Un dwc:PreservedSpecimen qui contient des échantillons de un ou plusieurs taxa

[jmvanel]

Comment tirer parti des informations présentes, représentant la pluralité des taxons déterminés dans un flacon?
Actuellement nous avons dans v3 , API https//geb.ffspeleo/api/api/v3 qui sert d'API de test.

      "dct:hasPart": [
        {
          "@id": "2198",
          "@type": "Point",
          "rdfs:label": "station_879-2176",
          "locates": [
            {
              "@id": "22895",
              "@type": [
                "dwc:Occurrence",
                "dwc:PreservedSpecimen"
              ],
              "event date": "2020-09-20",
              "dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo",
              "dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
              "dwc:organismID": "22987",
              "associated taxa": [
                {
                  "xxxxxx": "Ptomaphagus",
                  "dwci:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
                  "identified by": "Bernard Lips"
                }
              ]
            },

Je propose

      "dct:hasPart": [
        {
          "@id": "2198",
          "@type": "Point",
          "rdfs:label": "station_879-2176",
          "locates": [
            {
              "@id": "22895",
              "@type": [
                "dwc:PreservedSpecimen"
              ],
              "event date": "2020-09-20",
              "dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo",
              "dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
              "dwc:materialSampleID": "22987",
              "dct:hasPart" : [
                {
                 "@type": [ dwc:Occurrence, dwc:Identification ] ,
                  "@id": "333333",
                  "dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus",
                  "dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
                  "identified by": "Bernard Lips"
                }
              ]
            },

A NOTER

• j'ai introduit "dwc:materialSampleID" , plus approprié .
• "@id": "333333" à remplacer par l'identifiant disponible dans la base SQL
• Il y a aussi les préconisations de Ajouter un bloc personne API JSON: Ajouter un bloc personne #1 .

Discussion
Une fois de plus Darwin Core et https://github.com/darwin-sw/dsw ne nous aident guère .
Il y a bien la notion de dsw:Token , mais ça ne cadre pas directement avec notre cas , lequel n'a rien d'inusuel !

[AlainGresse]

Je n'étais pas disponible ce matin. Je vais essayer d'intégrer toutes les modifications demandées cet après-midi et faire des tests sur http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3 ensuite.

[AlainGresse]

J'ai modifié http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3. Le résultat est correct en ce qui concerne le format JSON et la pluralité des taxons dans un flacon.

			{	"@id": "2176",
				"@type":"Point",
				"rdfs:label": "station_869-2133",
				"locates":[
					{	"@id": "22487",
						"@type":["dwc:PreservedSpecimen"],
						"event date": "2016-11-20",
						"dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo" ,
						"dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
						"dwc:materialSampleID": "22577",
						"dct:hasPart":[
							{	"@type":["dwc:Occurence", "dwc:Identification"],
								"@id":"1548",
								"dwc:associatedTaxa":"Clausiliidae",
								"dwciri:toTaxon":"http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/186383/13.0"
							},
							{	"@type":["dwc:Occurence", "dwc:Identification"],
								"@id":"2184","dwc:associatedTaxa":"Hydrobiidae",
								"dwciri:toTaxon":"http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/186358/13.0"
							}
						]

					}
				]
			},
			{	"@id": "2177",
				"@type":"Point",

MAIS Il y a un problème remonté par JSON-LD Playground: jsonld.InvalidUrl: Dereferencing a URL did not result in a valid JSON-LD object. Possible causes are an inaccessible URL perhaps due to a same-origin policy (ensure the server uses CORS if you are using client-side JavaScript), too many redirects, a non-JSON response, or more than one HTTP Link Header was provided for a remote context.
Puis-je basculer l'API http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3 en "production" (http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2)?

[jmvanel]

Je constate le problème avec le Playground, mais ça va bien avec Titanium, utilisé dans semantic_forms :
http://semantic-forms.cc:1952/json2rdf?src=https%3A%2F%2Fgeb.ffspeleo.fr%2Fapi%2Fapi%2Fv3%2F&context=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fjmvanel%2FKarstlink-ontology%2Fraw%2Fmaster%2Fgeb.ffspeleo.fr_context.jsonld
Il y a une petite imperfection : l'URI /occurences/stations/6252 généré par JSON-LD (au début) :

<https://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2/occurences/stations/6252>
        a       <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Identification> , <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurence> ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/iri/toTaxon>
                <http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/767/13.0> ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/associatedTaxa>
                "Eiseniella tetraedra" ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/identifiedBy>
                "Sarah Guillocheau" .

je voudrais avoir un préfixe d'URI par table SQL , donc ici /identification/6252 ; mais je pense corriger ça dans le @context .

Distiller mentionne aussi un problème:
http://rdf.greggkellogg.net/distiller?command=serialize&url=https:%2F%2Fgeb.ffspeleo.fr%2Fapi%2Fapi%2Fv3%2F

no implicit conversion of Sinatra::IndifferentHash into String

Je vais quand même regarder (par dichotomie) ce qui provoque ces messages, mais pour moi on peut avancer et
basculer l'API http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v3 en "production" (http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2)

Je ne ferme pas encore l'issue ... mais ça va plutôt bien ...

[jmvanel]

Je prends le début du JSON de l'API, et le problème sur Playground se manifeste aussi:

{
  "@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
  "@graph": [
    {
      "@id": "879",
      "@type": "UndergroundCavity",
      "name": "Balcourt (Trou de)",
      "dct:hasPart": [
        {
          "@id": "2198",
          "@type": "Point",
          "rdfs:label": "station_879-2176",
          "locates": [
            {
              "@id": "22895",
              "@type": [
                "dwc:PreservedSpecimen"
              ],
              "event date": "2020-09-20",
              "dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo",
              "dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
              "dwc:materialSampleID": "22987",
              "dct:hasPart": [
                {
                  "@type": [
                    "dwc:Occurence",
                    "dwc:Identification"
                  ],
                  "@id": "9582",
                  "dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus",
                  "dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
                  "identified by": "Bernard Lips"
                }
              ]
            }
	  ]
	}
      ]
    }
  ]
}

A SUIVRE: enlever encore du contenu jusqu'à avoir le problème "chimiquement pur" . Ensuite ce sera soit un problème du Playground qui ne comprend pas ce qui est pourtant légitime, soit Titanium est plus tolérant (pas forcément un problème ! ) .

[jmvanel]

Le problème sur Playground se manifeste encore avec ceci, et donc était là depuis longtemps, mais personne n'avait testé !

{
  "@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
  "@graph": [
    {
      "@id": "879",
      "@type": "UndergroundCavity"
    }
  ]
}

A SUIVRE: analyser le pb .

[jmvanel]

Finalement le problème se manifeste avec Titanium sur le petit JSON précédent , et le problème semble être dans le @context :

scala> JsonLd.toRdf( "file:///home/jmv/data/geb.ffspeleo.fr/test.petit-01-06.jsonld" ) . get
com.apicatalog.jsonld.JsonLdError: There was a problem encountered loading a remote context [code=LOADING_REMOTE_CONTEXT_FAILED].
  at com.apicatalog.jsonld.context.ActiveContextBuilder.fetch(ActiveContextBuilder.java:572)
  at com.apicatalog.jsonld.context.ActiveContextBuilder.create(ActiveContextBuilder.java:173)
  at com.apicatalog.jsonld.expansion.ObjectExpansion.initLocalContext(ObjectExpansion.java:202)
  at com.apicatalog.jsonld.expansion.ObjectExpansion.expand(ObjectExpansion.java:101)
  at com.apicatalog.jsonld.expansion.Expansion.compute(Expansion.java:116)
  at com.apicatalog.jsonld.processor.ExpansionProcessor.expand(ExpansionProcessor.java:124)
  at com.apicatalog.jsonld.processor.ToRdfProcessor.toRdf(ToRdfProcessor.java:69)
  at com.apicatalog.jsonld.processor.ToRdfProcessor.toRdf(ToRdfProcessor.java:58)
  at com.apicatalog.jsonld.api.ToRdfApi.get(ToRdfApi.java:175)
  ... 31 elided
Caused by: com.apicatalog.jsonld.JsonLdError: The local context defined within a term definition is invalid [code=INVALID_SCOPED_CONTEXT].
  at com.apicatalog.jsonld.context.TermDefinitionBuilder.create(TermDefinitionBuilder.java:534)
  at com.apicatalog.jsonld.context.ActiveContextBuilder.create(ActiveContextBuilder.java:451)
  at com.apicatalog.jsonld.context.ActiveContextBuilder.fetch(ActiveContextBuilder.java:565)
  ... 39 more
Caused by: com.apicatalog.jsonld.JsonLdError: An invalid base IRI has been detected [code=INVALID_BASE_IRI].

A SUIVRE !!!

[jmvanel]

Nous avons fait , par copiés collés :( , cette redoutable faute d'orthographe:
ce n'est pas Occurence, mais Occurrence !
cf http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence
Et actuellement nos erreurs , dans le JSON et dans context, ne se compensent pas et le résultat est faux:

<https://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2/occurences/stations/6252>
        a       <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Identification> , <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurence> ;

Mais ça n'a rien à voir avec le problème révélé par Playground !
A SUIVRE!

[AlainGresse]

Je crois comprendre que Playground considère qu'il y a deux "@Contexte" sur la même ligne.et que cela n'est pas acceptable
contenu de la ligne 1 de http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2
"@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
contenu de la ligne 1 de https://github.com/jmvanel/Karstlink-ontology/blob/master/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld#L12
"@context": { "karstlink": "https://ontology.uis-speleo.org/ontology/#",
Si je remplace "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld", par "karstlink": "https://ontology.uis-speleo.org/ontology/#",...
Playground ne sort plus d'anomalie

[AlainGresse]

Occurence a été remplacé par Occurrence pour http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2

[AlainGresse]

Fait : Occurence a été remplacé par Occurrence dans http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 Le 06/01/2021 à 12:08, Jean-Marc Vanel a écrit :

…

Nous avons fait , par copiés collés :( , cette redoutable faute d'orthographe: ce n'est pas Occurence, mais Occurrence ! cf http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence Et actuellement nos erreurs , dans le JSON et dans context, ne se compensent pas et le résultat est faux: |<https://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2/occurences/stations/6252> a <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Identification> , <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurence> ; | Mais ça n'a rien à voir avec le problème révélé par Playground ! A SUIVRE! — You are receiving this because you were assigned. Reply to this email directly, view it on GitHub <#3 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AR5X5HDI3HMY5E5XVMYCZKLSYRAETANCNFSM4VUZXCHQ>.

--- L'absence de virus dans ce courrier électronique a été vérifiée par le logiciel antivirus Avast. https://www.avast.com/antivirus

[jmvanel]

Je crois comprendre que Playground considère qu'il y a deux "@Contexte" sur la même ligne.et que cela n'est pas acceptable
contenu de la ligne 1 de http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2
"@context": "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld",
contenu de la ligne 1 de https://github.com/jmvanel/Karstlink-ontology/blob/master/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld#L12
"@context": { "karstlink": "https://ontology.uis-speleo.org/ontology/#",
Si je remplace "https://ontology.uis-speleo.org/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld", par "karstlink": "https://ontology.uis-speleo.org/ontology/#",...
Playground ne sort plus d'anomalie

En fait , la ligne 1 de http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 sert à renvoyer au @context externe,
et la ligne 3 de https://github.com/jmvanel/Karstlink-ontology/blob/master/geb.ffspeleo.fr_context.jsonld
dit que c'est un ̀@context` .
C'est ainsi que nous faisons depuis quelques jours; voir la doc. officielle:
https://w3c.github.io/json-ld-syntax/#example-5-referencing-a-json-ld-context

Le problème est dans un sous contexte contenant un @base ( en modifiant Titanium, j'ai accès à + de détails d'exécution ). Ce qui me surprend dans ce cas, c'est qu'un sous contexte qui n'est pas utilisé soit quand même analysé et aboutit à une erreur bloquante. JSON-LD se révèle plus complexe que je pensais ...

PATIENCE, je vais trouver !

[jmvanel]

J'ai avancé assez pour poser des questions pertinentes à l'auteur Filip du logiciel Titanium.
A ce stade rien me prouve que nous faisions mal; ce qui est sûr , c'est que fixer la @base par l'API Java règle le problème.

Par contre, je vois dans le résultat actuel
http://semantic-forms.cc:1952/json2rdf?src=https%3A%2F%2Fgeb.ffspeleo.fr%2Fapi%2Fapi%2Fv2%2F&context=https%3A%2F%2Fontology.uis-speleo.org%2Fgeb.ffspeleo.fr_context.jsonld
des URLs qui n'ont pas de sens: <occurences/stations/6252> :

<occurences/12112>  a  <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/PreservedSpecimen> ;
        dct:hasPart  <occurences/stations/6252> ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inCollection>
                "datagc:Josiane/collection" ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inDataset>
                "datagc:Josiane/speleo" ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate>
                "2016-06-05" ;
        <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/materialSampleID>
                "12141" .

Le problème est qu'on a 2 fois la propriété dct:hasPart dans 2 significations très différentes; ce qui n'est pas interdit en soi, mais pose problème avec JSON-LD.
Je suis obligé de revenir sur ma demande initiale.
On va utiliser https://www.dublincore.org/specifications/dublin-core/dcmi-terms/#http://purl.org/dc/terms/spatial pour l'usage , justement , spatial, et garder dct:hasPart pour indiquer un spécimen identifié dans le lot matériel.

      "@id":"879","@type": "UndergroundCavity","name": "Balcourt (Trou de)",
      "dct:spatial": [
        {
          "@id": "2198",
          "@type": "Point",
          "rdfs:label": "station_879-2176",
          "locates": [
            {
              "@id": "22895",
              "@type": [
                "dwc:PreservedSpecimen"
              ],
              "event date": "2020-09-20",
              "dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo",
              "dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection",
              "dwc:materialSampleID": "22987",
              "dct:hasPart" : [
                {
                 "@type": [ dwc:Occurrence, dwc:Identification ] ,
                  "@id": "333333",
                  "dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus",
                  "dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0",
                  "identified by": "Bernard Lips"
                }
              ]
            },

[AlainGresse]

Fait : dans :http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 "dct:hasPart" a été remplacé par "dct:spatial" dans le bloc "UndergroundCavity

[AlainGresse]

J'ai modifié http://geb.ffspeleo.fr/api/api/v2 |"dct:hasPart"| a été remplacé par |  "dct:spatial" dans le bloc ||"UndergroundCavity"| || || Le 14/01/2021 à 10:38, Jean-Marc Vanel a écrit :

…

J'ai avancé assez pour poser des questions pertinentes à l'auteur Filip du logiciel Titanium. A ce stade rien me prouve que nous faisions mal; ce qui est sûr , c'est que fixer la @base <https://github.com/base> par l'API Java règle le problème. Par contre, je vois dans le résultat actuel http://semantic-forms.cc:1952/json2rdf?src=https%3A%2F%2Fgeb.ffspeleo.fr%2Fapi%2Fapi%2Fv2%2F&context=https%3A%2F%2Fontology.uis-speleo.org%2Fgeb.ffspeleo.fr_context.jsonld des URLs qui n'ont pas de sens: |<occurences/stations/6252>| : <occurences/12112> a <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/PreservedSpecimen> ; dct:hasPart <occurences/stations/6252> ; <http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inCollection> "datagc:Josiane/collection" ; <http://rs.tdwg.org/dwc/iri/inDataset> "datagc:Josiane/speleo" ; <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/eventDate> "2016-06-05" ; <http://rs.tdwg.org/dwc/terms/materialSampleID> "12141" . Le problème est qu'on a 2 fois la propriété dct:hasPart dans 2 significations très différentes; ce qui n'est pas interdit en soi, mais pose problème avec JSON-LD. *Je suis obligé de revenir sur ma demande initiale.* On va utiliser https://www.dublincore.org/specifications/dublin-core/dcmi-terms/#http://purl.org/dc/terms/spatial pour l'usage , justement , spatial, et garder dct:hasPart pour indiquer un spécimen identifié dans le lot matériel. ***@***.******@***.***": "UndergroundCavity","name": "Balcourt (Trou de)", "dct:spatial": [ { ***@***.***": "2198", ***@***.***": "Point", "rdfs:label": "station_879-2176", "locates": [ { ***@***.***": "22895", ***@***.***": [ "dwc:PreservedSpecimen" ], "event date": "2020-09-20", "dwciri:inDataset": "datagc:Josiane/speleo", "dwciri:inCollection": "datagc:Josiane/collection", "dwc:materialSampleID": "22987", "dct:hasPart" : [ { ***@***.***": [ dwc:Occurrence, dwc:Identification ] , ***@***.***": "333333", "dwc:associatedTaxa": "Ptomaphagus", "dwciri:toTaxon": "http://taxref.mnhn.fr/lod/taxon/205080/13.0", "identified by": "Bernard Lips" } ] }, | — You are receiving this because you were assigned. Reply to this email directly, view it on GitHub <#3 (comment)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AR5X5HHRAGIUC4BZVBL5PODSZ23S3ANCNFSM4VUZXCHQ>.

--- L'absence de virus dans ce courrier électronique a été vérifiée par le logiciel antivirus Avast. https://www.avast.com/antivirus