fix: decouple frozen verification from current tree

[lipluscodex]

目的

過去の frozen evaluation が後続の正当な repository evolution を拒否しないよう、historical source hash verification を current working tree から登録 source commit の bytes へ分離する。

前提

• Issue feat: add soft-start feedback reinforcement #100 の soft-start candidate は README.md、src/neuron_graph_rag/config_provenance.py、src/neuron_graph_rag_mcp/server.py 等の後続変更を必要とする。
• 既存の frozen tests は manifest 登録pathを ROOT / relative から読み、current working tree の SHA-256 を直接照合する。
• このため manifest、observed artifact、過去のsource bytesが完全に不変でも、後続変更だけで test_real_task_shadow_v2 と test_feedback_policy_comparison_evaluation が失敗する。
• successor verifierを追加するだけでは、test discoveryが既存current-tree assertionを実行し続けるため解消しない。

制約

• frozen manifest、fixture、packet、snapshot、observed result、登録hash、source commit、観測回数、metric、gate、解釈を変更・再実行・再集計しない。
• historical source hash は manifest が固定した commit から git show 等で取得した exact bytes に対して検証する。
• 登録commitの存在と現在HEADのancestor関係を検証し、未知commit、欠落path、hash不一致をfail closedにする。
• current working tree の同名pathを historical evidence として扱わない。
• LF/CRLF alternateを許す既存contractがある場合、そのliteralを維持し、本文差、mixed newline、bare CR、その他のbyte差を許可しない。
• CI test除外、hashlib monkeypatch、manifest hash更新、observed artifact書換えで回避しない。
• verifier correctionそのものを新規regressionで固定し、current working treeの後続変更とhistorical tamper検出を両立する。

完了条件

• Issue feat: add soft-start feedback reinforcement #100 の正当な後続変更を置いた状態でも、過去のregistered commit bytesが一致すればfrozen verificationが通る。
• 登録commit bytes、manifest、artifactのいずれかを改変したnegative probeは失敗する。
• test_real_task_shadow_v2、test_feedback_policy_comparison_evaluation、および同じcurrent-tree hash patternを持つ全frozen verifierを監査し、一貫したhistorical source boundaryへ揃える。
• full core suite と optional MCP suite がgreenになる。
• requirements / relevant evaluation docs / Decision Structure index がsource-of-truth boundaryを明記する。

対象ファイル

• tests/test_real_task_shadow_v2.py / tests/test_feedback_policy_comparison_evaluation.py ほか該当frozen tests - current-tree assertionの置換
• src/neuron_graph_rag/evaluation.py / real_task_shadow*.py または新規共通helper - registered commit byte verification
• tests/ - historical match、current evolution、tamper fail-closed regression
• docs/requirements.md / relevant protocol docs / docs/Decision-Structure.md - historical verification boundary