateSchoolEN",
+    "ThesisGraduateSchoolJA",
+    "ThesisDepartmentEN",
+    "ThesisDepartmentJA",
+    "ThesisSupervisorEN",
+    "ThesisSupervisorJA",
+    "ThesisSubmissionDateEN",
+    "ThesisSubmissionDateJA",
+    "ThesisKeywordsEN",
+    "ThesisKeywordsJA",
+}
+PLACEHOLDER_VALUES = {
+    "Dissertation Title",
+    "博士論文題目",
+    "Author Name",
+    "著者名",
+    "博士（専門分野）",  # noqa: RUF001 - exact TeX placeholder
+    "University Name",
+    "大学名",
+    "Graduate School Name",
+    "研究科名",
+    "Department Name",
+    "専攻名",
+    "Supervisor Name",
+    "指導教員名",
+    "July 2026",
+    "2026年7月",
+    "keyword one; keyword two; keyword three",
+    "キーワード1；キーワード2；キーワード3",  # noqa: RUF001 - exact TeX placeholder
+}
+
 RE_INPUT = re.compile(r"\\(?:input|include)\{([^}]+)\}")
 RE_LABEL = re.compile(r"\\label\{([^}]+)\}")
 RE_REF = re.compile(r"\\(?:ref|eqref|pageref|autoref|vref|[cC]ref)\*?\{([^}]+)\}")
+RE_BARE_REF = re.compile(r"\\ref\*?\{([^}]+)\}")
 RE_CITE = re.compile(r"\\(?:[cC]ite[a-zA-Z]*|nocite)\*?(?:\[[^\]]*\]){0,2}\{([^}]+)\}")
 RE_GRAPHICS = re.compile(r"\\includegraphics\*?(?:\[[^\]]*\])?\{([^}]+)\}")
 RE_BIBLIOGRAPHY = re.compile(r"\\bibliography\{([^}]+)\}")
@@ -51,11 +98,13 @@
 RE_TODO_CMD = re.compile(r"\\todo(?:\[[^\]]*\])?\{([^}]*)")
 RE_TODO_COMMENT = re.compile(r"%.*?\b(TODO|FIXME)\b[:\s]*(.*)")
 RE_BIB_ENTRY = re.compile(r"^\s*@(\w+)\s*\{\s*([^,\s{}]+)\s*,")
+RE_METADATA = re.compile(r"\\newcommand\{\\(Thesis[A-Za-z]+)\}\{([^}]*)\}")
 
 RE_LOG_UNDEF_REF = re.compile(r"LaTeX Warning: Reference `([^']+)' on page")
 RE_LOG_UNDEF_CITE = re.compile(r"LaTeX Warning: Citation `([^']+)'")
-RE_LOG_OVERFULL = re.compile(r"^Overfull \\hbox")
+RE_LOG_OVERFULL = re.compile(r"^Overfull \\[hv]box")
 RE_LOG_ERROR = re.compile(r"^! (.+)")
+RE_LOG_DUPLICATE_ANCHOR = re.compile(r"ignoring duplicate destination with the name '([^']+)'")
 
 
 @dataclass
@@ -96,6 +145,7 @@ class TexIndex:
     def __init__(self):
         self.labels: dict[str, list[tuple[Path, int]]] = {}
         self.refs: dict[str, list[tuple[Path, int]]] = {}
+        self.bare_refs: list[tuple[str, Path, int]] = []
         self.cites: dict[str, list[tuple[Path, int]]] = {}
         self.graphics: list[tuple[str, Path, int]] = []
         self.todos: list[tuple[str, Path, int]] = []
@@ -143,6 +193,8 @@ def scan_tex(files: list[Path]) -> TexIndex:
             for match in RE_REF.finditer(line):
                 for key in match.group(1).split(","):
                     index._add(index.refs, key.strip(), where)
+            for match in RE_BARE_REF.finditer(line):
+                index.bare_refs.append((match.group(1).strip(), path, lineno))
             for match in RE_CITE.finditer(line):
                 for key in match.group(1).split(","):
                     key = key.strip()
@@ -226,6 +278,32 @@ def check_references(index: TexIndex, findings: list[Finding]) -> None:
                     "warning", "W4", f"{rel(path)}:{lineno}", f"label '{key}' is never referenced"
                 )
             )
+    for key, path, lineno in index.bare_refs:
+        findings.append(
+            Finding(
+                "warning",
+                "W7",
+                f"{rel(path)}:{lineno}",
+                f"bare \\ref{{{key}}} used; use \\cref instead",
+            )
+        )
+
+
+def check_metadata(files: list[Path], findings: list[Finding], *, submission: bool) -> None:
+    definitions: dict[str, tuple[str, Path, int]] = {}
+    for path in files:
+        for lineno, raw in enumerate(path.read_text(errors="replace").splitlines(), 1):
+            for match in RE_METADATA.finditer(strip_comments(raw)):
+                definitions[match.group(1)] = (match.group(2).strip(), path, lineno)
+
+    fallback_path = files[0] if files else REPO_ROOT / "draft" / "thesis-config.tex"
+    for name in sorted(REQUIRED_METADATA):
+        value, path, lineno = definitions.get(name, ("", fallback_path, 1))
+        if value and value not in PLACEHOLDER_VALUES:
+            continue
+        severity, code = ("error", "E6") if submission else ("warning", "W8")
+        reason = "is empty" if not value else f"still has placeholder value '{value}'"
+        findings.append(Finding(severity, code, f"{rel(path)}:{lineno}", f"\\{name} {reason}"))
 
 
 def check_citations(
@@ -320,6 +398,16 @@ def check_log(log_path: Path, findings: list[Finding]) -> None:
                 Finding("error", "I2", rel(log_path), f"LaTeX error: {error_match.group(1)}")
             )
             continue
+        duplicate_anchor = RE_LOG_DUPLICATE_ANCHOR.search(raw)
+        if duplicate_anchor:
+            findings.append(
+                Finding(
+                    "warning",
+                    "W9",
+                    rel(log_path),
+                    f"duplicate PDF destination '{duplicate_anchor.group(1)}'",
+                )
+            )
         for regex, label in ((RE_LOG_UNDEF_REF, "reference"), (RE_LOG_UNDEF_CITE, "citation")):
             match = regex.search(raw)
             if match:
@@ -333,12 +421,16 @@ def check_log(log_path: Path, findings: list[Finding]) -> None:
                 )
     if overfull:
         findings.append(
-            Finding("info", "I2", rel(log_path), f"{overfull} overfull \\hbox in last build")
+            Finding("warning", "W10", rel(log_path), f"{overfull} overfull box(es) in last build")
         )
 
 
 def run_checks(
-    draft_dir: Path, *, main_name: str = "main.tex", with_log: bool = True
+    draft_dir: Path,
+    *,
+    main_name: str = "main.tex",
+    with_log: bool = True,
+    submission: bool = False,
 ) -> list[Finding]:
     findings: list[Finding] = []
     files = resolve_include_graph(draft_dir / main_name, findings)
@@ -348,10 +440,14 @@ def run_checks(
     bib_keys = parse_bib(bib_paths, findings)
 
     check_references(index, findings)
+    check_metadata(files, findings, submission=submission)
     check_citations(index, bib_keys, findings)
     check_figures(index, graphicspath_dirs(index, draft_dir), findings)
     for text, path, lineno in index.todos:
-        findings.append(Finding("info", "I1", f"{rel(path)}:{lineno}", f"TODO: {text}"))
+        if submission:
+            findings.append(Finding("error", "E7", f"{rel(path)}:{lineno}", f"TODO: {text}"))
+        else:
+            findings.append(Finding("info", "I1", f"{rel(path)}:{lineno}", f"TODO: {text}"))
     if with_log:
         check_log(draft_dir / f"{Path(main_name).stem}.log", findings)
     return findings
@@ -381,6 +477,11 @@ def main(argv: list[str] | None = None) -> int:
     )
     parser.add_argument("--main", default="main.tex", help="root TeX file (default: main.tex)")
     parser.add_argument("--strict", action="store_true", help="warnings also fail the check")
+    parser.add_argument(
+        "--submission",
+        action="store_true",
+        help="treat required metadata placeholders and TODOs as errors",
+    )
     parser.add_argument("--no-log", action="store_true", help="skip main.log parsing")
     args = parser.parse_args(argv)
 
@@ -391,7 +492,12 @@ def main(argv: list[str] | None = None) -> int:
         print(f"error: {rel(draft_dir / args.main)} not found", file=sys.stderr)
         return 2
 
-    findings = run_checks(draft_dir, main_name=args.main, with_log=not args.no_log)
+    findings = run_checks(
+        draft_dir,
+        main_name=args.main,
+        with_log=not args.no_log,
+        submission=args.submission,
+    )
     errors, warnings = print_report(findings)
     if errors or (args.strict and warnings):
         return 1

From e7054fc5abf3e12fe7c34a0009152fab297f556f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: humanbeans893 <66624831+humanbeans893@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 16 Jul 2026 12:35:30 +0000
Subject: [PATCH 2/2] Fix TeX package installation in CI

---
 .github/workflows/ci.yml | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/.github/workflows/ci.yml b/.github/workflows/ci.yml
index aa7cefc..c963d07 100644
--- a/.github/workflows/ci.yml
+++ b/.github/workflows/ci.yml
@@ -45,7 +45,7 @@ jobs:
         run: >-
           sudo apt-get update && sudo apt-get install -y --no-install-recommends
           latexmk texlive-luatex texlive-lang-japanese texlive-latex-extra
-          texlive-science fonts-haranoaji
+          texlive-science
       - name: Build dissertation
         run: make pdf
       - name: Check dissertation