chore: .gitignore 忽略 .codegraph/ 与 .pytest_cache/，移除已追踪的 .codegraph 运行文件

- .codegraph/（CodeGraph 本地索引 db/log/sock/pid）与 .pytest_cache/ 加入忽略
- git rm --cached 移除已误追踪的 .codegraph/.gitignore 与 .codegraph/daemon.pid（本地保留，供 CodeGraph 运行）

Author: CoderMoray

.codegraph/.gitignore

@@ -10,6 +10,7 @@ __pycache__/
 .workbuddy/
 .vscode/
 .idea/
+.codegraph/
 *.swp
 *.swo
 *~
@@ -20,6 +21,7 @@ Thumbs.db
 
 # Test / local KB
 .myknowledge_test/
+.pytest_cache/
 
 # Build artifacts
 frontend/index.standalone.html